43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2827 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2827  transport-associated  100 
 
 		 76 aa  155  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0761193  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1151  transport-associated protein  44.78 
 
 		 141 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5578  transport-associated  55 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00026661  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2300  transport-associated  50 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.53534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4432  transport-associated  48.44 
 
 		 217 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4565  transport-associated  48.44 
 
 		 217 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1226  transport-associated protein  46.27 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.528686  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1220  transport-associated protein  43.75 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1200  transport-associated  47.76 
 
 		 217 aa  53.9  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.649848  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0186  hypothetical protein  46.88 
 
 		 217 aa  52.8  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.117611 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0390  transport-associated  44.44 
 
 		 217 aa  53.1  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5562  transport-associated  46.27 
 
 		 216 aa  51.6  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.221455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0353  phospholipid binding protein  49.25 
 
 		 216 aa  50.4  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2264  transport-associated  33.33 
 
 		 216 aa  49.7  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5932  transport-associated protein  40.3 
 
 		 216 aa  48.9  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7784  putative osmotically inducible protein Y precursor  40 
 
 		 217 aa  48.5  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0602659  normal  0.220051 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1101  transport-associated  41.79 
 
 		 216 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1111  transport-associated  42.86 
 
 		 226 aa  47.4  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.177622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5912  transport-associated protein  41.18 
 
 		 216 aa  47  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.203256  normal  0.355197 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6189  transport-associated  39.71 
 
 		 216 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.551844  normal  0.435123 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2881  transport-associated  41.67 
 
 		 216 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6133  transport-associated  36.84 
 
 		 178 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5544  transport-associated  40.62 
 
 		 216 aa  45.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.078197  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4429  transport-associated  37.31 
 
 		 215 aa  45.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1108  transport-associated  45.31 
 
 		 216 aa  45.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0139  transport-associated protein  38.71 
 
 		 223 aa  45.4  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4562  transport-associated  37.31 
 
 		 215 aa  45.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.266043 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3634  transport-associated  39.19 
 
 		 228 aa  45.1  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000681524 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7765  Smc22-1 ( osmotically inducible sensory protein)  38.81 
 
 		 217 aa  44.3  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.705157  normal  0.17558 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3008  transport-associated  32 
 
 		 106 aa  44.3  0.0006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.845377  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1899  periplasmic phospholipid binding protein  37.5 
 
 		 233 aa  43.9  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.60597 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2622  transport-associated  32.81 
 
 		 215 aa  43.5  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0204  hypothetical protein  33.93 
 
 		 219 aa  43.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0189  hypothetical protein  35.82 
 
 		 215 aa  42.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.193269 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1870  periplasmic phospholipid binding protein  41.79 
 
 		 216 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3886  transport-associated  38.71 
 
 		 214 aa  42  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.121  normal  0.085803 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4234  transport-associated  35.94 
 
 		 215 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.855371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3600  transport-associated  41.38 
 
 		 175 aa  42  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0425  transport-associated  35.94 
 
 		 214 aa  41.6  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6897  transport-associated  33.85 
 
 		 217 aa  40.8  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2613  transport-associated  45.1 
 
 		 214 aa  40.8  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.574258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0278  periplasmic or secreted lipoprotein  35.38 
 
 		 103 aa  40.4  0.008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3328  transport-associated  34.38 
 
 		 217 aa  40.4  0.009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.686073  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>