More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3487 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3487  ABC transporter related  100 
 
 
256 aa  524  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.170607  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5164  ABC transporter related  87.11 
 
 
256 aa  458  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1280  ABC transporter-related protein  87.8 
 
 
277 aa  455  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.78204  normal  0.312074 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2468  ABC transporter related  85.16 
 
 
256 aa  450  1e-125  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3122  ABC transporter related  85.16 
 
 
256 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.30892  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4073  ABC transporter related  81.64 
 
 
256 aa  432  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.572778 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3371  ABC transporter related  80.31 
 
 
258 aa  429  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3520  ABC transporter-related protein  79.92 
 
 
257 aa  426  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.341337 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6266  ABC transporter related  77.56 
 
 
258 aa  414  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3539  ABC transporter related  78.97 
 
 
256 aa  411  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.610144  normal  0.120136 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3344  ABC transporter ATP-binding protein  78.97 
 
 
256 aa  407  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1075  ABC transporter related  77.95 
 
 
278 aa  408  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00032373  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3213  ABC transporter related  78.57 
 
 
256 aa  407  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4075  ABC transporter related  78.35 
 
 
268 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.231771 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5956  ABC transporter related  76.17 
 
 
256 aa  401  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00448247  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3527  ABC transporter related  76.38 
 
 
257 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0017  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  78.14 
 
 
263 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3915  ABC transporter related  78.54 
 
 
259 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3049  ABC transporter related  77.33 
 
 
263 aa  392  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3331  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  76.11 
 
 
259 aa  388  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0083  ABC transporter related  76.11 
 
 
259 aa  388  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.265408  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0085  ABC transporter related  75.3 
 
 
259 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3265  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  76.11 
 
 
259 aa  387  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.734875 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2972  ABC transporter related  76.11 
 
 
259 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0074  ABC transporter related  75.3 
 
 
259 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0083  ABC transporter related  76.11 
 
 
259 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0101  ABC transporter related  76.11 
 
 
259 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.611585  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2934  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  74.9 
 
 
259 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3782  ABC transporter related  77.02 
 
 
263 aa  382  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0200  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  74.9 
 
 
259 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.519343  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3754  ABC transporter ATP-binding protein  74.22 
 
 
256 aa  380  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.30029  normal  0.205301 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2992  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  74.9 
 
 
259 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3377  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  74.9 
 
 
259 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4067  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  74.9 
 
 
259 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1609  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  74.9 
 
 
259 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3993  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  74.9 
 
 
259 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6436  ABC transporter related  74.5 
 
 
261 aa  380  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0006  ABC transporter related  73.2 
 
 
253 aa  369  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.362312  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0006  ABC transporter related  73.6 
 
 
255 aa  370  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.112174 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3591  ABC transporter-related protein  72.54 
 
 
250 aa  364  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1375  ABC transporter related  68.67 
 
 
255 aa  355  5.999999999999999e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1435  ABC transporter related  67.83 
 
 
256 aa  354  6.999999999999999e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.446323 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2135  ABC branched-chain amino acid transporter, ATPase subunit  69.11 
 
 
250 aa  353  1e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1822  ABC transporter related  69.11 
 
 
250 aa  353  1e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2517  ABC transporter related  65.06 
 
 
256 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.547475  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1672  ABC transporter related  64.26 
 
 
251 aa  333  1e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.707432  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3167  ABC transporter related  64.26 
 
 
251 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.449942  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1679  ABC transporter related  70.33 
 
 
250 aa  333  2e-90  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2955  ABC transporter related  63.86 
 
 
251 aa  329  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.26025  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2329  ABC transporter related  63.45 
 
 
251 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.170291  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3755  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  65.25 
 
 
240 aa  328  6e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3246  ABC transporter related  64.66 
 
 
262 aa  326  3e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.373982  normal  0.0991744 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0055  ABC transporter related  65.31 
 
 
252 aa  324  1e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.880388  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4447  ABC transporter related  64.66 
 
 
262 aa  323  1e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0812049  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8050  ABC transporter related  64.26 
 
 
261 aa  323  2e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0251922  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2928  ABC transporter related  62.35 
 
 
252 aa  322  5e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3304  ABC transporter component  59.6 
 
 
250 aa  321  6e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3522  ABC transporter related  64.08 
 
 
250 aa  318  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0311765  normal  0.543543 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0938  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  61.29 
 
 
255 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.248089  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0954  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  59.76 
 
 
271 aa  296  3e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.276985  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5822  ABC transporter related  59.43 
 
 
260 aa  295  7e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.545268  normal  0.0926857 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6728  ABC transporter related  59.02 
 
 
260 aa  293  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0895  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  59.35 
 
 
271 aa  294  1e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.876597  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2865  ABC transporter related  58.61 
 
 
261 aa  293  3e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1401  ABC transporter related  59.67 
 
 
271 aa  292  4e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1716  ABC transporter related  58.61 
 
 
258 aa  290  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.345964  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3296  ABC branched-chain amino acid transporter, ATPase subunit  57.89 
 
 
257 aa  284  8e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.119386  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4028  ABC transporter related  57.89 
 
 
257 aa  284  8e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3291  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  58.7 
 
 
257 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.383149  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2028  ABC transporter related  53.11 
 
 
252 aa  256  3e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.480224  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2579  ABC transporter related protein  56.79 
 
 
248 aa  254  1.0000000000000001e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1801  ABC transporter related  54.29 
 
 
253 aa  249  4e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.627304  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1791  ABC transporter related  53.47 
 
 
253 aa  248  7e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000550439 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4105  ABC transporter related  48.58 
 
 
256 aa  226  3e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1577  ABC transporter related  45.53 
 
 
249 aa  218  5e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8564  ABC transporter related  47.15 
 
 
859 aa  218  5e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  unclonable  0.00150701  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1049  ABC transporter related  44.9 
 
 
254 aa  218  7.999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3457  ABC transporter related  44.08 
 
 
254 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.257726  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1794  ABC transporter related  45.02 
 
 
269 aa  216  2.9999999999999998e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1571  ABC transporter related  45.12 
 
 
249 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.98621  normal  0.656005 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1895  ABC transporter related  47.04 
 
 
264 aa  214  9.999999999999999e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.045423 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2704  ABC transporter related  45.16 
 
 
842 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.565726  normal  0.530497 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3166  ABC transporter related  46.34 
 
 
249 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.219899  normal  0.262442 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4567  ABC transporter related  43.57 
 
 
249 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.129201  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2978  ABC transporter related  47.04 
 
 
265 aa  214  9.999999999999999e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2174  ABC transporter related protein  42.97 
 
 
271 aa  212  3.9999999999999995e-54  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2892  ABC transporter related protein  45.78 
 
 
266 aa  212  4.9999999999999996e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4998  ABC transporter related  45.9 
 
 
250 aa  211  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.101708  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2931  ABC transporter-related protein  45.87 
 
 
264 aa  211  1e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.409418  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2927  ABC transporter related  44.8 
 
 
258 aa  210  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0722568  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2388  ABC transporter related  44.05 
 
 
259 aa  209  3e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0199374  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4170  ABC transporter related  44.4 
 
 
253 aa  209  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0223  ABC transporter related  44.72 
 
 
250 aa  209  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2527  ABC transporter related  46.15 
 
 
266 aa  209  5e-53  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.727233  normal  0.57543 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2856  ABC transporter related protein  44.66 
 
 
276 aa  207  1e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00458274  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1576  ABC transporter related  43.5 
 
 
250 aa  206  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1472  ABC transporter-like protein  45.7 
 
 
261 aa  207  2e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.723691  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1753  amino-acid ATP-binding ABC transporter protein  42.8 
 
 
266 aa  206  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.50264  normal  0.705877 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1402  ABC transporter related  43.08 
 
 
257 aa  206  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2026  ABC transporter related  44.31 
 
 
252 aa  206  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>