More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4205 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4205  glutamyl-tRNA reductase  100 
 
 		 423 aa  853    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5475  glutamyl-tRNA reductase  76.76 
 
 		 441 aa  660    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1281  glutamyl-tRNA reductase  79.2 
 
 		 419 aa  662    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0851  glutamyl-tRNA reductase  83.1 
 
 		 426 aa  707    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.307966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0781  glutamyl-tRNA reductase  78.79 
 
 		 436 aa  681    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.593416  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3663  glutamyl-tRNA reductase  81.5 
 
 		 432 aa  712    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.216962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0776  glutamyl-tRNA reductase  80.81 
 
 		 429 aa  693    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.163428 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0852  glutamyl-tRNA reductase  78.09 
 
 		 436 aa  678    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1553  glutamyl-tRNA reductase  78.87 
 
 		 429 aa  682    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00506204 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0524  glutamyl-tRNA reductase  73.63 
 
 		 443 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.534347 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0581  glutamyl-tRNA reductase  71.36 
 
 		 435 aa  601  1.0000000000000001e-171  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.226139 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0505  glutamyl-tRNA reductase  61.95 
 
 		 432 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.413574  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3613  glutamyl-tRNA reductase  61.95 
 
 		 434 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.268717  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3600  glutamyl-tRNA reductase  61.95 
 
 		 432 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0971  glutamyl-tRNA reductase  61.95 
 
 		 434 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0563906  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1942  glutamyl-tRNA reductase  61.95 
 
 		 434 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0675  glutamyl-tRNA reductase  61.95 
 
 		 434 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3589  glutamyl-tRNA reductase  61.95 
 
 		 434 aa  514  1e-144  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.472177  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2929  glutamyl-tRNA reductase  61.46 
 
 		 432 aa  510  1e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0415  glutamyl-tRNA reductase  61.46 
 
 		 432 aa  508  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.818412  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2887  glutamyl-tRNA reductase  60.73 
 
 		 432 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.171093 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0483  glutamyl-tRNA reductase  61.46 
 
 		 432 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.675645 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3598  glutamyl-tRNA reductase  61.46 
 
 		 432 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0441  glutamyl-tRNA reductase  61.46 
 
 		 432 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.271355 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0511  glutamyl-tRNA reductase  61.46 
 
 		 432 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212735  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2593  glutamyl-tRNA reductase  61.22 
 
 		 432 aa  504  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2797  glutamyl-tRNA reductase  60.51 
 
 		 435 aa  503  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2720  glutamyl-tRNA reductase  60.34 
 
 		 429 aa  501  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3521  glutamyl-tRNA reductase  58.81 
 
 		 428 aa  498  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.216045  normal  0.218753 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3145  glutamyl-tRNA reductase  60.28 
 
 		 435 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0225946 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2900  glutamyl-tRNA reductase  59.81 
 
 		 435 aa  497  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0437  glutamyl-tRNA reductase  59.05 
 
 		 428 aa  498  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3200  glutamyl-tRNA reductase  59.35 
 
 		 450 aa  491  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3043  glutamyl-tRNA reductase  58.41 
 
 		 434 aa  489  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146578  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0149  glutamyl-tRNA reductase  53.85 
 
 		 449 aa  460  9.999999999999999e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.859015  normal  0.0610884 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2473  glutamyl-tRNA reductase  56.22 
 
 		 414 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0137  glutamyl-tRNA reductase  52.91 
 
 		 438 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0618199  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2642  glutamyl-tRNA reductase  54.09 
 
 		 420 aa  450  1e-125  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3689  glutamyl-tRNA reductase  56.01 
 
 		 416 aa  439  9.999999999999999e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1423  glutamyl-tRNA reductase  54.07 
 
 		 418 aa  428  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40052  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2492  glutamyl-tRNA reductase  50.24 
 
 		 416 aa  395  1e-109  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.59007  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1108  glutamyl-tRNA reductase  48.16 
 
 		 425 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0948  glutamyl-tRNA reductase  48.16 
 
 		 425 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0510  glutamyl-tRNA reductase  46.65 
 
 		 420 aa  365  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5315  glutamyl-tRNA reductase  48.65 
 
 		 422 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1059  glutamyl-tRNA reductase  48.6 
 
 		 426 aa  366  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61710  glutamyl-tRNA reductase  48.4 
 
 		 422 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0624585  normal  0.0109768 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4749  glutamyl-tRNA reductase  47.91 
 
 		 428 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.168503  normal  0.0710553 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4457  glutamyl-tRNA reductase  47.42 
 
 		 425 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0773  glutamyl-tRNA reductase  47.42 
 
 		 425 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0760  glutamyl-tRNA reductase  47.67 
 
 		 425 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0583229  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0732  glutamyl-tRNA reductase  47.42 
 
 		 425 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0341  glutamyl-tRNA reductase  50.12 
 
 		 432 aa  352  8e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2361  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  44.5 
 
 		 429 aa  352  8.999999999999999e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1043  glutamyl-tRNA reductase  48.09 
 
 		 421 aa  351  2e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1052  glutamyl-tRNA reductase  44.44 
 
 		 420 aa  348  1e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.103209  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0993  glutamyl-tRNA reductase  44.87 
 
 		 449 aa  348  1e-94  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0523  Glutamyl-tRNA reductase  49.74 
 
 		 439 aa  345  7e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1528  glutamyl-tRNA reductase  45.34 
 
 		 424 aa  341  1e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3600  glutamyl-tRNA reductase  44.92 
 
 		 422 aa  340  2e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.779704 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3252  glutamyl-tRNA reductase  46.08 
 
 		 425 aa  340  2.9999999999999998e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000725008  normal  0.10707 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41480  glutamyl-tRNA reductase  47.58 
 
 		 408 aa  337  2.9999999999999997e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340284  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1606  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  44.92 
 
 		 419 aa  337  2.9999999999999997e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.495518  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2564  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  42.89 
 
 		 423 aa  335  1e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.508916  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0279  glutamyl-tRNA reductase  44.74 
 
 		 446 aa  332  8e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04547  glutamyl-tRNA reductase  47.64 
 
 		 432 aa  332  9e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3554  glutamyl-tRNA reductase  42.96 
 
 		 422 aa  330  4e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0359238  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2115  glutamyl-tRNA reductase  45.41 
 
 		 418 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.435842  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3547  glutamyl-tRNA reductase  45.02 
 
 		 416 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000884413  decreased coverage  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3615  glutamyl-tRNA reductase  45.02 
 
 		 416 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000229913  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0695  glutamyl-tRNA reductase  45.02 
 
 		 416 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000150429  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3738  glutamyl-tRNA reductase  45.02 
 
 		 416 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000445074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004204  glutamyl-tRNA reductase  43.15 
 
 		 418 aa  327  3e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000179715  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0800  glutamyl-tRNA reductase  44.55 
 
 		 416 aa  325  9e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000139394  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3834  glutamyl-tRNA reductase  43.84 
 
 		 416 aa  324  2e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2408  glutamyl-tRNA reductase  45.16 
 
 		 418 aa  324  2e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2122  glutamyl-tRNA reductase  44.08 
 
 		 432 aa  324  2e-87  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0115057  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2211  glutamyl-tRNA reductase  44.08 
 
 		 432 aa  322  9.000000000000001e-87  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.271306  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1989  glutamyl-tRNA reductase  45.34 
 
 		 420 aa  322  9.999999999999999e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00499789  decreased coverage  0.00167683 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1757  glutamyl-tRNA reductase  44.05 
 
 		 419 aa  321  9.999999999999999e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000105006  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3170  glutamyl-tRNA reductase  43.6 
 
 		 416 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000428438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0789  glutamyl-tRNA reductase  42.78 
 
 		 418 aa  320  1.9999999999999998e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143605  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0768  glutamyl-tRNA reductase  43.84 
 
 		 416 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000952775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01249  glutamyl-tRNA reductase  42.64 
 
 		 418 aa  320  1.9999999999999998e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2071  glutamyl-tRNA reductase  44.91 
 
 		 418 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0132375  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0796  glutamyl-tRNA reductase  43.6 
 
 		 416 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000467609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0722  glutamyl-tRNA reductase  46.9 
 
 		 427 aa  318  1e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0722  glutamyl-tRNA reductase  41.97 
 
 		 416 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.131936  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1972  glutamyl-tRNA reductase  43.42 
 
 		 418 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000439602  normal  0.904808 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1908  glutamyl-tRNA reductase  43.42 
 
 		 418 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00010664  normal  0.872325 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1914  glutamyl-tRNA reductase  43.42 
 
 		 418 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000422832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1362  glutamyl-tRNA reductase  43.42 
 
 		 418 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000971063  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1855  glutamyl-tRNA reductase  46.4 
 
 		 418 aa  313  4.999999999999999e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.163682  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2067  glutamyl-tRNA reductase  44.67 
 
 		 420 aa  312  6.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.85694e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2461  glutamyl-tRNA reductase  44.67 
 
 		 420 aa  312  6.999999999999999e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000933086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2567  glutamyl-tRNA reductase  42.69 
 
 		 416 aa  312  6.999999999999999e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000152956  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1546  glutamyl-tRNA reductase  43.18 
 
 		 418 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0564626  normal  0.139086 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3127  glutamyl-tRNA reductase  41.73 
 
 		 416 aa  311  1e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000225636  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2437  glutamyl-tRNA reductase  43.42 
 
 		 418 aa  311  2e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000304893  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1691  glutamyl-tRNA reductase  43.42 
 
 		 418 aa  311  2e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000277643  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>