More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1139 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1862  1A family penicillin-binding protein  54.41 
 
 		 839 aa  840    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.000000145704  hitchhiker  0.0000925337 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2296  penicillin-binding protein, 1A family  55.26 
 
 		 833 aa  867    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0088  penicillin-binding protein, 1A family  53.88 
 
 		 778 aa  819    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.129531  normal  0.0128257 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2976  penicillin-binding 1 transmembrane protein  58.69 
 
 		 801 aa  939    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.893289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3201  1A family penicillin-binding protein  58.88 
 
 		 797 aa  911    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1972  1A family penicillin-binding protein  54.66 
 
 		 839 aa  845    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.125323  normal  0.0456782 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1497  1A family penicillin-binding protein  55.37 
 
 		 846 aa  864    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.178558  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2752  1A family penicillin-binding protein  58.88 
 
 		 797 aa  911    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0209  penicillin-binding protein 1A  56.03 
 
 		 771 aa  851    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1016  penicillin-binding protein 1A  50.55 
 
 		 778 aa  756    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3763  1A family penicillin-binding protein  58.75 
 
 		 797 aa  908    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.763292  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3136  penicillin-binding protein 1A  57.44 
 
 		 791 aa  902    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2802  1A family penicillin-binding protein  58.88 
 
 		 797 aa  910    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.437708  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0201  peptidoglycan glycosyltransferase  52.87 
 
 		 793 aa  722    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.558494 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0290  1A family penicillin-binding protein  60 
 
 		 797 aa  940    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.308967  normal  0.891054 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2518  1A family penicillin-binding protein  55.5 
 
 		 840 aa  856    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.316382  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3734  1A family penicillin-binding protein  58.75 
 
 		 797 aa  909    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0023  1A family penicillin-binding protein  71.89 
 
 		 799 aa  1126    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.432475  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0024  penicillin-binding protein, 1A family  77.65 
 
 		 802 aa  1211    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0698  penicillin-binding protein, 1A family  71.58 
 
 		 779 aa  1161    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3486  penicillin-binding protein 1A  59.28 
 
 		 796 aa  931    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5259  penicillin-binding protein 1A  54.72 
 
 		 838 aa  852    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000072806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1268  1A family penicillin-binding protein  55.37 
 
 		 840 aa  863    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1752  1A family penicillin-binding protein  58.88 
 
 		 770 aa  911    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3114  peptidoglycan glycosyltransferase  66.89 
 
 		 793 aa  1036    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.183749 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1139  penicillin-binding protein, 1A family  100 
 
 		 774 aa  1582    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0388878  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3705  1A family penicillin-binding protein  58.88 
 
 		 797 aa  911    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2907  penicillin-binding protein, 1A family  59.1 
 
 		 777 aa  930    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0114663 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2078  penicillin-binding protein 1A  55.33 
 
 		 777 aa  809    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.162741  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2411  1A family penicillin-binding protein  55.5 
 
 		 840 aa  856    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2082  1A family penicillin-binding protein  55.75 
 
 		 840 aa  868    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.264276  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3029  1A family penicillin-binding protein  58.58 
 
 		 797 aa  897    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3254  penicillin-binding protein, 1A family  59.23 
 
 		 777 aa  931    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0272171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3603  penicillin-binding protein, 1A family  59.59 
 
 		 799 aa  952    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00689676  hitchhiker  0.000000108854 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3408  1A family penicillin-binding protein  62.03 
 
 		 766 aa  989    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000649652 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0917  penicillin-binding protein 1A  49.18 
 
 		 752 aa  747    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2918  penicillin-binding protein 1A  72.09 
 
 		 797 aa  1195    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.850822  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2462  penicillin-binding protein 1A  54.08 
 
 		 791 aa  759    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0780  penicillin-binding protein 1A  73.94 
 
 		 804 aa  1210    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0995  1A family penicillin-binding protein  73.7 
 
 		 797 aa  1157    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0354  putative penicillin-binding 1 (peptoglycansynthetase) transmembrane protein, MrcA  59.59 
 
 		 799 aa  951    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0136569 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1961  putative penicillin-binding (peptidoglycan synthetase) transmembrane protein, mrcA  55.96 
 
 		 836 aa  872    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.935067  normal  0.0226413 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0366  1A family penicillin-binding protein  59.2 
 
 		 797 aa  931    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.941804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0315  1A family penicillin-binding protein  59.35 
 
 		 795 aa  931    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.640379 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3274  penicillin-binding protein 1A  57.47 
 
 		 792 aa  914    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3314  1A family penicillin-binding protein  55.37 
 
 		 840 aa  863    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.019725  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0671  1A family penicillin-binding protein  71.67 
 
 		 805 aa  1175    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.152404 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0092  1A family penicillin-binding protein  54.83 
 
 		 778 aa  836    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000436892  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2720  penicillin-binding protein 1A  59.2 
 
 		 797 aa  931    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1996  1A family penicillin-binding protein  55.37 
 
 		 840 aa  863    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704723  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2369  1A family penicillin-binding protein  55.5 
 
 		 852 aa  865    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6131  penicillin-binding protein 1A  54.79 
 
 		 839 aa  847    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.353845  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0176  1A family penicillin-binding protein  52.97 
 
 		 776 aa  736    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2799  1A family penicillin-binding protein  60.36 
 
 		 796 aa  956    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0833  penicillin-binding protein, 1A family  51.94 
 
 		 807 aa  727    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0729  1A family penicillin-binding protein  71.19 
 
 		 794 aa  1159    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.239456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5582  1A family penicillin-binding protein  71.06 
 
 		 824 aa  1155    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1321  1A family penicillin-binding protein  54.79 
 
 		 837 aa  852    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000393559 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1268  1A family penicillin-binding protein  56.35 
 
 		 786 aa  869    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00608444  normal  0.905221 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0306  1A family penicillin-binding protein  59.23 
 
 		 797 aa  929    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1935  1A family penicillin-binding protein  54.53 
 
 		 839 aa  842    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000247834  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0387  1A family penicillin-binding protein  59.2 
 
 		 797 aa  932    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1948  1A family penicillin-binding protein  54.79 
 
 		 839 aa  847    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135129  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0246  penicillin-binding protein 1A  42.91 
 
 		 814 aa  583  1.0000000000000001e-165  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2152  penicillin-binding protein 1A  42.95 
 
 		 773 aa  579  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.431826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3022  Peptidoglycan glycosyltransferase  41.45 
 
 		 817 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.369948  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0324  penicillin-binding protein 1A  43.04 
 
 		 830 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0987  hypothetical protein  41.11 
 
 		 794 aa  565  1.0000000000000001e-159  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0956  hypothetical protein  40.84 
 
 		 794 aa  563  1.0000000000000001e-159  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0118  multimodular transpeptidase-transglycosylase PBP 1A  42.01 
 
 		 793 aa  563  1.0000000000000001e-159  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2091  penicillin-binding protein 1A  42.15 
 
 		 793 aa  565  1.0000000000000001e-159  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66670  penicillin-binding protein 1A  39.9 
 
 		 823 aa  545  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1936  penicillin-binding protein, 1A family  41.62 
 
 		 790 aa  545  1e-153  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5782  penicillin-binding protein 1A  39.63 
 
 		 823 aa  544  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2754  1A family penicillin-binding protein  42.59 
 
 		 800 aa  537  1e-151  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2253  1A family penicillin-binding protein  42.17 
 
 		 803 aa  534  1e-150  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.816825  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1790  1A family penicillin-binding protein  40.26 
 
 		 809 aa  530  1e-149  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4121  1A family penicillin-binding protein  39.52 
 
 		 814 aa  530  1e-149  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.739203  hitchhiker  0.00000203551 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1861  peptidoglycan glycosyltransferase  40.13 
 
 		 854 aa  529  1e-149  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.894237  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2056  penicillin-binding protein 1A  38.41 
 
 		 804 aa  527  1e-148  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000993377  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0274  penicillin-binding protein, 1A family  41.57 
 
 		 790 aa  526  1e-148  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.565405  normal  0.249222 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3241  penicillin-binding protein, 1A family  39.16 
 
 		 807 aa  519  1e-146  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0404  penicillin-binding protein 1A  38.79 
 
 		 815 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0818527  normal  0.504343 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45310  Penicillin binding protein 1A  39.41 
 
 		 819 aa  518  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0241  1A family penicillin-binding protein  38.68 
 
 		 839 aa  513  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3900  1A family penicillin-binding protein  38.68 
 
 		 839 aa  511  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.247667  normal  0.227457 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5084  penicillin-binding protein, 1A family  37.8 
 
 		 817 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.846696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4957  1A family penicillin-binding protein  37.8 
 
 		 817 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3704  1A family penicillin-binding protein  38.55 
 
 		 839 aa  511  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.2288  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5134  1A family penicillin-binding protein  37.8 
 
 		 817 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0381  1A family penicillin-binding protein  38.01 
 
 		 817 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5133  penicillin-binding protein  38.13 
 
 		 814 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0554788  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0541  1A family penicillin-binding protein  37.96 
 
 		 803 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0402  peptidoglycan glycosyltransferase  38.26 
 
 		 814 aa  505  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.527889  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0280  penicillin-binding protein 1A  38.25 
 
 		 839 aa  502  1e-140  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4406  1A family penicillin-binding protein  39.47 
 
 		 818 aa  501  1e-140  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000928316  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0255  penicillin-binding protein 1A  36.77 
 
 		 865 aa  499  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4067  peptidoglycan synthetase  38.22 
 
 		 851 aa  497  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4611  peptidoglycan synthetase  36.55 
 
 		 852 aa  498  1e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.241075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2692  penicillin-binding protein  37.31 
 
 		 846 aa  494  9.999999999999999e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000762848  hitchhiker  0.0050562 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>