52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4787 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4787  protein of unknown function DUF399  100 
 
 		 256 aa  515  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0441  hypothetical protein  52.42 
 
 		 293 aa  272  3e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.946293 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0610  hypothetical protein  56.09 
 
 		 314 aa  263  2e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0298  hypothetical protein  55.88 
 
 		 293 aa  240  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0652  hypothetical protein  53.02 
 
 		 274 aa  219  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1104  hypothetical protein  49.34 
 
 		 291 aa  203  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0707  hypothetical protein  52.85 
 
 		 302 aa  203  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0430  hypothetical protein  52.59 
 
 		 284 aa  193  3e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0421  protein of unknown function DUF399  51.95 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.950596  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1999  hypothetical protein  39.41 
 
 		 302 aa  162  4.0000000000000004e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000468995 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4684  hypothetical protein  36.75 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139338  unclonable  2.48633e-16 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4550  hypothetical protein  37.07 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000869359  decreased coverage  0.0000000103556 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5421  hypothetical protein  35.54 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00114595  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4686  hypothetical protein  36.64 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0433823  hitchhiker  0.00020282 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0748  hypothetical protein  34.31 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345483  decreased coverage  0.00000000000109696 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42580  iron(III) ABC transporter  37.8 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00000751196  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0996  hypothetical protein  33.33 
 
 		 294 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000003663  unclonable  1.3879200000000002e-18 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62270  hypothetical protein  36.43 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118549  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3071  protein of unknown function DUF399  33.33 
 
 		 342 aa  92  9e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4797  hypothetical protein  33.47 
 
 		 283 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000115582  unclonable  0.0000208152 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0118  CjrA  32.99 
 
 		 283 aa  90.9  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3179  protein of unknown function DUF399  32.7 
 
 		 345 aa  88.2  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0322303  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2977  hypothetical protein  30.65 
 
 		 250 aa  85.9  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2981  hypothetical protein  32.42 
 
 		 359 aa  85.1  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.485349  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3469  hypothetical protein  30.08 
 
 		 284 aa  85.1  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0483  hypothetical protein  30.24 
 
 		 275 aa  79  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0170  TonB-dependent colicin lipoprotein, putative  30.22 
 
 		 283 aa  75.5  0.0000000000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0600  hypothetical protein  30.33 
 
 		 275 aa  74.7  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.294866  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2253  hypothetical protein  30.33 
 
 		 275 aa  73.9  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.558397  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0511  protein of unknown function DUF399  28.63 
 
 		 322 aa  70.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0457  hypothetical protein  28.28 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.252965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2390  protein of unknown function DUF399  30.28 
 
 		 266 aa  67.4  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.898186  normal  0.287732 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3583  hypothetical protein  31.43 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2937  hypothetical protein  29.13 
 
 		 368 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.302758 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1052  chain X  21.83 
 
 		 282 aa  61.2  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3428  putative lipoprotein  26.12 
 
 		 293 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.243183  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0349  hypothetical protein  24.62 
 
 		 282 aa  58.5  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000148498 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1775  hypothetical protein  24.87 
 
 		 288 aa  58.5  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.331054  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3139  hypothetical protein  24.35 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1023  hypothetical protein  25 
 
 		 269 aa  57.4  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2756  protein of unknown function DUF399  21.95 
 
 		 292 aa  54.3  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1026  hypothetical protein  27.4 
 
 		 258 aa  53.1  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.823473  normal  0.048424 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1815  protein of unknown function DUF399  28.68 
 
 		 280 aa  52.8  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0316353 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1114  hypothetical protein  25.12 
 
 		 285 aa  52  0.000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1409  hypothetical protein  25.87 
 
 		 285 aa  47.4  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776677 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3346  protein of unknown function DUF399  29.17 
 
 		 411 aa  47.4  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.655162  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1760  protein of unknown function DUF399  23.11 
 
 		 262 aa  47  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0505659  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0541  PDZ/DHR/GLGF  32.33 
 
 		 462 aa  45.4  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0149292  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0548  protein of unknown function DUF399  22.27 
 
 		 282 aa  45.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.79129 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0117  hypothetical protein  25.43 
 
 		 376 aa  45.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03054  hypothetical protein  26.4 
 
 		 315 aa  43.9  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2488  protein of unknown function DUF399  22.17 
 
 		 284 aa  43.5  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>