180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4056 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1918  protein of unknown function DUF214  50 
 
 		 844 aa  706    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00532118  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2091  hypothetical protein  50.42 
 
 		 843 aa  700    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.597991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0934  hypothetical protein  47.45 
 
 		 869 aa  652    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1315  protein of unknown function DUF214  47.85 
 
 		 861 aa  649    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.156464 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3255  hypothetical protein  74.73 
 
 		 839 aa  1085    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0335123  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0944  hypothetical protein  73.67 
 
 		 853 aa  1118    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.69332 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3245  ABC lysophospholipase exporter, fused innermembrane subunits, FtsX  47.68 
 
 		 860 aa  647    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1602  hypothetical protein  64.28 
 
 		 874 aa  907    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000566259 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3824  hypothetical protein  75.36 
 
 		 843 aa  1112    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.936763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0846  hypothetical protein  71.3 
 
 		 858 aa  1103    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3458  hypothetical protein  75.63 
 
 		 857 aa  1105    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.840481  normal  0.470717 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0533  hypothetical protein  74.29 
 
 		 840 aa  1061    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0810  putative transmembrane protein  69.87 
 
 		 856 aa  998    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2015  hypothetical protein  72.51 
 
 		 844 aa  1084    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4056  protein of unknown function DUF214  100 
 
 		 838 aa  1631    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2050  hypothetical protein  46.58 
 
 		 870 aa  655    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.300889  normal  0.913564 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2242  protein of unknown function DUF214  50.48 
 
 		 844 aa  686    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.805016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2785  protein of unknown function DUF214  75.87 
 
 		 857 aa  1109    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.482364  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5607  hypothetical protein  47.73 
 
 		 871 aa  620  1e-176  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.616708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0898  hypothetical protein  45.91 
 
 		 851 aa  616  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2303  hypothetical protein  47.13 
 
 		 871 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1668  hypothetical protein  47.25 
 
 		 871 aa  608  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2280  hypothetical protein  47.25 
 
 		 871 aa  608  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1029  hypothetical protein  48 
 
 		 869 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0998  hypothetical protein  46.9 
 
 		 863 aa  598  1e-169  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0792753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2196  hypothetical protein  47.41 
 
 		 834 aa  598  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2318  hypothetical protein  46.87 
 
 		 871 aa  597  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1259  efflux ABC transporter, permease protein  47.5 
 
 		 880 aa  589  1e-167  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356208  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1400  putative permease  47.5 
 
 		 1108 aa  587  1e-166  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1251  efflux ABC transporter, permease protein  47.22 
 
 		 883 aa  585  1e-166  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0948  hypothetical protein  42.64 
 
 		 835 aa  574  1.0000000000000001e-162  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1068  hypothetical protein  38.51 
 
 		 832 aa  565  1.0000000000000001e-159  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.105471  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1989  hypothetical protein  41.92 
 
 		 827 aa  546  1e-154  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.662339  normal  0.457189 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2465  protein of unknown function DUF214  41.75 
 
 		 840 aa  546  1e-154  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0205544  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0427  hypothetical protein  40.17 
 
 		 829 aa  519  1e-146  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.940862  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1066  protein of unknown function DUF214  40.36 
 
 		 840 aa  500  1e-140  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2114  hypothetical protein  40.31 
 
 		 831 aa  484  1e-135  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.74108  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1252  hypothetical protein  36.53 
 
 		 835 aa  475  1e-132  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2407  hypothetical protein  39.32 
 
 		 826 aa  450  1e-125  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.514228  hitchhiker  0.00130087 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1918  hypothetical protein  37.63 
 
 		 835 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00695603  hitchhiker  0.000000000000882803 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2066  hypothetical protein  36.14 
 
 		 838 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.134664  normal  0.252651 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2266  permease, putative  35.9 
 
 		 838 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145107  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2316  hypothetical protein  37.14 
 
 		 832 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000697167 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3453  hypothetical protein  37.5 
 
 		 832 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000113684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4016  hypothetical protein  36.43 
 
 		 834 aa  425  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.401086  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27140  hypothetical protein  38.73 
 
 		 830 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1399  ABC transporter, permease protein  33.89 
 
 		 830 aa  420  1e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2296  hypothetical protein  38.25 
 
 		 833 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23050  hypothetical protein  37.74 
 
 		 833 aa  414  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.636342  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02302  ABC-type transport system, permease component  32.3 
 
 		 840 aa  405  1e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1758  hypothetical protein  36.96 
 
 		 835 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.293557  hitchhiker  0.00000000277599 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2560  hypothetical protein  37.44 
 
 		 834 aa  396  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00315514  hitchhiker  0.00000000000119307 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2912  hypothetical protein  31.32 
 
 		 842 aa  384  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1093  ABC lysophospholipase exporter, fused innermembrane subunits, FtsX  46.65 
 
 		 569 aa  381  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0774  hypothetical protein  46.65 
 
 		 569 aa  381  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0970  hypothetical protein  34.95 
 
 		 804 aa  382  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00447  predicted inner membrane protein  34.39 
 
 		 804 aa  378  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3114  protein of unknown function DUF214  34.39 
 
 		 804 aa  379  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0545  efflux ABC transporter, permease protein  34.27 
 
 		 804 aa  377  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3120  hypothetical protein  34.39 
 
 		 804 aa  378  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000749019 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00452  hypothetical protein  34.39 
 
 		 804 aa  378  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0008  protein of unknown function DUF214  35.99 
 
 		 836 aa  379  1e-103  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0575  efflux ABC transporter, permease protein  34.39 
 
 		 804 aa  379  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0535  efflux ABC transporter, permease protein  34.39 
 
 		 804 aa  378  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0600  efflux ABC transporter, permease protein  34.15 
 
 		 804 aa  373  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.77559 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1273  efflux ABC transporter permease  34.94 
 
 		 809 aa  373  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0734608  normal  0.924579 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2209  hypothetical protein  29.7 
 
 		 819 aa  374  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.795386  normal  0.224518 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3019  efflux ABC transporter, permease protein  34.94 
 
 		 809 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00602267  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3157  hypothetical protein  34.94 
 
 		 809 aa  375  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.513308  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0431  efflux ABC transporter, permease protein  34.18 
 
 		 805 aa  372  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0616  efflux ABC transporter permease  33.98 
 
 		 804 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3191  protein of unknown function DUF214  33.62 
 
 		 809 aa  369  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0495543  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1124  hypothetical protein  33.37 
 
 		 809 aa  367  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.101154  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0557  efflux ABC transporter permease  33.98 
 
 		 804 aa  363  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0555  efflux ABC transporter, permease protein  33.86 
 
 		 804 aa  362  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3446  ABC transporter, permease protein, putative  32.38 
 
 		 828 aa  361  3e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000339618  hitchhiker  0.000208184 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0572  efflux ABC transporter permease  33.86 
 
 		 804 aa  360  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.868504 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0562  efflux ABC transporter permease protein  33.86 
 
 		 804 aa  358  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.336553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2618  hypothetical protein  35.25 
 
 		 842 aa  357  5.999999999999999e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.855589  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2066  hypothetical protein  36.67 
 
 		 835 aa  356  1e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1159  hypothetical protein  34.21 
 
 		 810 aa  355  1e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000184343 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1698  hypothetical protein  30.54 
 
 		 823 aa  349  1e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.405062 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1056  protein of unknown function DUF214  34.97 
 
 		 810 aa  343  5.999999999999999e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2310  ABC transporter, permease protein  27.9 
 
 		 836 aa  337  3.9999999999999995e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.545589  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2896  hypothetical protein  29.68 
 
 		 821 aa  336  1e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000431502 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1046  hypothetical protein  34.89 
 
 		 828 aa  333  8e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0649  protein of unknown function DUF214  35.7 
 
 		 838 aa  332  1e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2401  hypothetical protein  31.67 
 
 		 816 aa  328  4.0000000000000003e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.678425  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3003  protein of unknown function DUF214  33.17 
 
 		 810 aa  327  6e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.558274  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1539  hypothetical protein  30.08 
 
 		 833 aa  324  4e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274903 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1545  hypothetical protein  29.96 
 
 		 833 aa  323  8e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.113738 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1487  ABC transporter, permease, putative  30.96 
 
 		 818 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1480  hypothetical protein  29.96 
 
 		 833 aa  321  3e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0684  hypothetical protein  33.45 
 
 		 829 aa  316  9.999999999999999e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.852275  normal  0.517784 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0287  predicted permease  28.73 
 
 		 815 aa  314  4.999999999999999e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2366  hypothetical protein  29.95 
 
 		 827 aa  311  4e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.197088  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2957  hypothetical protein  29.62 
 
 		 810 aa  308  2.0000000000000002e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.133946  normal  0.10767 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2707  hypothetical protein  29.29 
 
 		 836 aa  309  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1662  hypothetical protein  29.27 
 
 		 817 aa  308  3e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000552359  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2783  hypothetical protein  29.02 
 
 		 837 aa  306  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.667381  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>