20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2004 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2004  biotin carboxylase  100 
 
 		 390 aa  798    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296305  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0075  biotin carboxylase  52.04 
 
 		 381 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2225  biotin carboxylase  53.12 
 
 		 381 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6154  biotin carboxylase  54.52 
 
 		 386 aa  339  5e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.90503 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00320  hypothetical protein  50 
 
 		 371 aa  324  2e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4570  hypothetical protein  47.81 
 
 		 382 aa  292  7e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.295869 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3436  hypothetical protein  46.03 
 
 		 371 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.294332  normal  0.471911 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1860  hypothetical protein  45.25 
 
 		 372 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.227786  normal  0.178829 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3503  hypothetical protein  45.92 
 
 		 372 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.749528  normal  0.240509 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5069  hypothetical protein  48.35 
 
 		 388 aa  285  8e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0903407  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2290  hypothetical protein  46.84 
 
 		 365 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.302126  hitchhiker  0.000035394 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2237  hypothetical protein  44.6 
 
 		 372 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5040  hypothetical protein  43.96 
 
 		 368 aa  271  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.763439  decreased coverage  0.00496845 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3197  hypothetical protein  46.38 
 
 		 384 aa  266  5e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5052  hypothetical protein  46.67 
 
 		 384 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3137  hypothetical protein  44.85 
 
 		 365 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.120039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36550  hypothetical protein  44.01 
 
 		 365 aa  256  4e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0114714  normal  0.75514 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4296  hypothetical protein  38.5 
 
 		 369 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03886  hypothetical protein  44.21 
 
 		 139 aa  74.3  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03885  hypothetical protein  37.31 
 
 		 117 aa  51.6  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>