More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1410 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A0600  lysyl-tRNA synthetase  69.84 
 
 		 508 aa  714    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.834751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5248  lysyl-tRNA synthetase  81.36 
 
 		 519 aa  865    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178625  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1028  lysyl-tRNA synthetase  64.45 
 
 		 510 aa  673    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.296051  normal  0.894371 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0288  lysyl-tRNA synthetase  69.46 
 
 		 514 aa  717    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1450  lysyl-tRNA synthetase  64.13 
 
 		 512 aa  679    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.499845 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1700  lysyl-tRNA synthetase  63.41 
 
 		 508 aa  670    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.816716  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2848  lysyl-tRNA synthetase  63.13 
 
 		 501 aa  660    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.266623 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3052  lysyl-tRNA synthetase  80.39 
 
 		 527 aa  851    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.150685 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0893  lysyl-tRNA synthetase  66.41 
 
 		 514 aa  697    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.246749  normal  0.0933962 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1070  lysyl-tRNA synthetase  66.08 
 
 		 516 aa  696    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2591  lysyl-tRNA synthetase  63.41 
 
 		 508 aa  670    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0893  lysyl-tRNA synthetase, class-2  64.37 
 
 		 501 aa  666    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2723  lysyl-tRNA synthetase  63.41 
 
 		 508 aa  670    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1410  lysyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 520 aa  1071    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5424  lysyl-tRNA synthetase  62.98 
 
 		 524 aa  668    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2645  lysyl-tRNA synthetase  63.41 
 
 		 508 aa  670    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.929733  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1152  lysyl-tRNA synthetase  64.21 
 
 		 508 aa  672    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.562013  normal  0.115463 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2136  lysyl-tRNA synthetase  63.89 
 
 		 508 aa  662    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.251549 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1472  lysyl-tRNA synthetase  61.61 
 
 		 514 aa  647    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1883  lysyl-tRNA synthetase  64.43 
 
 		 508 aa  676    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1784  lysyl-tRNA synthetase  76.23 
 
 		 520 aa  829    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0958  lysyl-tRNA synthetase  66.21 
 
 		 514 aa  697    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0760523 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0797  lysyl-tRNA synthetase  67.33 
 
 		 509 aa  691    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0164991 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3620  lysyl-tRNA synthetase  78.99 
 
 		 516 aa  833    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1561  lysyl-tRNA synthetase  63.69 
 
 		 513 aa  682    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.274992 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1034  lysyl-tRNA synthetase  63.76 
 
 		 515 aa  672    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.269597 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5959  lysyl-tRNA synthetase  63.89 
 
 		 508 aa  662    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1957  lysyl-tRNA synthetase  65 
 
 		 513 aa  677    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0485  lysyl-tRNA synthetase  60.98 
 
 		 514 aa  644    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.481097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2155  lysyl-tRNA synthetase  63.62 
 
 		 508 aa  664    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.351617  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1480  lysyl-tRNA synthetase  63.41 
 
 		 508 aa  670    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2118  lysyl-tRNA synthetase  63.89 
 
 		 508 aa  662    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414372  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2571  lysyl-tRNA synthetase  62.64 
 
 		 518 aa  679    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.158431  normal  0.0253603 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2603  lysyl-tRNA synthetase  82.78 
 
 		 515 aa  879    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.494017  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3111  lysyl-tRNA synthetase  63.41 
 
 		 508 aa  670    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2028  lysyl-tRNA synthetase  63.62 
 
 		 508 aa  664    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1204  lysyl-tRNA synthetase  83.69 
 
 		 518 aa  890    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.325374  normal  0.0127653 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3050  lysyl-tRNA synthetase  78.89 
 
 		 521 aa  848    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3250  lysyl-tRNA synthetase  82.78 
 
 		 515 aa  880    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.273416 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2207  lysyl-tRNA synthetase  63.41 
 
 		 508 aa  670    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2275  lysyl-tRNA synthetase  62.45 
 
 		 507 aa  634  1e-180  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04000  lysine tRNA synthetase, inducible  59.92 
 
 		 505 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3862  lysyl-tRNA synthetase  59.92 
 
 		 505 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5645  lysyl-tRNA synthetase  59.92 
 
 		 505 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3898  lysyl-tRNA synthetase  59.72 
 
 		 505 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4370  lysyl-tRNA synthetase  59.92 
 
 		 505 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.119358  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03962  hypothetical protein  59.92 
 
 		 505 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4684  lysyl-tRNA synthetase  59.72 
 
 		 505 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4598  lysyl-tRNA synthetase  59.72 
 
 		 505 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.221304  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02722  lysine tRNA synthetase, constitutive  59.45 
 
 		 505 aa  599  1e-170  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.639926  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0802  lysyl-tRNA synthetase  59.45 
 
 		 505 aa  599  1e-170  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000973431  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3049  lysyl-tRNA synthetase  59.45 
 
 		 505 aa  599  1e-170  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02685  hypothetical protein  59.45 
 
 		 505 aa  599  1e-170  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.803561  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4180  lysyl-tRNA synthetase  59.45 
 
 		 505 aa  600  1e-170  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3309  lysyl-tRNA synthetase  59.45 
 
 		 505 aa  599  1e-170  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.97294  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0819  lysyl-tRNA synthetase  59.45 
 
 		 505 aa  599  1e-170  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3216  lysyl-tRNA synthetase  59.45 
 
 		 505 aa  599  1e-170  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3023  lysyl-tRNA synthetase  59.45 
 
 		 505 aa  598  1e-170  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3422  lysyl-tRNA synthetase  59.33 
 
 		 505 aa  597  1e-169  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.231607  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0726  lysyl-tRNA synthetase  59.33 
 
 		 504 aa  595  1e-169  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000447446  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0865  lysyl-tRNA synthetase  59.01 
 
 		 505 aa  595  1e-169  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0422  lysyl-tRNA synthetase  59.36 
 
 		 511 aa  596  1e-169  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3271  lysyl-tRNA synthetase  59.25 
 
 		 505 aa  594  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3308  lysyl-tRNA synthetase  58.66 
 
 		 505 aa  592  1e-168  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3376  lysyl-tRNA synthetase  59.25 
 
 		 505 aa  594  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3196  lysyl-tRNA synthetase  59.25 
 
 		 505 aa  594  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.442927  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3296  lysyl-tRNA synthetase  59.33 
 
 		 505 aa  594  1e-168  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3888  lysyl-tRNA synthetase  58.53 
 
 		 505 aa  593  1e-168  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3274  lysyl-tRNA synthetase  59.25 
 
 		 505 aa  594  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3208  lysyl-tRNA synthetase  59.25 
 
 		 505 aa  594  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.563866 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1741  hypothetical protein  57.46 
 
 		 496 aa  589  1e-167  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1741  hypothetical protein  57.37 
 
 		 496 aa  588  1e-167  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3851  lysyl-tRNA synthetase  57.34 
 
 		 505 aa  587  1e-166  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0982146 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0924  lysyl-tRNA synthetase  57.34 
 
 		 505 aa  587  1e-166  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1804  lysyl-tRNA synthetase  57.85 
 
 		 499 aa  586  1e-166  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0883  lysyl-tRNA synthetase  57.34 
 
 		 505 aa  587  1e-166  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0301  lysyl-tRNA synthetase  57.83 
 
 		 496 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1462  lysyl-tRNA synthetase  57.17 
 
 		 499 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.485699  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0649  lysyl-tRNA synthetase  58.07 
 
 		 505 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0538  lysyl-tRNA synthetase  55.96 
 
 		 498 aa  579  1e-164  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000249001  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0983  lysyl-tRNA synthetase  59.32 
 
 		 496 aa  579  1e-164  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1642  lysyl-tRNA synthetase  55.96 
 
 		 498 aa  579  1e-164  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.573049  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1477  lysyl-tRNA synthetase  57.06 
 
 		 502 aa  575  1.0000000000000001e-163  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0701287  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1496  lysyl-tRNA synthetase  58.79 
 
 		 500 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.103111  normal  0.804947 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1101  lysyl-tRNA synthetase  58.79 
 
 		 500 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4226  lysyl-tRNA synthetase  58.79 
 
 		 500 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.366371  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1501  lysyl-tRNA synthetase  58.59 
 
 		 500 aa  569  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1311  lysyl-tRNA synthetase  58.99 
 
 		 500 aa  570  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00484413 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1060  lysyl-tRNA synthetase  58.38 
 
 		 499 aa  570  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.175669  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3370  lysyl-tRNA synthetase  57.37 
 
 		 505 aa  568  1e-161  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.234173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4121  lysyl-tRNA synthetase  58.99 
 
 		 500 aa  571  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1438  lysyl-tRNA synthetase  57.58 
 
 		 501 aa  567  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16530  lysyl-tRNA synthetase  57.58 
 
 		 501 aa  567  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.530256  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3424  lysyl-tRNA synthetase  55.94 
 
 		 492 aa  567  1e-160  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0836  lysyl-tRNA synthetase  55.33 
 
 		 492 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000359337  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00071  lysyl-tRNA synthetase  56.64 
 
 		 505 aa  564  1.0000000000000001e-159  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.381624  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0048  lysyl-tRNA synthetase  56.49 
 
 		 495 aa  559  1e-158  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1827  lysyl-tRNA synthetase  56.04 
 
 		 503 aa  559  1e-158  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.800649 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39390  lysyl-tRNA synthetase  57.55 
 
 		 500 aa  558  1e-158  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2997  lysyl-tRNA synthetase  56.43 
 
 		 502 aa  555  1e-157  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>