34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4393 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4393  putative transmembrane protein  100 
 
 
158 aa  320  5e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.427837  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1244  putative transmembrane protein  69.38 
 
 
166 aa  213  7e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.82251  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3182  putative integral membrane protein  64.08 
 
 
190 aa  181  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.521889 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0877  putative transmembrane protein  54.94 
 
 
164 aa  164  6.9999999999999995e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0313  transmembrane protein  46.04 
 
 
169 aa  121  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2765  integral membrane protein-like protein  44.3 
 
 
161 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2903  integral membrane protein-like protein  44.3 
 
 
174 aa  118  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0455  integral membrane protein-like protein  43.62 
 
 
198 aa  117  7e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0275  hypothetical protein  46.04 
 
 
164 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172549  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6177  integral membrane protein-like  43.62 
 
 
174 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0543  hypothetical protein  44.2 
 
 
157 aa  114  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.229816  normal  0.930595 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2859  integral membrane protein-like protein  45.32 
 
 
161 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.804583 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2234  integral membrane protein-like  45.32 
 
 
174 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.288425  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2848  integral membrane protein-like protein  45.32 
 
 
174 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0425  hypothetical protein  47.1 
 
 
171 aa  112  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0671  hypothetical protein  47.1 
 
 
171 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.286215  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2848  hypothetical protein  47.1 
 
 
158 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0506  hypothetical protein  47.1 
 
 
158 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.8491  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0488  hypothetical protein  47.1 
 
 
158 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3198  hypothetical protein  47.1 
 
 
171 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0171  hypothetical protein  47.1 
 
 
158 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1421  hypothetical protein  47.1 
 
 
152 aa  111  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4172  hypothetical protein  44.2 
 
 
157 aa  111  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0361  hypothetical protein  42.03 
 
 
171 aa  107  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.782574 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0260  hypothetical protein  44.68 
 
 
171 aa  98.2  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.749428 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1625  hypothetical protein  33.33 
 
 
142 aa  83.6  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3596  putative transmembrane protein  32.17 
 
 
185 aa  55.8  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0136  hypothetical protein  33.57 
 
 
253 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0111  hypothetical protein  33.57 
 
 
247 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.135393  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1592  hypothetical protein  34.68 
 
 
264 aa  53.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.37459  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3048  hypothetical protein  29.93 
 
 
158 aa  52  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000000244651  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0338  hypothetical protein  33.08 
 
 
166 aa  47.4  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0878  hypothetical protein  29.29 
 
 
159 aa  47  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0324  transmembrane protein  28.26 
 
 
161 aa  41.2  0.006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0115837 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>