108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1540 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1540  homoserine kinase  100 
 
 
348 aa  699    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3320  homoserine kinase  67.56 
 
 
316 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0613669 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2672  homoserine kinase  67.56 
 
 
316 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.237754  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1928  homoserine kinase  67.16 
 
 
324 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.05744  normal  0.0173488 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5327  homoserine kinase  65.49 
 
 
318 aa  438  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1476  homoserine kinase  61.36 
 
 
316 aa  429  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.356375 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1727  homoserine kinase  61.95 
 
 
316 aa  424  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.524236 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1323  homoserine kinase  64.39 
 
 
331 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.844866  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1060  homoserine kinase  61.18 
 
 
328 aa  401  1e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1843  homoserine kinase  67.56 
 
 
316 aa  380  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.58229 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4878  homoserine kinase  55.56 
 
 
332 aa  371  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0712045  hitchhiker  0.000852558 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1146  homoserine kinase  61.31 
 
 
324 aa  366  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.16142  normal  0.462949 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2229  homoserine kinase  54.09 
 
 
332 aa  364  1e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.344859 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0600  homoserine kinase  53.94 
 
 
331 aa  363  3e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3764  homoserine kinase  53.89 
 
 
332 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.208899  decreased coverage  0.000313402 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4497  homoserine kinase  53.47 
 
 
332 aa  360  1e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.165757  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3867  homoserine kinase  53.47 
 
 
332 aa  360  1e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0733816  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3660  homoserine kinase  53.47 
 
 
332 aa  360  1e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285712  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2840  homoserine kinase  55.26 
 
 
331 aa  360  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3235  homoserine kinase  53.03 
 
 
332 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0395685 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0870  homoserine kinase  54.76 
 
 
330 aa  352  5.9999999999999994e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.649972  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6795  homoserine kinase  53.73 
 
 
331 aa  351  1e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000121347  decreased coverage  0.0000000680635 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0859  homoserine kinase  54.81 
 
 
348 aa  350  3e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0933777  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2233  homoserine kinase  54.6 
 
 
334 aa  349  4e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2627  homoserine kinase  54.76 
 
 
328 aa  349  4e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476578  normal  0.628087 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1486  homoserine kinase  54.81 
 
 
348 aa  349  4e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.873158  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2419  homoserine kinase  54.81 
 
 
331 aa  349  4e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.937902  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0307  homoserine kinase  54.81 
 
 
331 aa  349  5e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1682  homoserine kinase  54.81 
 
 
331 aa  349  5e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0338  homoserine kinase  54.81 
 
 
331 aa  349  5e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.391807  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2556  homoserine kinase  55.65 
 
 
331 aa  347  1e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2438  homoserine kinase  54.3 
 
 
334 aa  347  2e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2045  homoserine kinase  53.71 
 
 
334 aa  346  4e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.674394  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1713  homoserine kinase  50 
 
 
325 aa  337  9.999999999999999e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.448075  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4412  homoserine kinase  51.78 
 
 
323 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.860733  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1431  homoserine kinase  49.26 
 
 
324 aa  336  2.9999999999999997e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.799317 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0565  homoserine kinase  44.74 
 
 
316 aa  279  5e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.588642  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3817  homoserine kinase  48.37 
 
 
318 aa  277  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.248965  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0361  homoserine kinase  43.33 
 
 
319 aa  251  1e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0952897 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0166  homoserine kinase  43.82 
 
 
308 aa  238  1e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2695  homoserine kinase  40.72 
 
 
310 aa  228  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.759704  hitchhiker  0.000011123 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3097  homoserine kinase  40.72 
 
 
310 aa  228  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.421511  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0546  homoserine kinase  40.18 
 
 
321 aa  216  4e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0997708  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4313  homoserine kinase  41.14 
 
 
321 aa  216  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.275031 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0043  homoserine kinase  36.64 
 
 
326 aa  212  9e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.848383  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1690  homoserine kinase  39.34 
 
 
321 aa  211  2e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0152  homoserine kinase  42.34 
 
 
316 aa  208  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0590  homoserine kinase  40.48 
 
 
326 aa  206  5e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.954317  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00650  homoserine kinase  41.87 
 
 
316 aa  205  7e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.362782  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2356  homoserine kinase  37.46 
 
 
321 aa  205  9e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.591296 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0346  homoserine kinase  40.65 
 
 
316 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3744  homoserine kinase  37.91 
 
 
326 aa  203  4e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.53483  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0272  homoserine kinase  41.27 
 
 
316 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4750  homoserine kinase  38.51 
 
 
327 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0481  homoserine kinase  38.44 
 
 
326 aa  199  7e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0284  homoserine kinase  34.22 
 
 
320 aa  199  7e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.185844  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0476  homoserine kinase  38.44 
 
 
326 aa  199  7.999999999999999e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.551837  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5107  homoserine kinase  40.54 
 
 
316 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.171443 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0685  homoserine kinase  36.56 
 
 
321 aa  194  3e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.321232  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7259  homoserine kinase  38.74 
 
 
321 aa  193  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0220234  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6026  homoserine kinase  38.44 
 
 
321 aa  193  4e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.139905  normal  0.227088 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0121  homoserine kinase  40.84 
 
 
316 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2688  homoserine kinase  38.32 
 
 
326 aa  192  7e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.296011  normal  0.706737 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0138  homoserine kinase  40.84 
 
 
316 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.60387  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0749  homoserine kinase  36.25 
 
 
322 aa  191  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.305203  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0136  homoserine kinase  40.24 
 
 
316 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3266  homoserine kinase  38.44 
 
 
321 aa  187  2e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.401105  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0528  homoserine kinase  35.65 
 
 
326 aa  187  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.361877  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0058  homoserine kinase  37.61 
 
 
317 aa  186  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4029  homoserine kinase  35.14 
 
 
326 aa  186  7e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2334  homoserine kinase  37.2 
 
 
321 aa  185  9e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.092459 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3053  homoserine kinase  35.15 
 
 
321 aa  184  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.531823  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1652  homoserine kinase  37.39 
 
 
319 aa  182  9.000000000000001e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1341  homoserine kinase  34.74 
 
 
326 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.528429  normal  0.431849 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0612  homoserine kinase  33.92 
 
 
321 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.699859 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1259  homoserine kinase  37.92 
 
 
321 aa  177  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1059  homoserine kinase  35.33 
 
 
321 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0652  homoserine kinase  33.83 
 
 
327 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.252204  normal  0.14086 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4077  homoserine kinase  35.03 
 
 
326 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.763811  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72510  homoserine kinase  40.72 
 
 
316 aa  176  7e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0949  homoserine kinase  36.23 
 
 
326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6296  homoserine kinase  40.06 
 
 
316 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2622  homoserine kinase  36.94 
 
 
321 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.49009  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2594  homoserine kinase  36.94 
 
 
329 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.818259  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2817  homoserine kinase  36.94 
 
 
329 aa  171  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347517  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4394  homoserine kinase  36.53 
 
 
320 aa  170  4e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0824  homoserine kinase  33.24 
 
 
321 aa  161  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.782493 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0858  homoserine kinase  30.47 
 
 
317 aa  160  3e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000127482  hitchhiker  0.000000000719161 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1086  homoserine kinase  35.14 
 
 
328 aa  159  7e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2691  homoserine kinase  33.03 
 
 
320 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1135  homoserine kinase  33.63 
 
 
320 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.409003  normal  0.536831 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2288  homoserine kinase  27.16 
 
 
413 aa  103  3e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.031693 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2067  homoserine kinase  27.74 
 
 
391 aa  100  5e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0084  Homoserine kinase  32.44 
 
 
310 aa  99.8  7e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2390  homoserine kinase  26.46 
 
 
389 aa  97.1  4e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.581306 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3412  Homoserine kinase  28.3 
 
 
322 aa  73.2  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.209487  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3331  homoserine kinase  27.99 
 
 
334 aa  72  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.726424  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3476  Homoserine kinase  27.99 
 
 
322 aa  70.5  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3396  homoserine kinase  27.56 
 
 
323 aa  70.1  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0714  aminoglycoside phosphotransferase  27.85 
 
 
334 aa  59.7  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>