34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1074 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1074  putative general secretory pathway N transmembrane protein  100 
 
 
266 aa  509  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0668  putative general secretory pathway N transmembrane protein  55.25 
 
 
270 aa  259  3e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.267495 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0647  putative general secretory pathway N transmembrane protein  54.86 
 
 
270 aa  259  3e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0363595  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3528  putative general secretory pathway N transmembrane protein  53.12 
 
 
267 aa  257  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.231863  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0918  type II secretion system protein N  53.01 
 
 
282 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.339079  normal  0.312737 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0757  putative general secretory pathway N transmembrane protein  51.31 
 
 
267 aa  240  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.142264 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0541  putative general secretory pathway N transmembrane protein  53.82 
 
 
280 aa  230  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5696  putative general secretory pathway N transmembrane protein  45.19 
 
 
267 aa  198  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.86222  normal  0.0481685 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1328  putative general secretory pathway N transmembrane protein  51.48 
 
 
240 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3426  general secretion pathway protein N  42.96 
 
 
319 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000290078 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3135  general secretion pathway protein N  46.67 
 
 
250 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3228  general secretory pathway N transmembrane protein  37.2 
 
 
268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.114308  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0018  general secretory pathway protein N  38.02 
 
 
263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3947  putative general secretory pathway protein N  36.62 
 
 
259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.506993  normal  0.535358 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4490  putative general secretory pathway protein N  33.77 
 
 
259 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.252228  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3391  type II secretion system protein N  34.52 
 
 
268 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3051  general secretory pathway N transmembrane protein  35.77 
 
 
280 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.51549  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1879  general secretory pathway protein N  35.95 
 
 
263 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.174297  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2673  general secretory pathway protein N  35.95 
 
 
263 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333526  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2774  general secretory pathway protein N  35.95 
 
 
263 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3507  general secretory pathway protein N  35.95 
 
 
263 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.855134  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0019  general secretory pathway protein N  35.95 
 
 
263 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.470521  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0019  general secretory pathway protein N  35.95 
 
 
263 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0275939  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0231  general secretory pathway protein N  35.95 
 
 
263 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3081  type II secretion system protein N  33.19 
 
 
259 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.173881  hitchhiker  0.000000265494 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3398  putative general secretory pathway N transmembrane protein  34.5 
 
 
280 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3113  general secretory pathway N transmembrane protein  37.93 
 
 
283 aa  99.4  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0070  hypothetical protein  35.34 
 
 
262 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.726501  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0019  hypothetical protein  33.87 
 
 
274 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0328068  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0041  hypothetical protein  34.22 
 
 
262 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0051  hypothetical protein  33.87 
 
 
274 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0453147  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0051  hypothetical protein  34.22 
 
 
262 aa  93.6  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.356869  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3233  hypothetical protein  35.78 
 
 
274 aa  93.2  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0830722  normal  0.701162 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0052  hypothetical protein  33.04 
 
 
262 aa  92.8  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.923907  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>