More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1900 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1900  ABC transporter related  100 
 
 
269 aa  541  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44540  ABC transporter  72.41 
 
 
288 aa  393  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8276  ABC-type transporter, ATP-binding protein  57.37 
 
 
264 aa  288  9e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0569151 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18140  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, ATPase component  58.43 
 
 
267 aa  285  7e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1691  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system ATPase component  55.94 
 
 
280 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0162641  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4936  ABC transporter related protein  55.16 
 
 
278 aa  280  2e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0551994  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3034  ABC transporter related  53.76 
 
 
292 aa  278  7e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.652183  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3876  ABC transporter related  55.22 
 
 
297 aa  275  4e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1132  ABC transporter related  52.67 
 
 
301 aa  275  6e-73  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.20268 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0849  ABC transporter-related protein  52.38 
 
 
253 aa  273  3e-72  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0140067  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0467  ABC transporter related  54.27 
 
 
274 aa  269  4e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4305  ABC transporter related  58.3 
 
 
273 aa  269  4e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.272884  hitchhiker  0.0022322 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2011  ABC transporter related  52.29 
 
 
295 aa  267  1e-70  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.284582  normal  0.208139 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0218  ABC transporter related  54.04 
 
 
251 aa  266  2e-70  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1030  ABC transporter, ATP-binding protein  53.3 
 
 
254 aa  264  1e-69  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0991  ABC transporter related  51.49 
 
 
258 aa  264  1e-69  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.671415  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1075  ABC transporter related  51.69 
 
 
252 aa  263  2e-69  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.137281  normal  0.464106 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1475  ABC transporter related  53.48 
 
 
254 aa  262  4e-69  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5606  ABC transporter related protein  55.79 
 
 
264 aa  262  4e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.231398  normal  0.622338 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4642  ABC transporter related  49.41 
 
 
284 aa  262  4e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0445  ABC transporter related  53.91 
 
 
254 aa  261  1e-68  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5800  ABC transporter related  53.33 
 
 
284 aa  260  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0392  ABC transporter related  53.04 
 
 
254 aa  259  4e-68  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.238571  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1107  ABC transporter related  50.83 
 
 
255 aa  257  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.129879 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0404  ABC transporter related protein  49.16 
 
 
261 aa  258  1e-67  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0513  ABC transporter related  51.49 
 
 
254 aa  256  2e-67  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0087  ABC transporter related  53.25 
 
 
263 aa  255  5e-67  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1368  ABC transporter ATP-binding protein  53.33 
 
 
278 aa  253  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0478866 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1128  ABC transporter related  52.21 
 
 
267 aa  250  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0735  ABC transporter related  49.15 
 
 
253 aa  248  6e-65  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0415182  normal  0.371016 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1975  ABC transporter related  49.8 
 
 
263 aa  248  8e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000056178  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2133  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, ATPase subunit  49.57 
 
 
252 aa  248  9e-65  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3906  ABC transporter related  54.3 
 
 
315 aa  246  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.118447  normal  0.091795 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4509  ABC transporter related  53.42 
 
 
267 aa  246  3e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3148  ABC transporter related  47.06 
 
 
266 aa  246  4e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1090  taurine ABC transporter, ATP-binding protein  50.88 
 
 
260 aa  244  6.999999999999999e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1979  ABC transporter related  55.24 
 
 
258 aa  244  6.999999999999999e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000563857  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2434  ABC transporter related protein  50.4 
 
 
276 aa  244  9e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0618237 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0378  hypothetical protein  49.79 
 
 
260 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1183  ABC transporter related  47.5 
 
 
279 aa  243  1.9999999999999999e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0458641  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4186  ABC transporter related  47.68 
 
 
273 aa  243  3e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.431014 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1857  ABC transporter related  48.91 
 
 
304 aa  242  6e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0147  ABC transporter related  48.03 
 
 
273 aa  241  7e-63  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3066  ABC transporter related protein  50.61 
 
 
267 aa  241  7.999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.583352  normal  0.320404 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2804  ABC transporter related protein  44.62 
 
 
256 aa  240  1e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00228299  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1199  ABC transporter ATP-binding protein  48.78 
 
 
270 aa  240  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.621607  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2857  ABC transporter-related protein  47.48 
 
 
259 aa  240  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.99142  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5006  ABC transporter related  46.25 
 
 
257 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2718  ABC transporter related  48.44 
 
 
259 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3159  ABC transporter-like  48.91 
 
 
282 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0079  ABC transporter related  49.36 
 
 
307 aa  239  4e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6155  ABC transporter related  45.2 
 
 
286 aa  239  4e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300039  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1899  ABC transporter-related protein  47.97 
 
 
264 aa  239  4e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.126966  hitchhiker  0.000000000000779353 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1645  ABC transporter related  50.64 
 
 
253 aa  239  4e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1043  ABC transporter related  48.35 
 
 
270 aa  239  5e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1187  taurine ABC transporter, ATP-binding protein  49 
 
 
260 aa  238  5.999999999999999e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0360138  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3870  ABC transporter related  50.63 
 
 
272 aa  238  6.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3513  ABC transporter related  45.76 
 
 
279 aa  238  8e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03350  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, ATPase component  48.54 
 
 
261 aa  237  1e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6457  ABC transporter ATP-binding protein  46.47 
 
 
261 aa  237  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0845  ABC transporter related  48.78 
 
 
276 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.287253 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3040  ABC transporter related  49.2 
 
 
261 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.874651  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5225  ABC transporter related  48.7 
 
 
304 aa  238  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.272963  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1135  ABC transporter related  47.93 
 
 
270 aa  237  1e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.185737  normal  0.382668 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0327  ABC transporter related  47.54 
 
 
264 aa  236  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2104  ABC transporter related  47.74 
 
 
282 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0748494  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3180  ABC transporter related  48.97 
 
 
254 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.219824  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2356  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter ATPase  45.83 
 
 
270 aa  236  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0659325  normal  0.0382396 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1387  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter ATPase  50.23 
 
 
304 aa  237  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.195746  normal  0.160104 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1831  ABC transporter related  45.83 
 
 
270 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.747209  normal  0.153605 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4356  ABC transporter related  51.09 
 
 
275 aa  237  2e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0157567  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7587  ABC transporter related protein  49.58 
 
 
258 aa  236  3e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.439074  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2984  ABC transporter related  53.78 
 
 
271 aa  236  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5516  ABC transporter related  43.87 
 
 
271 aa  236  4e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.25838  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3892  ABC transporter related  52.21 
 
 
271 aa  235  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1860  ABC transporter related  48.74 
 
 
259 aa  235  5.0000000000000005e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.188134  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6427  ABC transporter related  53.33 
 
 
303 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5555  ABC transporter related  48.39 
 
 
303 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.356356  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5920  ABC transporter related  53.33 
 
 
303 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3211  ABC transporter related  45.74 
 
 
282 aa  235  6e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.289662  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0792  ABC transporter related protein  49.55 
 
 
308 aa  235  6e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0209  nitrate ABC transporter, ATP-binding protein, putative  48.31 
 
 
283 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.465549 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2675  putative ABC transporter, ATP-binding protein  54.63 
 
 
281 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658028  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2643  ABC transporter related  46.81 
 
 
261 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.430112  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0667  ABC transporter related  51.08 
 
 
273 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3751  ABC transporter, ATPase subunit  52.21 
 
 
271 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3808  ABC transporter-related protein  54.33 
 
 
271 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5145  ABC transporter related  50.42 
 
 
267 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1045  ABC transporter related  46.15 
 
 
259 aa  233  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.162928  normal  0.159703 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3295  ABC transporter related  48.4 
 
 
258 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3345  ABC transporter related  50.87 
 
 
293 aa  233  3e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0807  ABC transporter related  46.85 
 
 
269 aa  232  4.0000000000000004e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.455697  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2335  ABC transporter related  48.4 
 
 
281 aa  232  5e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4077  ABC transporter related protein  45.28 
 
 
290 aa  232  5e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.264112 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2121  ABC transporter-related protein  46.47 
 
 
270 aa  232  5e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0515525  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4202  ABC transporter related  45.02 
 
 
286 aa  231  7.000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.657394  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3879  ABC transporter related  48.59 
 
 
258 aa  231  8.000000000000001e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.898001  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1428  ABC transporter related  45.85 
 
 
267 aa  231  8.000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.250833  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2273  ABC transporter related  45.7 
 
 
275 aa  231  9e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3083  ABC transporter related  47.6 
 
 
306 aa  230  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.724622  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>