46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2319 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2319  putative inner membrane transmembrane protein  100 
 
 
575 aa  1124    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2901  putative inner membrane transmembrane protein  57.07 
 
 
601 aa  534  1e-150  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2198  hypothetical protein  54.04 
 
 
589 aa  501  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0401619  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2260  hypothetical protein  54.19 
 
 
616 aa  491  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.991842 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4910  putative inner membrane transmembrane protein  51.81 
 
 
579 aa  481  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.692389 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2364  putative inner membrane transmembrane protein  51.3 
 
 
565 aa  465  1e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.707067  normal  0.98901 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1494  putative inner membrane transmembrane protein  51.3 
 
 
565 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0012  putative inner membrane transmembrane protein  53.89 
 
 
616 aa  458  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.672275  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1280  hypothetical protein  47.74 
 
 
587 aa  414  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.179969 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2634  putative inner membrane transmembrane protein  50.6 
 
 
581 aa  411  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.123636  normal  0.0441493 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2808  hypothetical protein  46.43 
 
 
537 aa  372  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5135  glycosyltransferase  37.72 
 
 
610 aa  293  5e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.917614  normal  0.428227 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2212  hypothetical protein  37.96 
 
 
605 aa  293  7e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.373988  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1858  glycosyltransferase  37.37 
 
 
585 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483257  normal  0.0746816 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6245  glycosyltransferase  37.37 
 
 
610 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1834  glycosyltransferase  37.37 
 
 
610 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.355529  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1745  glycosyltransferase  37.02 
 
 
585 aa  290  7e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.168561 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1772  glycosyltransferase  37.11 
 
 
585 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1439  glycosyl transferase family protein  36.49 
 
 
604 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.458682  hitchhiker  0.00674468 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2216  hypothetical protein  36.56 
 
 
582 aa  281  2e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1861  hypothetical protein  36.73 
 
 
582 aa  281  2e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.347655  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0036  hypothetical protein  36.73 
 
 
582 aa  281  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.224896  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1370  hypothetical protein  36.73 
 
 
582 aa  281  2e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.108964  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1132  hypothetical protein  36.73 
 
 
582 aa  281  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2254  hypothetical protein  36.56 
 
 
582 aa  281  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0437004  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0946  putative inner membrane protein  35.43 
 
 
585 aa  281  3e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0701589  normal  0.63376 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2382  hypothetical protein  36.56 
 
 
605 aa  280  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1819  putative inner membrane protein  36.19 
 
 
601 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.041941 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2368  putative inner membrane protein  36.68 
 
 
613 aa  272  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.70062  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1181  inner membrane transmembrane protein  34.94 
 
 
598 aa  269  1e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000439298  normal  0.187558 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1024  putative inner membrane transmembrane protein  34.02 
 
 
596 aa  265  2e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.18489  normal  0.362431 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1116  inner membrane transmembrane protein  35.19 
 
 
596 aa  264  3e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0494519  normal  0.220996 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2138  hypothetical protein  32.65 
 
 
600 aa  256  6e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.23521  normal  0.937592 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2121  inner membrane transmembrane protein  32.4 
 
 
593 aa  241  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0363283  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1310  putative inner membrane transmembrane protein  32.19 
 
 
572 aa  237  5.0000000000000005e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0636  putative inner membrane transmembrane protein  31.23 
 
 
572 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0041  hypothetical protein  29.45 
 
 
519 aa  109  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.400178 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2292  glycosyl transferase family protein  27.34 
 
 
558 aa  91.7  4e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00662139  normal  0.307073 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3000  hypothetical protein  28.09 
 
 
540 aa  87  9e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0521457  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1996  hypothetical protein  33.59 
 
 
552 aa  85.5  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0461641  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2381  transmembrane protein  28.32 
 
 
569 aa  52.8  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000535308  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2033  hypothetical protein  26.57 
 
 
648 aa  49.7  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.591759  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0071  hypothetical protein  25.35 
 
 
660 aa  48.9  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2192  glycosyltransferase  29.81 
 
 
645 aa  46.2  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.839356  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2314  glycosyltransferase  29.81 
 
 
645 aa  46.2  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3678  putative transmembrane protein  29.65 
 
 
674 aa  45.8  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>