More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3101 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3101  ATP-cone domain protein  100 
 
 		 147 aa  296  5e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202897  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2875  transcriptional regulator NrdR  75.51 
 
 		 149 aa  237  4e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.591342  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2908  transcriptional regulator NrdR  72.11 
 
 		 149 aa  231  3e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0801227  normal  0.0399759 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2659  transcriptional regulator NrdR  71.43 
 
 		 149 aa  224  3e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0802189  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2045  transcriptional regulator NrdR  73.47 
 
 		 149 aa  224  4e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0709551  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1659  transcriptional regulator NrdR  73.47 
 
 		 149 aa  224  4e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2993  transcriptional regulator NrdR  70.75 
 
 		 149 aa  218  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.701897  normal  0.27543 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2939  transcriptional regulator NrdR  68.03 
 
 		 147 aa  217  3.9999999999999997e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.634156 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4247  transcriptional regulator NrdR  69.39 
 
 		 149 aa  212  9.999999999999999e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.372453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2681  transcriptional regulator NrdR  69.44 
 
 		 155 aa  211  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0789  transcriptional regulator NrdR  67.35 
 
 		 154 aa  209  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861935  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0728  transcriptional regulator NrdR  67.36 
 
 		 149 aa  207  4e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.443303 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0721  transcriptional regulator NrdR  65.99 
 
 		 154 aa  206  8e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.109615  normal  0.121751 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0677  transcriptional regulator NrdR  65.99 
 
 		 154 aa  206  8e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.726709  normal  0.692453 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4956  transcriptional regulator NrdR  63.27 
 
 		 151 aa  201  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0604  transcriptional regulator NrdR  62.59 
 
 		 154 aa  199  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2928  transcriptional regulator NrdR  62.59 
 
 		 147 aa  197  5e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0280  transcriptional regulator NrdR  57.82 
 
 		 148 aa  184  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0776  transcriptional regulator NrdR  67.14 
 
 		 159 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.327359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0701  transcriptional regulator NrdR  67.14 
 
 		 159 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1550  transcriptional regulator NrdR  62.59 
 
 		 170 aa  182  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2580  transcriptional regulator NrdR  67.14 
 
 		 159 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0684  transcriptional regulator NrdR  67.14 
 
 		 159 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.701389  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0807  transcriptional regulator NrdR  67.14 
 
 		 159 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.102565  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0324  transcriptional regulator NrdR  67.14 
 
 		 159 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1941  transcriptional regulator NrdR  65.28 
 
 		 159 aa  181  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2074  transcriptional regulator NrdR  65.28 
 
 		 159 aa  181  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3248  transcriptional regulator NrdR  65.28 
 
 		 159 aa  181  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0835  transcriptional regulator NrdR  65.28 
 
 		 159 aa  181  3e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3233  transcriptional regulator NrdR  65.28 
 
 		 159 aa  181  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.464565  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3195  transcriptional regulator NrdR  65.28 
 
 		 159 aa  181  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2669  transcriptional regulator NrdR  65.28 
 
 		 159 aa  181  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1380  transcriptional regulator NrdR  67.14 
 
 		 159 aa  180  5.0000000000000004e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3896  transcriptional regulator NrdR  66.43 
 
 		 159 aa  179  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1916  transcriptional regulator NrdR  57.14 
 
 		 148 aa  178  2.9999999999999997e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00109588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3913  transcriptional regulator NrdR  62.5 
 
 		 160 aa  178  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.275077  normal  0.0858388 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2448  transcriptional regulator NrdR  63.19 
 
 		 164 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1659  transcriptional regulator NrdR  57.64 
 
 		 165 aa  174  3e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.242165  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0766  transcriptional regulator NrdR  63.19 
 
 		 160 aa  174  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.248117 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0308  transcriptional regulator NrdR  57.14 
 
 		 148 aa  172  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.816835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0842  ATP-cone domain-containing protein  55.63 
 
 		 172 aa  167  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2586  transcriptional regulator NrdR  56.74 
 
 		 161 aa  166  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0374  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 		 151 aa  166  1e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.233344  normal  0.151767 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1558  ATP-cone domain protein  52.08 
 
 		 172 aa  164  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.609001  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4463  transcriptional regulator NrdR  54.23 
 
 		 154 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0689  hypothetical protein  54.23 
 
 		 154 aa  163  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5020  transcriptional regulator NrdR  53.52 
 
 		 154 aa  163  8e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582624 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3858  transcriptional regulator NrdR  53.52 
 
 		 155 aa  163  9e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0566  transcriptional regulator NrdR  53.52 
 
 		 154 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0513  transcriptional regulator NrdR  52.82 
 
 		 154 aa  161  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.579451  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06700  transcriptional regulator NrdR  53.52 
 
 		 154 aa  162  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1044  transcriptional regulator NrdR  53.52 
 
 		 175 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0559  transcriptional regulator NrdR  52.82 
 
 		 154 aa  161  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0548  transcriptional regulator NrdR  52.82 
 
 		 154 aa  161  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11380  transcriptional regulator NrdR  53.52 
 
 		 154 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.165423  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1401  transcriptional regulator NrdR  51.41 
 
 		 154 aa  159  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.124878  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0005  transcriptional regulator NrdR  55.78 
 
 		 159 aa  159  1e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2166  transcriptional regulator NrdR  57.14 
 
 		 158 aa  158  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.13572  normal  0.0195727 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1003  transcriptional regulator NrdR  52.38 
 
 		 156 aa  158  2e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000818068  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4051  ATP-cone domain-containing protein  50.69 
 
 		 170 aa  158  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0578  transcriptional regulator NrdR  51.72 
 
 		 157 aa  157  4e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1579  transcriptional regulator NrdR  51.72 
 
 		 157 aa  157  4e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000136219  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0576  transcriptional regulator NrdR  53.52 
 
 		 173 aa  156  9e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2026  transcriptional regulator NrdR  50.7 
 
 		 174 aa  155  1e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1381  transcriptional regulator NrdR  52.14 
 
 		 149 aa  155  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00201754  hitchhiker  0.0000201211 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1272  transcriptional regulator NrdR  52.14 
 
 		 149 aa  155  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00612779  hitchhiker  0.000000016525 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1034  transcriptional regulator NrdR  48.61 
 
 		 149 aa  155  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0182985  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1161  transcriptional regulator NrdR  50.69 
 
 		 149 aa  154  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000702599  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1015  transcriptional regulator NrdR  50 
 
 		 149 aa  154  6e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1310  transcriptional regulator NrdR  53.57 
 
 		 149 aa  153  9e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02986  transcriptional regulator NrdR  51.43 
 
 		 149 aa  152  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000784776  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2779  transcriptional regulator NrdR  48.61 
 
 		 149 aa  152  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.392187  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3470  transcriptional regulator NrdR  47.92 
 
 		 149 aa  151  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3304  transcriptional regulator NrdR  48.61 
 
 		 149 aa  151  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.311833  hitchhiker  0.000761879 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3161  transcriptional regulator NrdR  48.61 
 
 		 149 aa  151  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.769122  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1210  transcriptional regulator NrdR  48.61 
 
 		 149 aa  151  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1186  transcriptional regulator NrdR  50 
 
 		 157 aa  152  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.526679  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1143  transcriptional regulator NrdR  49.29 
 
 		 149 aa  152  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.086063  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3160  transcriptional regulator NrdR  48.61 
 
 		 149 aa  151  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.166441  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1095  transcriptional regulator NrdR  47.92 
 
 		 149 aa  151  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.287796  normal  0.608767 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1161  transcriptional regulator NrdR  47.92 
 
 		 149 aa  151  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.860678  normal  0.127116 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1095  transcriptional regulator NrdR  47.92 
 
 		 149 aa  151  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0146085  normal  0.938869 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1849  transcriptional regulator NrdR  52.11 
 
 		 177 aa  151  2.9999999999999998e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1870  ATP-cone domain protein  46.26 
 
 		 175 aa  151  2.9999999999999998e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0173764  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1910  transcriptional regulator NrdR  52.11 
 
 		 181 aa  151  2.9999999999999998e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.658817  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1597  transcriptional regulator NrdR  48.98 
 
 		 150 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000000794729  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1748  transcriptional regulator NrdR  48.98 
 
 		 150 aa  151  2.9999999999999998e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0805744  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0356  transcriptional regulator NrdR  48.98 
 
 		 159 aa  150  4e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.0000016324  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3459  transcriptional regulator NrdR  50 
 
 		 156 aa  150  5e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.007384 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2835  transcriptional regulator NrdR  51.43 
 
 		 155 aa  150  7e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0802183  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1071  transcriptional regulator NrdR  52.14 
 
 		 149 aa  149  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.472866  hitchhiker  0.0011429 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0729  transcriptional regulator NrdR  49.29 
 
 		 165 aa  148  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3025  transcriptional regulator NrdR  48.98 
 
 		 150 aa  149  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304834  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1444  transcriptional regulator NrdR  48.3 
 
 		 157 aa  148  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1225  transcriptional regulator NrdR  48.98 
 
 		 150 aa  149  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.123121 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1862  transcriptional regulator NrdR  52.14 
 
 		 149 aa  148  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00283574  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2927  transcriptional regulator NrdR  50.71 
 
 		 155 aa  148  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2743  transcriptional regulator NrdR  50.71 
 
 		 156 aa  147  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0921  transcriptional regulator NrdR  50 
 
 		 149 aa  147  5e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3259  transcriptional regulator NrdR  51.43 
 
 		 149 aa  147  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.231243  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>