More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3223 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2628  ABC transporter ATP-binding protein  63.77 
 
 		 658 aa  747    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1621  ABC transporter related  56.15 
 
 		 618 aa  660    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0907741  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1214  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  69.02 
 
 		 609 aa  808    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.346057  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1451  ABC transporter-related protein  56.91 
 
 		 609 aa  699    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.296009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2185  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  69.28 
 
 		 617 aa  857    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0907357 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3128  ABC transporter, ATP-binding/permease protein, putative  56.98 
 
 		 609 aa  707    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3071  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  62.66 
 
 		 619 aa  757    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0688673  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1419  ABC transporter related  56.41 
 
 		 609 aa  704    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00302849  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2498  ABC transporter related  56.41 
 
 		 609 aa  706    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.896627  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2821  ABC transporter related  55.74 
 
 		 609 aa  700    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.061143  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1768  ABC transporter related  55.92 
 
 		 622 aa  722    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0108  ABC transporter related  56.69 
 
 		 636 aa  703    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.366198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1556  ABC transporter related  56.23 
 
 		 609 aa  694    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00693987  normal  0.0222029 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0671  ABC-type multidrug efflux pump, ATP-binding component  56.46 
 
 		 607 aa  718    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.123836  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3611  ABC transporter related  71.29 
 
 		 626 aa  846    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2782  ABC transporter related  54.9 
 
 		 618 aa  678    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.292223 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6066  ABC transporter related  63.4 
 
 		 617 aa  743    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0549196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2928  ABC transporter, transmembrane region:ABC transporter  63.15 
 
 		 617 aa  756    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.398164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0083  eflux ABC transporter inner membrane protein  54.82 
 
 		 637 aa  676    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2579  putative hemolysin secretion ATP-binding protein  53.69 
 
 		 611 aa  676    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000689381  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1666  ABC transporter related  70.92 
 
 		 613 aa  856    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.66549  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2131  ABC transporter related  63.77 
 
 		 617 aa  748    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1457  ABC transporter related  55.57 
 
 		 609 aa  692    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.162011  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0691  ABC transporter ATP-binding protein  54.4 
 
 		 609 aa  667    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07111  hypothetical protein  54.9 
 
 		 612 aa  694    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3046  ABC transporter related  54.69 
 
 		 618 aa  677    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.752635 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2245  ABC transporter, transmembrane region  63.61 
 
 		 619 aa  763    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.20584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2089  ABC transporter related  70.92 
 
 		 613 aa  844    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.240835  normal  0.548232 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7674  ABC efflux pump, ATPase subunit  62.18 
 
 		 617 aa  747    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.22456  normal  0.131905 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6620  ABC transporter related  62.66 
 
 		 617 aa  758    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.349027  normal  0.153247 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00688  multidrug resistance ABC transporter ATP-binding and permease protein  54.01 
 
 		 613 aa  679    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0450616  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1494  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  57.07 
 
 		 630 aa  655    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.283216  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2801  ABC transporter related  56.23 
 
 		 609 aa  694    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0386861  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2169  ABC transporter related  63.27 
 
 		 617 aa  759    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1740  ABC transporter related  65.19 
 
 		 609 aa  800    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539083  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3203  ABC transporter related  63.11 
 
 		 617 aa  743    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2206  ABC transporter, ATP-binding/permease protein, putative  56.72 
 
 		 612 aa  689    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.52947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0526  TonB-dependent receptor  52.71 
 
 		 608 aa  666    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3223  ABC transporter related  100 
 
 		 620 aa  1248    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2135  ABC transporter-related protein  66.72 
 
 		 630 aa  809    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180328 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2721  ABC transporter related  76.1 
 
 		 615 aa  913    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.244444 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2941  ABC transporter related  56.23 
 
 		 609 aa  695    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.417973  normal  0.0292535 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2532  ABC transporter related  55.41 
 
 		 609 aa  684    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00690658  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3213  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  52.53 
 
 		 619 aa  658    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001285  putative hemolysin secretion ATP-binding protein  52.5 
 
 		 603 aa  635    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000363731  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0113  ABC transporter related  57.83 
 
 		 619 aa  652    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2848  ABC transporter-related protein  69.76 
 
 		 611 aa  833    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.934041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0090  ABC transporter related  55.85 
 
 		 636 aa  684    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1441  ABC transporter related  65.03 
 
 		 618 aa  795    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.73054 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2905  ABC transporter-related protein  55.41 
 
 		 609 aa  692    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.564374  normal  0.291067 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5775  ABC transporter related  63.13 
 
 		 617 aa  757    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.832359  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0591  ABC transporter related  55.16 
 
 		 613 aa  697    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0415751  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2173  ABC transporter related  59.06 
 
 		 616 aa  701    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001027  ABC transporter ATP-binding protein  54.4 
 
 		 616 aa  690    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1588  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  55.59 
 
 		 612 aa  683    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6140  ABC transporter related  63.13 
 
 		 617 aa  757    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.660679 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1366  ABC transporter related  56.58 
 
 		 609 aa  706    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00434177  normal  0.0240824 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0739  ABC transporter related  58.92 
 
 		 613 aa  694    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.327273  normal  0.0543304 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1543  ABC transporter related  56.08 
 
 		 617 aa  659    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.103422 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1431  ABC transporter related  56.58 
 
 		 609 aa  714    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0505297  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1742  ABC transporter related  54.34 
 
 		 609 aa  683    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.394506 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2713  ABC transporter related  55.08 
 
 		 609 aa  684    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00697822  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0242  ABC transporter, ATP-binding protein  56.04 
 
 		 706 aa  696    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0860  ABC transporter related  50.16 
 
 		 621 aa  617  1e-175  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000519067  hitchhiker  0.000174676 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1898  putative ABC transporter ATP-binding protein/permease  51.39 
 
 		 610 aa  608  1e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0761429  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22440  putative ATP-binding/permease fusion ABC transporter  50.9 
 
 		 610 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000108745 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0907  ABC transporter related  51.31 
 
 		 610 aa  607  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.657123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3836  ABC transporter related  50.49 
 
 		 610 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.643944 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0836  ABC transporter related  51.31 
 
 		 610 aa  604  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.181434  normal  0.584452 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3490  ATPase  50.74 
 
 		 614 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2516  ABC transporter-related protein  51.14 
 
 		 610 aa  603  1.0000000000000001e-171  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.584837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4049  ABC transporter related  50.66 
 
 		 610 aa  601  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1348  ABC transporter related  50 
 
 		 610 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.416951  normal  0.150129 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4542  ABC transporter permease/ATP-binding protein  50 
 
 		 610 aa  598  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1307  ABC transporter related  51.3 
 
 		 611 aa  592  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.556896 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1427  ABC transporter-like  50 
 
 		 610 aa  591  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.582294  normal  0.104251 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4091  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  48.94 
 
 		 610 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0803284  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3827  ABC transporter, transmembrane region:ABC transporter  48.54 
 
 		 610 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.284147  normal  0.0157718 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2892  ABC transporter related  49.19 
 
 		 612 aa  579  1e-164  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04842  ABC transporter ATP-binding protein  50.73 
 
 		 610 aa  579  1e-164  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1204  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  50 
 
 		 614 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494984  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2865  ABC transporter related  49.84 
 
 		 614 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.148905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1235  ABC transporter related  50.41 
 
 		 610 aa  567  1e-160  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0197069  normal  0.341484 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2642  ABC transporter related  50 
 
 		 614 aa  567  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.988853  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1674  ABC transporter related  46.24 
 
 		 610 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0942  ABC transporter related  47.69 
 
 		 622 aa  542  1e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7080  ABC transporter related  49.75 
 
 		 621 aa  538  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.161763  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0082  ABC transporter related  49.51 
 
 		 614 aa  538  1e-151  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6225  ABC transporter related  49.67 
 
 		 624 aa  531  1e-149  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.942723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0462  ABC transporter related  46.94 
 
 		 621 aa  526  1e-148  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.482953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1487  ABC transporter related  45.92 
 
 		 609 aa  527  1e-148  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0677  ABC transporter related  47.12 
 
 		 618 aa  523  1e-147  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.021842  normal  0.0281361 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0665  ABC transporter related  47.12 
 
 		 646 aa  522  1e-147  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.308501 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3044  ABC transporter related  45.77 
 
 		 637 aa  521  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.989361  normal  0.444628 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0644  ABC transporter related  46.79 
 
 		 646 aa  520  1e-146  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.601366 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1542  ABC transporter related  47.11 
 
 		 621 aa  517  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.264596  normal  0.178862 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2780  ABC transporter related  45.93 
 
 		 637 aa  515  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.808568 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3208  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  44.1 
 
 		 625 aa  494  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333533  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3491  ATPase  47.6 
 
 		 614 aa  489  1e-137  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2893  ABC transporter related  46.72 
 
 		 614 aa  482  1e-134  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>