48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3213 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3213  protein of unknown function DUF521  100 
 
 
431 aa  899    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6224  hypothetical protein  67.91 
 
 
428 aa  636    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6393  hypothetical protein  67.67 
 
 
428 aa  636    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6626  hypothetical protein  67.67 
 
 
428 aa  636    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1036  hypothetical protein  33.8 
 
 
415 aa  237  3e-61  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0935  hypothetical protein  35.29 
 
 
401 aa  229  5e-59  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.196972  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1010  hypothetical protein  35.58 
 
 
401 aa  212  1e-53  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0690809  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0616  predicted aconitase subunit 1  35.04 
 
 
392 aa  209  9e-53  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.564704  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0963  hypothetical protein  33.56 
 
 
401 aa  209  1e-52  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.609642  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1745  aconitase subunit 1  34.91 
 
 
401 aa  208  2e-52  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0813314  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4133  hypothetical protein  32.95 
 
 
580 aa  207  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47930  hypothetical protein  32.94 
 
 
580 aa  206  5e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.444415  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0207  hypothetical protein  33.64 
 
 
386 aa  199  7e-50  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1472  aconitase subunit 1  34.58 
 
 
395 aa  193  4e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2143  protein of unknown function DUF521  33.18 
 
 
580 aa  192  9e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180277  normal  0.183216 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0849  protein of unknown function DUF521  32.67 
 
 
386 aa  187  3e-46  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4969  hypothetical protein  34.8 
 
 
409 aa  185  1.0000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0717  aconitase subunit 1  33.49 
 
 
405 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2437  hypothetical protein  32.33 
 
 
389 aa  171  2e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.382594 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1693  hypothetical protein  29.75 
 
 
599 aa  171  3e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0008  hypothetical protein  30.21 
 
 
419 aa  168  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0123  hypothetical protein  32.63 
 
 
392 aa  166  1.0000000000000001e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.476328  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3862  hypothetical protein  30.72 
 
 
563 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2138  hypothetical protein  31.06 
 
 
386 aa  163  6e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1424  aconitase subunit 1  31.29 
 
 
415 aa  160  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0316899  normal  0.0572647 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08629  DUF521 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G00490)  29.84 
 
 
576 aa  159  8e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.255951  normal  0.881341 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0796  hypothetical protein  31.57 
 
 
393 aa  158  2e-37  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2340  aconitase subunit 1  31.16 
 
 
415 aa  156  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4604  hypothetical protein  30.93 
 
 
415 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3759  hypothetical protein  30.93 
 
 
415 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0137498  normal  0.225559 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0511  protein of unknown function DUF521  28.1 
 
 
387 aa  154  2e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3764  hypothetical protein  30.93 
 
 
415 aa  154  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283773  normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4854  hypothetical protein  29.43 
 
 
563 aa  152  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.684084  normal  0.761618 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5490  hypothetical protein  31.16 
 
 
415 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.722523 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4971  hypothetical protein  30.23 
 
 
415 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.901279  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3636  hypothetical protein  31.16 
 
 
415 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47407  predicted protein  27.45 
 
 
652 aa  146  7.0000000000000006e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0056  aconitase subunit 1  30.93 
 
 
394 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.00973129 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2556  hypothetical protein  29.91 
 
 
418 aa  138  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000806636  normal  0.145061 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2207  hypothetical protein  31.31 
 
 
422 aa  135  1.9999999999999998e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.352777  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0053  hypothetical protein  25.59 
 
 
384 aa  121  3e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0991  hypothetical protein  25.64 
 
 
391 aa  112  1.0000000000000001e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.386481 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0949  aconitase subunit 1  25.66 
 
 
368 aa  73.2  0.000000000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1920  hypothetical protein  23.99 
 
 
373 aa  73.2  0.000000000009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1398  hypothetical protein  22.88 
 
 
380 aa  63.5  0.000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.492056  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0855  hypothetical protein  22.03 
 
 
373 aa  59.3  0.0000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.145121 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2017  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  33.33 
 
 
419 aa  47.4  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0507  isopropylmalate isomerase large subunit  28.78 
 
 
481 aa  46.6  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>