More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2896 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2896  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
476 aa  912    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.17584  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2000  major facilitator superfamily MFS_1  66.96 
 
 
468 aa  557  1e-157  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0919237  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1703  major facilitator superfamily transporter  66.74 
 
 
468 aa  555  1e-157  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.824746 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3366  major facilitator transporter  66.74 
 
 
474 aa  553  1e-156  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.209391  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1868  major facilitator superfamily transporter  69.23 
 
 
463 aa  509  1e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.210947  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1791  major facilitator transporter  54.35 
 
 
455 aa  472  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.130423  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2655  major facilitator transporter  54.35 
 
 
455 aa  472  1e-132  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0128885 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1680  major facilitator transporter  54.35 
 
 
455 aa  472  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2121  major facilitator transporter  54.18 
 
 
480 aa  457  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000118824  hitchhiker  0.000464724 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3373  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  53.13 
 
 
474 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0970246  normal  0.949591 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2300  major facilitator transporter  53.25 
 
 
455 aa  435  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2436  major facilitator transporter  53.25 
 
 
455 aa  435  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3647  major facilitator superfamily MFS_1  55.85 
 
 
445 aa  438  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2398  major facilitator transporter  54.07 
 
 
457 aa  433  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.233467  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3013  EmrB/QacA family drug resistance transporter  53.97 
 
 
457 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1267  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  54.2 
 
 
457 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0903  EmrB/QacA family drug resistance transporter  52.4 
 
 
457 aa  429  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0899  major facilitator transporter  53.46 
 
 
455 aa  431  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0142459 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1559  EmrB/QacA family drug resistance transporter  53.97 
 
 
457 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.3304  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1113  EmrB/QacA family drug resistance transporter  53.97 
 
 
457 aa  429  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239242  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0968  EmrB/QacA family drug resistance transporter  53.97 
 
 
457 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.028238  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3036  EmrB/QacA family drug resistance transporter  53.97 
 
 
457 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1140  major facilitator superfamily MFS_1  53.98 
 
 
485 aa  427  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5717  major facilitator transporter  53.68 
 
 
455 aa  426  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1107  transport protein YebQ  54.42 
 
 
457 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3532  major facilitator superfamily MFS_1  53.32 
 
 
464 aa  426  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0144741  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2396  major facilitator transporter  54.11 
 
 
455 aa  423  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.124422 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1359  major facilitator transporter  53.85 
 
 
457 aa  423  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000544866  normal  0.0171999 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1779  major facilitator transporter  53.46 
 
 
455 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2391  major facilitator transporter  53.46 
 
 
455 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01799  predicted transporter  53.85 
 
 
457 aa  420  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.702332  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1814  major facilitator superfamily MFS_1  53.85 
 
 
457 aa  419  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0974065  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2096  transporter, major facilitator family  53.85 
 
 
457 aa  419  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000334622  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2057  major facilitator transporter  53.85 
 
 
457 aa  419  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000276099  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1804  major facilitator transporter  53.85 
 
 
457 aa  419  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.673075  normal  0.0488273 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2560  transporter, major facilitator family  53.85 
 
 
457 aa  419  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000336159  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2143  major facilitator transporter  53.88 
 
 
480 aa  420  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172092  hitchhiker  0.000390012 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1919  major facilitator transporter  53.85 
 
 
457 aa  419  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591664  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01787  hypothetical protein  53.85 
 
 
457 aa  420  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.868049  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4770  MFS family transporter  50.87 
 
 
474 aa  409  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3520  major facilitator transporter  50.98 
 
 
475 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331795  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1309  major facilitator superfamily MFS_1  53.83 
 
 
455 aa  387  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0923  major facilitator transporter  52.41 
 
 
459 aa  385  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.298675 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1017  transporter, putative  46.17 
 
 
459 aa  376  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1280  EmrB/QacA family drug resistance transporter  47.98 
 
 
459 aa  378  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.086672  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3326  major facilitator superfamily MFS_1  51.55 
 
 
459 aa  378  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2768  MFS family transporter  47.43 
 
 
464 aa  375  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.469352 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0958  putative transporter  46.8 
 
 
442 aa  366  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3792  major facilitator transporter  45.26 
 
 
488 aa  365  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.57884 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5967  major facilitator superfamily MFS_1  46.24 
 
 
455 aa  360  2e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2166  major facilitator transporter  47.82 
 
 
498 aa  360  3e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.440197  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3450  major facilitator superfamily MFS_1  53.66 
 
 
459 aa  360  4e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.523249  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3129  major facilitator transporter  53.66 
 
 
459 aa  359  6e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0660329 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2203  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  47.01 
 
 
455 aa  358  9e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190205  normal  0.434224 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3605  major facilitator transporter  46.85 
 
 
472 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3816  major facilitator transporter  46.75 
 
 
491 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.524764  normal  0.933625 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3984  putative MFS superfamily transport protein  47.89 
 
 
473 aa  355  1e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00527926 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4444  major facilitator transporter  47.63 
 
 
453 aa  352  8e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3923  major facilitator transporter  47.63 
 
 
453 aa  352  8e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3665  major facilitator transporter  48.57 
 
 
466 aa  352  1e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2164  major facilitator transporter  47.47 
 
 
476 aa  346  4e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131167  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3300  major facilitator transporter  46.75 
 
 
497 aa  343  5e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.471538 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4320  major facilitator transporter  44.3 
 
 
446 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.142601  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4542  major facilitator superfamily transporter  44.93 
 
 
490 aa  332  8e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.061139  normal  0.234222 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3110  major facilitator superfamily MFS_1  44.2 
 
 
469 aa  327  4.0000000000000003e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4661  major facilitator transporter  48.6 
 
 
468 aa  316  7e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS04823  putative efflux PUMP antibiotic resistance transmembrane protein  40.42 
 
 
479 aa  292  1e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05653  putative efflux PUMP antibiotic resistance transmembrane protein  40.42 
 
 
479 aa  292  1e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2995  major facilitator transporter  42.62 
 
 
461 aa  278  1e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.35009  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6200  major facilitator superfamily MFS_1  45.12 
 
 
481 aa  273  4.0000000000000004e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.111664  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6917  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.85 
 
 
463 aa  256  6e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1619  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  30.84 
 
 
475 aa  205  2e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0344843  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1211  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.25 
 
 
474 aa  196  6e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173794  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2180  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.17 
 
 
477 aa  187  4e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1290  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.17 
 
 
477 aa  184  4.0000000000000006e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.573102 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2227  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.44 
 
 
465 aa  177  3e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00238209  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1125  drug resistance transporter, EmrB/QacA family protein  28.5 
 
 
462 aa  176  6e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0991  major facilitator transporter  34.83 
 
 
416 aa  176  9e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00118055  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2785  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter  30.8 
 
 
500 aa  175  1.9999999999999998e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2797  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.59 
 
 
482 aa  169  8e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2482  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  26.38 
 
 
493 aa  163  5.0000000000000005e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.15461  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0487  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  31.63 
 
 
456 aa  162  8.000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.130342 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1781  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  29.93 
 
 
483 aa  161  3e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.787219  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3698  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  29.26 
 
 
483 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3579  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  29.11 
 
 
475 aa  159  1e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1292  major facilitator transporter  29.88 
 
 
465 aa  158  2e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.674052  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0366  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  32.52 
 
 
461 aa  158  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0742092  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1502  major facilitator family protein  29.88 
 
 
465 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0999  EmrB/QacA family drug resistance transporter  30.67 
 
 
486 aa  154  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00068647  hitchhiker  0.00553022 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2717  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  30.52 
 
 
509 aa  153  7e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00105313 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09340  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  32.94 
 
 
494 aa  152  2e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1970  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.64 
 
 
482 aa  150  4e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3970  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.25 
 
 
646 aa  150  6e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1448  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.42 
 
 
482 aa  150  6e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.307254  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4044  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.25 
 
 
646 aa  150  6e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3984  EmrB/QacA family drug resistance transporter  32.7 
 
 
646 aa  149  8e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.086459  normal  0.10455 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7143  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  32.81 
 
 
489 aa  149  9e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.235133 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0096  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.49 
 
 
477 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1253  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.71 
 
 
482 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.35553  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6960  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.48 
 
 
528 aa  146  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.148929  normal  0.0874374 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>