45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1076 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1076  General secretion pathway L  100 
 
 		 403 aa  781    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1326  hypothetical protein  49.76 
 
 		 407 aa  328  1.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0539  hypothetical protein  48.67 
 
 		 419 aa  320  3e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3526  general secretion pathway L  48.32 
 
 		 416 aa  291  1e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0144369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0920  hypothetical protein  46.08 
 
 		 416 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116289  normal  0.49554 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5694  general secretion pathway L  42.86 
 
 		 430 aa  272  1e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.117441 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0759  hypothetical protein  47.33 
 
 		 411 aa  271  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.777484  normal  0.154643 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0670  general secretion pathway L  48.65 
 
 		 409 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.216187 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0649  General secretion pathway L  48.4 
 
 		 409 aa  266  5e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.01067  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3424  general secretion pathway L  38.1 
 
 		 428 aa  199  5e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000831438 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3133  general secretion pathway protein L  37.94 
 
 		 419 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0170799 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3945  general secretion pathway protein L  32.86 
 
 		 475 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.61254 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0043  general secretion pathway protein L  33.81 
 
 		 456 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4492  putative general secretory pathway protein L  33.98 
 
 		 475 aa  57  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0017  general secretion pathway L  33.33 
 
 		 457 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00266304  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0053  general secretion pathway protein L  33.33 
 
 		 457 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.263684  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0072  general secretion pathway protein L  33.33 
 
 		 457 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.73764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0053  general secretion pathway protein L  33.33 
 
 		 456 aa  55.8  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0324738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1893  general secretion pathway L  28.27 
 
 		 404 aa  54.7  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.747419  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3235  general secretion pathway L protein  32.62 
 
 		 453 aa  54.3  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.116382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0054  general secretion pathway protein L  30.5 
 
 		 468 aa  52.8  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0229  general secretion pathway protein L  34.38 
 
 		 462 aa  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3509  general secretory pathway protein L  34.38 
 
 		 469 aa  50.1  0.00007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2776  general secretory pathway protein L  34.38 
 
 		 462 aa  50.1  0.00007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1881  general secretory pathway protein L  34.38 
 
 		 469 aa  50.1  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.244532  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0017  general secretion pathway protein L  34.38 
 
 		 469 aa  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2671  general secretory pathway protein L  34.38 
 
 		 469 aa  50.1  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.347671  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0017  general secretion pathway protein L  34.38 
 
 		 469 aa  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0016  general secretion pathway protein L (GspL)  34.38 
 
 		 456 aa  49.3  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3226  general secretion pathway L  28.03 
 
 		 466 aa  46.2  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.448887  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3559  general secretion pathway protein L  35.63 
 
 		 395 aa  46.2  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0162  general secretion pathway protein L  36.26 
 
 		 396 aa  45.4  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0174  general secretion pathway protein L  34.48 
 
 		 395 aa  44.7  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0159  general secretion pathway protein L  34.48 
 
 		 395 aa  44.7  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0159  general secretion pathway protein L  34.48 
 
 		 395 aa  44.3  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0164  general secretion pathway protein L  34.48 
 
 		 395 aa  44.7  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3111  general secretory pathway L transmembrane protein  30.17 
 
 		 476 aa  44.7  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3079  general secretion pathway protein L  35.42 
 
 		 459 aa  44.3  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.984661  hitchhiker  0.000000407106 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0157  general secretion pathway protein L  35.16 
 
 		 396 aa  43.5  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2298  general secretion pathway protein L  29.09 
 
 		 403 aa  43.5  0.007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0161  general secretion pathway protein L  35.16 
 
 		 395 aa  43.1  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0612766 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4198  general secretion pathway protein L  35.16 
 
 		 395 aa  43.1  0.008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3049  General secretion pathway L  30.17 
 
 		 478 aa  43.1  0.008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.833008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0113  general secretion pathway protein L  24.26 
 
 		 401 aa  43.1  0.009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2852  general secretion pathway protein L  27.62 
 
 		 425 aa  43.1  0.01  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>