26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3987 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3987  membrane protein-like protein  100 
 
 
397 aa  794    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.203091  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4278  membrane protein-like protein  32.27 
 
 
404 aa  162  1e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.277261  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1522  membrane protein-like protein  33.09 
 
 
374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179045  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3275  hypothetical protein  33.85 
 
 
332 aa  89.4  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.880784  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1238  membrane protein  31.38 
 
 
382 aa  88.2  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.375166  normal  0.0948074 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0746  membrane protein  32.24 
 
 
389 aa  86.7  7e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3357  hypothetical protein  29.91 
 
 
399 aa  76.3  0.0000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.410286 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3562  hypothetical protein  27.57 
 
 
399 aa  69.7  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.118202  normal  0.328074 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0323  hypothetical protein  27.54 
 
 
442 aa  69.3  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.168214  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3009  hypothetical protein  28.15 
 
 
392 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.477214  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3055  hypothetical protein  28.15 
 
 
392 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3024  hypothetical protein  28.15 
 
 
392 aa  67.8  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00601193  normal  0.11527 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1996  putative integral membrane protein  32.26 
 
 
442 aa  67  0.0000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2216  membrane protein-like protein  32.97 
 
 
397 aa  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000105763  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35570  predicted membrane protein  26.82 
 
 
369 aa  64.7  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00968721  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2583  putative integral membrane protein  28.12 
 
 
327 aa  62.8  0.000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.003396 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2972  putative integral membrane protein  29.19 
 
 
428 aa  58.2  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6011  membrane protein-like protein  29.03 
 
 
406 aa  55.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0111505  normal  0.791396 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0319  membrane protein-like protein  23.94 
 
 
502 aa  52.4  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0495235  hitchhiker  0.000246371 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3715  hypothetical protein  28.5 
 
 
369 aa  48.9  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.376902  normal  0.0526059 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1254  hypothetical protein  27.27 
 
 
347 aa  48.9  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13920  predicted membrane protein  25.67 
 
 
437 aa  48.1  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0156682  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0276  membrane protein-like protein  23 
 
 
502 aa  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0292908 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5989  membrane protein-like protein  27.89 
 
 
445 aa  46.2  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.112909 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1978  hypothetical protein  30.32 
 
 
492 aa  45.1  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12520  predicted membrane protein  31.21 
 
 
468 aa  43.1  0.009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.360296  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>