97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1447 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1447  tryptophan 2,3-dioxygenase  100 
 
 
282 aa  586  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.248463  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2161  tryptophan 2,3-dioxygenase  84.75 
 
 
291 aa  494  1e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.282378  normal  0.606618 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3020  tryptophan 2,3-dioxygenase  83.15 
 
 
282 aa  478  1e-134  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3590  tryptophan 2,3-dioxygenase  81.95 
 
 
294 aa  474  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1155  tryptophan 2,3-dioxygenase  81.45 
 
 
301 aa  472  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.404578  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2440  tryptophan 2,3-dioxygenase  79.36 
 
 
289 aa  468  1.0000000000000001e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2170  tryptophan 2,3-dioxygenase  81.88 
 
 
286 aa  464  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0663818  normal  0.944848 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0758  putative oxygenase oxidoreductase protein  74.16 
 
 
294 aa  419  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.221118 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0708  tryptophan 2,3-dioxygenase  74.53 
 
 
278 aa  417  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0517203 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0807  tryptophan 2,3-dioxygenase  73.41 
 
 
294 aa  418  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0774  tryptophan 2,3-dioxygenase  74.53 
 
 
291 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.200529 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2651  tryptophan 2,3-dioxygenase  73.78 
 
 
299 aa  417  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1968  tryptophan 2,3-dioxygenase  70.9 
 
 
311 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.148604  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2603  tryptophan 2,3-dioxygenase  70.9 
 
 
316 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0506  tryptophan 2,3-dioxygenase  70.79 
 
 
311 aa  400  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.88233  hitchhiker  0.0076457 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5910  tryptophan 2,3-dioxygenase  70.52 
 
 
310 aa  401  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2579  tryptophan 2,3-dioxygenase  70.9 
 
 
311 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.184484  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3229  tryptophan 2,3-dioxygenase  71.54 
 
 
310 aa  401  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2498  tryptophan 2,3-dioxygenase  70.41 
 
 
313 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.817763 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2627  tryptophan 2,3-dioxygenase  70.41 
 
 
313 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0718  tryptophan 2,3-dioxygenase  70.52 
 
 
320 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.426703  normal  0.516699 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0892  tryptophan 2,3-dioxygenase  69.4 
 
 
311 aa  394  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.468061  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0733  tryptophan 2,3-dioxygenase  70.41 
 
 
310 aa  395  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309668  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0895  tryptophan 2,3-dioxygenase  69.03 
 
 
353 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.284823  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0709  tryptophan 2,3-dioxygenase family protein  69.4 
 
 
316 aa  394  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.113949  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1053  tryptophan 2,3-dioxygenase family protein  69.03 
 
 
311 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0098  tryptophan 2,3-dioxygenase  68.28 
 
 
306 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0231153  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2485  tryptophan 2,3-dioxygenase  68.28 
 
 
306 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.996056  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0351  tryptophan 2,3-dioxygenase family protein  68.28 
 
 
315 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.840279  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0650  tryptophan 2,3-dioxygenase  68.28 
 
 
306 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00581911  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2637  tryptophan 2,3-dioxygenase  66.04 
 
 
288 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30750  putative tryptophan oxygenase  66.04 
 
 
288 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000713214 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6511  tryptophan 2,3-dioxygenase  64.31 
 
 
279 aa  348  4e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153558  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2119  tryptophan 2,3-dioxygenase  57.62 
 
 
275 aa  328  5.0000000000000004e-89  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.352287 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3022  tryptophan 23-dioxygenase  56.77 
 
 
280 aa  320  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2084  tryptophan 2,3-dioxygenase  57.86 
 
 
307 aa  318  5e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.217296  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2680  Tryptophan 2,3-dioxygenase apoenzyme  54.55 
 
 
276 aa  317  1e-85  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0730957  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1901  tryptophan 23-dioxygenase  53.99 
 
 
279 aa  313  1.9999999999999998e-84  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0805184  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2557  tryptophan 23-dioxygenase  53.24 
 
 
279 aa  312  2.9999999999999996e-84  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.216289  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2486  tryptophan 2,3-dioxygenase  53.6 
 
 
279 aa  312  3.9999999999999997e-84  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.600658  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2806  tryptophan 2,3-dioxygenase  53.6 
 
 
279 aa  311  6.999999999999999e-84  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.486635  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2785  tryptophan 2,3-dioxygenase family protein  53.6 
 
 
279 aa  310  1e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00473173  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2759  tryptophan 2,3-dioxygenase  53.24 
 
 
279 aa  310  1e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000548978 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2764  tryptophan 2,3-dioxygenase  53.24 
 
 
279 aa  310  2e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.934207  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2528  tryptophan 2,3-dioxygenase  53.24 
 
 
279 aa  310  2e-83  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00108456 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2751  tryptophan 2,3-dioxygenase family protein  52.88 
 
 
279 aa  309  4e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2226  tryptophan 2,3-dioxygenase  57.3 
 
 
279 aa  309  4e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.483292  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2565  tryptophan 2,3-dioxygenase family protein  52.88 
 
 
279 aa  309  4e-83  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00198085  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2521  tryptophan 2,3-dioxygenase  52.52 
 
 
279 aa  305  5.0000000000000004e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0237432  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1403  tryptophan 23-dioxygenase  50.37 
 
 
286 aa  298  7e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2857  tryptophan 2,3-dioxygenase  53.16 
 
 
323 aa  298  9e-80  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.202528  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1864  tryptophan 23-dioxygenase  52.65 
 
 
286 aa  297  1e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.112254  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0590  tryptophan 2,3-dioxygenase  51.92 
 
 
285 aa  296  2e-79  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1469  tryptophan 2,3-dioxygenase  55.67 
 
 
282 aa  290  1e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0400498  normal  0.0512529 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3745  tryptophan 23-dioxygenase  52.26 
 
 
291 aa  281  1e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1431  tryptophan 2,3-dioxygenase  47.18 
 
 
284 aa  276  3e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.165592  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1436  tryptophan 2,3-dioxygenase  47.54 
 
 
284 aa  276  3e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000454003 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1391  tryptophan 2,3-dioxygenase  48.3 
 
 
301 aa  275  8e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.000659483  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02210  Tryptophan 2,3-dioxygenase  49.3 
 
 
282 aa  270  2e-71  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.216655  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04220  tryptophan 2,3-dioxygenase  48.87 
 
 
297 aa  259  3e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2295  tryptophan 23-dioxygenase  48.89 
 
 
310 aa  243  1.9999999999999999e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.531759  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5244  tryptophan 23-dioxygenase  42.69 
 
 
311 aa  217  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.637424 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2024  tryptophan 23-dioxygenase  44.4 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1080  tryptophan 23-dioxygenase  39.31 
 
 
279 aa  205  5e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.171749  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1517  tryptophan 23-dioxygenase  41.13 
 
 
260 aa  198  7e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00031204  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6949  tryptophan 23-dioxygenase  40 
 
 
264 aa  192  8e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.850321  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0143  tryptophan 23-dioxygenase  38.4 
 
 
298 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.55165 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3531  tryptophan 2,3-dioxygenase  36.07 
 
 
298 aa  185  6e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0921  tryptophan 2,3-dioxygenase  37.32 
 
 
286 aa  185  7e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00417664  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3906  tryptophan 23-dioxygenase  35.13 
 
 
298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3282  tryptophan 23-dioxygenase  41.29 
 
 
265 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0786  Tryptophan 2,3-dioxygenase apoenzyme  37.31 
 
 
295 aa  181  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.841363  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3165  tryptophan 2,3-dioxygenase  41.29 
 
 
265 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.78808  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0266  tryptophan 23-dioxygenase  38.49 
 
 
273 aa  179  4e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.379386  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3356  tryptophan 23-dioxygenase  41.89 
 
 
265 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6248  tryptophan 23-dioxygenase  37.18 
 
 
294 aa  172  3.9999999999999995e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.39269  normal  0.0912306 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7896  tryptophan 23-dioxygenase  40.52 
 
 
293 aa  172  5e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0682  tryptophan 2,3-dioxygenase  38.1 
 
 
629 aa  169  4e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.431731  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1862  Tryptophan 2,3-dioxygenase  35.74 
 
 
264 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0590393  normal  0.680607 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5416  tryptophan 23-dioxygenase  32.95 
 
 
295 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5980  putative tryptophan 2,3-dioxygenase  30.08 
 
 
296 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.121743  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1224  tryptophan 2,3-dioxygenase  39.78 
 
 
267 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3508  tryptophan 23-dioxygenase  33.72 
 
 
262 aa  131  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0230991 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02822  tryptophan 2,3-dioxygenase  35.37 
 
 
362 aa  98.2  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.111866  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0960  Tryptophan 2,3-dioxygenase  41.43 
 
 
369 aa  91.3  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0225  Tryptophan 2,3-dioxygenase  38.4 
 
 
381 aa  84  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0410  tryptophan 2 3-dioxygenase (vermilion)-like  25.28 
 
 
272 aa  84  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1013  Tryptophan 2 3-dioxygenase (vermilion)-like protein  36.89 
 
 
308 aa  82.4  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18450  tryptophan 2,3-dioxygenase (vermilion)  24.57 
 
 
237 aa  82  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1409  tryptophan 2,3-dioxygenase  36.97 
 
 
330 aa  80.1  0.00000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.932006  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_003296  RS01755  putative tryptophan-2,3-dioxygenase oxidoreductase protein  38.1 
 
 
369 aa  75.9  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0731  tryptophan 2 3-dioxygenase (vermilion)-like protein  36.89 
 
 
313 aa  74.7  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0260  Tryptophan 2 3-dioxygenase (vermilion)  35.16 
 
 
322 aa  73.2  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0539  hypothetical protein  24.15 
 
 
236 aa  69.7  0.00000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00570166 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02610  tryptophan 2,3-dioxygenase family protein  35.09 
 
 
323 aa  69.3  0.00000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3510  hypothetical protein  24.57 
 
 
441 aa  50.1  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0468884 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0540  hypothetical protein  24 
 
 
409 aa  46.6  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00210127 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>