More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4669 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4669  cation diffusion facilitator family transporter  100 
 
 
332 aa  667    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4244  cation diffusion facilitator family transporter  62.04 
 
 
339 aa  383  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.337864 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4099  cation diffusion facilitator family transporter  66.22 
 
 
304 aa  383  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1334  cation diffusion facilitator family transporter  63.61 
 
 
312 aa  381  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.215207  hitchhiker  0.000886879 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1206  cation diffusion facilitator family transporter  63.92 
 
 
316 aa  375  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0487  cation diffusion facilitator family transporter  64.71 
 
 
319 aa  373  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0729  cation diffusion facilitator family transporter  64.51 
 
 
304 aa  371  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3707  cation diffusion facilitator family transporter  64.71 
 
 
319 aa  374  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0354783  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3146  cation efflux family protein  62.07 
 
 
296 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.440371  hitchhiker  0.000651912 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1731  cation diffusion facilitator family transporter  53.26 
 
 
315 aa  275  7e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.560975  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1114  cation efflux protein  48.57 
 
 
305 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1770  cation diffusion facilitator family transporter  50.37 
 
 
315 aa  253  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1850  cation diffusion facilitator family transporter  49.46 
 
 
315 aa  250  2e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2106  cation diffusion facilitator family transporter  50.18 
 
 
315 aa  243  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2073  cation diffusion facilitator family transporter  48.57 
 
 
308 aa  241  1e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.981542 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1043  cation efflux protein  44.29 
 
 
320 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1483  cation diffusion facilitator family transporter  47.86 
 
 
308 aa  238  8e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0597  cation diffusion facilitator family transporter  45 
 
 
302 aa  238  1e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1439  cation efflux protein  45.42 
 
 
293 aa  236  6e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0109958  normal  0.777573 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0980  cation diffusion facilitator family transporter  46.07 
 
 
305 aa  233  3e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0225  cation diffusion facilitator family transporter  45.99 
 
 
312 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1928  cation diffusion facilitator family transporter  49.83 
 
 
305 aa  223  3e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.479128  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5864  cation diffusion facilitator family transporter  42.81 
 
 
300 aa  222  8e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.499716  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2025  cation diffusion facilitator family transporter  43.06 
 
 
313 aa  222  8e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0165078  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1178  cation diffusion facilitator family transporter  44.79 
 
 
300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00185198  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1801  cation efflux family protein  43.6 
 
 
376 aa  218  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0942158  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2239  cation diffusion facilitator family transporter  44.1 
 
 
302 aa  217  2e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0407082  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5667  cation diffusion facilitator family transporter  45.23 
 
 
328 aa  213  2.9999999999999995e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07750  cation diffusion facilitator family transporter  42.47 
 
 
330 aa  213  2.9999999999999995e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0023  cation diffusion facilitator family transporter  45.91 
 
 
295 aa  207  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.556428 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2873  cation diffusion facilitator family transporter  45.64 
 
 
314 aa  205  7e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2468  cation diffusion facilitator family transporter  43.17 
 
 
295 aa  199  7e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.376521 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2294  cation diffusion facilitator family transporter  39.4 
 
 
306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.38282  normal  0.177312 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2198  cation diffusion facilitator family transporter  41.9 
 
 
293 aa  194  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.776966  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3261  cation efflux system protein  42.5 
 
 
305 aa  191  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.826048  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2658  cation diffusion facilitator family transporter  43.37 
 
 
295 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0867  cation diffusion facilitator family transporter  44.19 
 
 
295 aa  187  2e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.851238 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5513  cation diffusion facilitator family transporter  43.01 
 
 
295 aa  186  4e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.281094  normal  0.363198 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3075  cation diffusion facilitator family transporter  40.5 
 
 
304 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.553073  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1021  cation diffusion facilitator family transporter  43.3 
 
 
346 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2809  cation diffusion facilitator family transporter  38.26 
 
 
304 aa  182  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.252612  normal  0.010552 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2446  cation diffusion facilitator family transporter  41.38 
 
 
304 aa  182  6e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.526861  normal  0.400869 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3065  cation diffusion facilitator family transporter  43.6 
 
 
295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.686004  normal  0.910257 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3290  cation diffusion facilitator family transporter  43.25 
 
 
295 aa  179  9e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.208123  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3476  putative cation efflux family protein, CzcD-like protein  39.93 
 
 
296 aa  177  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.606573  normal  0.771262 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0311  cation diffusion facilitator family transporter  36.82 
 
 
311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2804  cation diffusion facilitator family transporter  37.17 
 
 
303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1013  metal cation efflux protein CzrB  37.37 
 
 
302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.323499  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3264  cation diffusion facilitator family transporter  43.24 
 
 
295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0463  cation efflux transporter  42.09 
 
 
295 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.632211  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1521  cation diffusion facilitator family transporter  35.09 
 
 
309 aa  172  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0050  cation diffusion facilitator family transporter  38.93 
 
 
317 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_273  cation efflux protein  35.38 
 
 
311 aa  169  8e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.02572  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1598  cation diffusion facilitator family transporter  39.15 
 
 
302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0589  cation diffusion facilitator family transporter  33.7 
 
 
285 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000134664  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1568  cation efflux family protein  38.85 
 
 
302 aa  161  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1514  cation efflux family protein  38.85 
 
 
302 aa  161  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2384  cation diffusion facilitator family transporter  41.73 
 
 
295 aa  159  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.336168 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0400  cation diffusion facilitator family transporter  31.72 
 
 
327 aa  157  2e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2115  cation diffusion facilitator family transporter  42.09 
 
 
295 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.922775  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2568  cation diffusion facilitator family transporter  32.37 
 
 
332 aa  157  3e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.364379 
 
 
-
 
NC_002936  DET0331  cation efflux family protein  35.04 
 
 
311 aa  155  1e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2581  cation diffusion facilitator family transporter  39.5 
 
 
325 aa  153  4e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1256  cation diffusion facilitator family transporter  38.89 
 
 
303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.513971  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0470  cation diffusion facilitator family transporter  31.87 
 
 
337 aa  152  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0457303  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1661  cation diffusion facilitator family transporter  31.29 
 
 
331 aa  152  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1127  cation diffusion facilitator family transporter  33.22 
 
 
323 aa  150  3e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.197623  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2574  cation diffusion facilitator family transporter  36.01 
 
 
310 aa  150  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1954  cation diffusion facilitator family transporter  32.37 
 
 
328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0806665 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3895  cation diffusion facilitator family transporter  32.74 
 
 
307 aa  143  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.640647  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0607  cation diffusion facilitator family transporter  36.08 
 
 
309 aa  143  4e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.212656  normal  0.0107339 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3750  cation diffusion facilitator family transporter  32.09 
 
 
326 aa  142  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.220836  hitchhiker  0.0009443 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1536  cation diffusion facilitator family transporter  37.41 
 
 
295 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.503443  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1683  cation diffusion facilitator family transporter  34.74 
 
 
308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000676071  normal  0.070124 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0526  cation diffusion facilitator family transporter  34.84 
 
 
327 aa  137  2e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2000  cation diffusion facilitator family transporter  36.6 
 
 
285 aa  135  8e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.7679  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0432  cation diffusion facilitator family transporter  31.18 
 
 
331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1113  hypothetical protein  33.1 
 
 
307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.416676  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0446  cation diffusion facilitator family transporter  32.2 
 
 
328 aa  130  3e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.48861  normal  0.265047 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0369  cation diffusion facilitator family transporter  30.85 
 
 
293 aa  129  6e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000868845  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2871  cation efflux protein  31.18 
 
 
317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0791  cation diffusion facilitator family transporter  29.43 
 
 
312 aa  126  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.536733 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2400  cation diffusion facilitator family transporter  30.11 
 
 
307 aa  125  9e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3741  cation diffusion facilitator family transporter  32.03 
 
 
292 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0258  cation diffusion facilitator family transporter  29.77 
 
 
296 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0238617  decreased coverage  0.0000137847 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0724  cation diffusion facilitator family transporter  30.38 
 
 
315 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000152803  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0256  cation diffusion facilitator family transporter  31.11 
 
 
290 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.015822  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0263  cation diffusion facilitator family transporter  29.97 
 
 
296 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000665998  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0263  cation diffusion facilitator family transporter  29.97 
 
 
296 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.089523  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1509  putative transport system permease protein  28.93 
 
 
314 aa  123  5e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000073133  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3767  cation diffusion facilitator family transporter  31.19 
 
 
297 aa  123  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0281724  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0281  cation diffusion facilitator family transporter  31.08 
 
 
289 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000230949  unclonable  0.000000000100578 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0254  cation diffusion facilitator family transporter  30.64 
 
 
297 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00100286  hitchhiker  0.000434478 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0255  cation diffusion facilitator family transporter  31.08 
 
 
299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000211411  hitchhiker  0.0000000259918 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4790  cation efflux family protein  30.18 
 
 
297 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0710  cation diffusion facilitator family transporter  32.53 
 
 
476 aa  120  3e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4475  cation efflux family protein  30.17 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4307  ferrous iron efflux protein F  28.21 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4333  cation efflux protein  30 
 
 
297 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1177  cation diffusion facilitator family transporter  29.62 
 
 
308 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>