197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3819 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007336  Reut_C6087  Altronate dehydratase  83.12 
 
 
391 aa  660    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3529  Altronate dehydratase  82.1 
 
 
391 aa  654    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1766  Altronate dehydratase  81.61 
 
 
389 aa  639    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0211518  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0892  Altronate dehydratase  92.58 
 
 
408 aa  761    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3819  Altronate dehydratase  100 
 
 
391 aa  811    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.257566  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2005  Altronate dehydratase  75.72 
 
 
387 aa  616  1e-175  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2003  Altronate dehydratase  75.72 
 
 
387 aa  616  1e-175  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2375  Altronate dehydratase  74.55 
 
 
386 aa  603  1.0000000000000001e-171  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.602236  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2156  Altronate dehydratase  71.88 
 
 
386 aa  597  1e-169  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.12811  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5979  Altronate dehydratase  70.13 
 
 
426 aa  551  1e-156  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.25481 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3706  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain protein  70.1 
 
 
426 aa  548  1e-155  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172735  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2590  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase-like protein  68.41 
 
 
384 aa  534  1e-150  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0469328  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2324  Altronate dehydratase  68.24 
 
 
387 aa  530  1e-149  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2038  putative altronate hydrolase  66.67 
 
 
393 aa  521  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.624711  normal  0.146869 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4418  Altronate dehydratase  62.08 
 
 
384 aa  491  1e-137  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2051  Altronate dehydratase  60.26 
 
 
384 aa  479  1e-134  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000291794  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0481  Galactarate dehydratase  58.75 
 
 
385 aa  462  1e-129  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2462  Altronate dehydratase  59.79 
 
 
392 aa  450  1e-125  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1012  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain protein  59.32 
 
 
390 aa  442  1e-123  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.551016 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1124  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain-containing protein  56.99 
 
 
386 aa  434  1e-121  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2216  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain protein  56.99 
 
 
387 aa  431  1e-119  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.166546  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1140  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain-containing protein  56.89 
 
 
391 aa  431  1e-119  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.944509 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0707  UxaA family hydrolase  38.46 
 
 
408 aa  268  8e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.250621  normal  0.872847 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0753  UxaA family hydrolase  38.46 
 
 
408 aa  268  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.371457  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3804  Altronate dehydratase  39.06 
 
 
384 aa  268  2e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0693  hydrolase, UxaA family  38.6 
 
 
388 aa  267  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0782051  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0767  UxaA family hydrolase  38.6 
 
 
388 aa  267  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0810  UxaA family hydrolase  38.6 
 
 
388 aa  267  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.107485  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5298  Altronate dehydratase  38.8 
 
 
384 aa  265  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0207  Altronate dehydratase  39.39 
 
 
390 aa  261  2e-68  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3275  Altronate dehydratase  38.26 
 
 
385 aa  257  3e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.549273  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6357  Altronate dehydratase  38.02 
 
 
384 aa  256  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.194037  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0126  Altronate dehydratase  35.43 
 
 
389 aa  233  6e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4456  Altronate dehydratase  39.84 
 
 
395 aa  226  8e-58  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  decreased coverage  0.0000308674  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1064  altronate hydrolase  31.49 
 
 
505 aa  197  3e-49  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.343724  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1451  altronate hydrolase  31.43 
 
 
388 aa  197  3e-49  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1545  Altronate dehydratase  32.58 
 
 
403 aa  183  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2430  Altronate dehydratase  33.83 
 
 
402 aa  177  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1606  dehydratase; D-galactarate dehydratase; altronate dehydratase  33.41 
 
 
429 aa  176  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2373  UxaA family hydrolase  32.59 
 
 
440 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.574127  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0825  putative D-galactarate dehydratase/altronate dehydratase  32.59 
 
 
440 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1156  UxaA family hydrolase  32.59 
 
 
440 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1079  D-galactarate dehydratase/altronate hydrolase  32.59 
 
 
440 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.750855  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1789  UxaA family hydrolase  32.59 
 
 
440 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1754  Altronate dehydratase  33.16 
 
 
514 aa  175  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2740  Altronate dehydratase  31.36 
 
 
493 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000642568  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0955  glycogen debranching protein GlgX  31.79 
 
 
508 aa  174  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00705486  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0582  Altronate dehydratase  34.02 
 
 
533 aa  173  3.9999999999999995e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2533  Galactarate dehydratase  32.87 
 
 
533 aa  172  6.999999999999999e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2960  Altronate dehydratase  32.05 
 
 
450 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.651618 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1602  galactarate dehydratase  33.42 
 
 
513 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4298  Altronate dehydratase  32.84 
 
 
435 aa  170  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.968705 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4448  Altronate dehydratase  32.08 
 
 
508 aa  169  6e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6916  Altronate dehydratase  31.49 
 
 
439 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.152732  normal  0.499575 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6308  Altronate dehydratase  31.65 
 
 
507 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.859244 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6467  Altronate dehydratase  31.57 
 
 
507 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.457294  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6702  Altronate dehydratase  31.57 
 
 
507 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2948  galactarate dehydratase  32.66 
 
 
513 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.439252  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2834  UxaA family hydrolase  31.77 
 
 
513 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2855  Altronate dehydratase  31.77 
 
 
513 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.547251  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1749  Altronate dehydratase  31.58 
 
 
510 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.548358  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1575  Altronate dehydratase  30.05 
 
 
498 aa  166  8e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0800  Altronate dehydratase  30.96 
 
 
512 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6583  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain protein  31.76 
 
 
517 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0600477  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1862  galactarate dehydratase  32.66 
 
 
538 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5478  Altronate dehydratase  31.19 
 
 
508 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767398  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3059  galactarate dehydratase  31.36 
 
 
507 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364841  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3225  Altronate dehydratase  31.47 
 
 
501 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05270  altronate dehydratase  30.9 
 
 
525 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6103  D-galactarate dehydratase  31.09 
 
 
510 aa  163  5.0000000000000005e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07160  altronate dehydratase  32.56 
 
 
508 aa  162  7e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0589773  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5795  Altronate dehydratase  31.02 
 
 
523 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228862  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3898  uronate isomerase  31 
 
 
510 aa  162  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.90307  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4671  Altronate dehydratase  31.68 
 
 
523 aa  162  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1221  Altronate dehydratase  31.47 
 
 
507 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1702  Altronate dehydratase  32.13 
 
 
508 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0228  D-altronate dehydratase  30.33 
 
 
503 aa  160  3e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4928  galactarate dehydratase  29.98 
 
 
508 aa  160  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2068  Altronate dehydratase  31.99 
 
 
511 aa  160  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.186874  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5792  Altronate dehydratase  31.33 
 
 
523 aa  160  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3855  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain-containing protein  30.95 
 
 
393 aa  160  4e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00201653  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1247  Altronate dehydratase  31.22 
 
 
507 aa  160  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.665181  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5155  Altronate dehydratase  29.73 
 
 
515 aa  159  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.522272 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6599  galactarate dehydratase  30.96 
 
 
516 aa  159  8e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2945  putative D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase  31.82 
 
 
507 aa  159  8e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0792126  normal  0.661993 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3799  Altronate dehydratase  32.17 
 
 
526 aa  159  9e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3509  Altronate dehydratase  30.57 
 
 
496 aa  158  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1027  galactarate dehydratase  31.59 
 
 
509 aa  158  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3383  Altronate dehydratase  30.31 
 
 
496 aa  159  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0748  Altronate dehydratase  30.77 
 
 
496 aa  156  6e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1537  Altronate dehydratase  28.93 
 
 
513 aa  156  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0531  Altronate dehydratase  30.77 
 
 
496 aa  155  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0590  Galactarate dehydratase  31.6 
 
 
512 aa  155  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.413028  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3970  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase-like  30.08 
 
 
509 aa  155  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3512  D-altronate dehydratase  32.34 
 
 
507 aa  153  5e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3967  Altronate dehydratase  28.22 
 
 
508 aa  150  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.816529  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0154  Altronate dehydratase  30.96 
 
 
500 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0475003  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0783  Galactarate dehydratase  27.97 
 
 
508 aa  150  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0806  UxaA family hydrolase  30.71 
 
 
514 aa  149  6e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.941516  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0160  Galactarate dehydratase  30.69 
 
 
500 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00621613  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>