More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4258 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4258  histidine kinase  100 
 
 
529 aa  1051    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.432696  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1494  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  49.06 
 
 
527 aa  390  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.101817  normal  0.2644 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1060  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  48.42 
 
 
510 aa  387  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.680009  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0978  histidine kinase  48.42 
 
 
495 aa  380  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.947826  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3144  histidine kinase  51.85 
 
 
549 aa  315  9.999999999999999e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.808997  hitchhiker  0.00122307 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2227  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.46 
 
 
493 aa  266  8.999999999999999e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.990632  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14320  periplasmic sensory histidine protein kinase  33.46 
 
 
465 aa  246  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.951937  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1211  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  31.76 
 
 
461 aa  236  8e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000020096  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3556  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  33.27 
 
 
460 aa  234  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4320  histidine kinase  35.78 
 
 
518 aa  235  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0320579 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4210  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.78 
 
 
518 aa  235  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1328  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  31.57 
 
 
461 aa  233  6e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3099  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  31.57 
 
 
461 aa  233  6e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000430471  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0982  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  32.7 
 
 
467 aa  229  9e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.363235  normal  0.539382 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2706  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  38.59 
 
 
453 aa  229  1e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46719  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2316  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  33.27 
 
 
467 aa  227  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2260  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  33.08 
 
 
467 aa  226  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2360  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  33.08 
 
 
467 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2476  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  33.08 
 
 
467 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2367  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  33.08 
 
 
467 aa  226  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.921328  normal  0.463318 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2370  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  33.21 
 
 
467 aa  224  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2723  sensor histidine kinase  28.65 
 
 
482 aa  223  4.9999999999999996e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0361  two component sensor histidine kinase  38.13 
 
 
480 aa  223  7e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0987  sensor histidine kinase  29.5 
 
 
471 aa  222  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000915173  normal  0.356896 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1202  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  38.07 
 
 
452 aa  222  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3839  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.54 
 
 
463 aa  219  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2971  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  38.36 
 
 
455 aa  219  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2867  sensor histidine kinase  30.83 
 
 
463 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0147797  normal  0.0868919 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2688  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  31.95 
 
 
467 aa  216  7e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.660879  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1308  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  37.74 
 
 
457 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2871  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.64 
 
 
468 aa  214  2.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.680931  hitchhiker  0.00537944 
 
 
-
 
NC_003296  RS05645  two-component sensor histidine kinase transcription regulator protein  39.77 
 
 
512 aa  212  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3018  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  39.01 
 
 
467 aa  210  5e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0391914 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01983  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with BaeR  39.01 
 
 
467 aa  210  6e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1578  histidine kinase  39.01 
 
 
467 aa  210  6e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.582013  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1563  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  39.01 
 
 
467 aa  210  6e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.32078  normal  0.70665 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01975  hypothetical protein  39.01 
 
 
467 aa  210  6e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2220  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  39.01 
 
 
467 aa  210  6e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1155  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  38.74 
 
 
467 aa  207  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.978252  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0969  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.6 
 
 
488 aa  204  3e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00326946  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1572  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.6 
 
 
501 aa  203  5e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3304  sensor histidine kinase BaeS  34.23 
 
 
514 aa  200  5e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0249318  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3928  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 
507 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3963  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.44 
 
 
454 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1067  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.68 
 
 
425 aa  197  4.0000000000000005e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312987  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2475  histidine kinase  39.53 
 
 
472 aa  192  9e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000186434 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2589  sensor histidine kinase  34.51 
 
 
499 aa  192  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0968  histidine kinase  32.75 
 
 
455 aa  190  5e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1528  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.53 
 
 
483 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0032  histidine kinase  38.94 
 
 
423 aa  183  8.000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1846  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.81 
 
 
463 aa  182  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000887504  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2906  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.18 
 
 
379 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2950  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.18 
 
 
379 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.32891  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18370  signal transduction histidine kinase  38.93 
 
 
389 aa  179  1e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04930  signal transduction histidine kinase  38.11 
 
 
389 aa  177  4e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2936  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.54 
 
 
379 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.210399 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0235  ATP-binding region, ATPase-like protein  26.72 
 
 
495 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3071  histidine kinase  38.62 
 
 
369 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000550678 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1833  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.28 
 
 
395 aa  173  6.999999999999999e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.210479 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4524  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.39 
 
 
385 aa  173  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1156  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.1 
 
 
451 aa  172  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00188627  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0767  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 
451 aa  170  5e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0623  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.52 
 
 
369 aa  170  6e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.779976  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0892  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.99 
 
 
394 aa  169  1e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2122  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.87 
 
 
464 aa  161  2e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3675  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.45 
 
 
379 aa  161  3e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.203937  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1713  histidine kinase  28.41 
 
 
464 aa  160  5e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.529234  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1366  histidine kinase  31.33 
 
 
463 aa  160  6e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0287357  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2837  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.4 
 
 
394 aa  160  7e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.218038 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5310  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.45 
 
 
381 aa  159  1e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.748065  normal  0.851667 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1438  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.05 
 
 
394 aa  159  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.210229  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5699  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.45 
 
 
381 aa  159  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.8736  normal  0.484619 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1456  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.05 
 
 
394 aa  159  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.746847 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4068  histidine kinase  38.08 
 
 
594 aa  157  6e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.379101  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0313  ATPase domain-containing protein  36.18 
 
 
363 aa  156  8e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0134516  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3888  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.02 
 
 
380 aa  155  1e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.648797  normal  0.259549 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0959  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.82 
 
 
471 aa  156  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0274092 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3303  histidine kinase  33.24 
 
 
356 aa  155  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000380955 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3486  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.59 
 
 
471 aa  155  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3690  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.69 
 
 
456 aa  155  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4567  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 
395 aa  155  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.27713  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0352  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.03 
 
 
383 aa  153  7e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.722715 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8765  Histidine kinase  36.18 
 
 
593 aa  153  8e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3536  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.03 
 
 
370 aa  152  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.805184 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0303  histidine kinase  34.95 
 
 
360 aa  152  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1182  histidine kinase  35.03 
 
 
354 aa  151  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00360625 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_927  two-component system, OmpR family, sensor kinase  33.76 
 
 
470 aa  151  3e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.917191  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0113  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.13 
 
 
382 aa  151  4e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741915  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4709  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.33 
 
 
504 aa  150  7e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3062  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.01 
 
 
458 aa  149  8e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4294  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
469 aa  149  9e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000408474  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 
473 aa  149  9e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2144  sensor histidine kinase  32.76 
 
 
429 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5346  histidine kinase  36.73 
 
 
558 aa  149  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.975633  normal  0.150364 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3736  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.77 
 
 
483 aa  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.509679  hitchhiker  0.0032323 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4407  histidine kinase  36.95 
 
 
492 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0094  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.9 
 
 
375 aa  148  2.0000000000000003e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1774  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  42.25 
 
 
483 aa  149  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.759672  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1915  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 
463 aa  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000195525  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1680  sensor histidine kinase  35.08 
 
 
465 aa  147  7.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.69088  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>