More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1072 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008782  Ajs_0666  general secretory pathway protein E  81.68 
 
 
462 aa  721    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1755  general secretory pathway protein E  80.82 
 
 
462 aa  717    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.571927  normal  0.572296 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5698  general secretory pathway protein E  78.23 
 
 
453 aa  702    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0566211 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0543  type II secretion system protein E  79.27 
 
 
462 aa  714    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3428  general secretory pathway protein E  73.94 
 
 
471 aa  696    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00010017 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0755  general secretory pathway protein E  78.88 
 
 
469 aa  719    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.179891 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1330  type II secretion system protein E  79.62 
 
 
474 aa  725    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3137  pili biogenesis ATPase  73.78 
 
 
474 aa  686    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.629616  hitchhiker  0.0029573 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0916  general secretory pathway protein E  80.65 
 
 
453 aa  713    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.346946 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1072  general secretory pathway protein E  100 
 
 
463 aa  928    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.538099  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0645  general secretory pathway protein E  81.68 
 
 
462 aa  721    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.181851  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3071  general secretory pathway protein E  63.4 
 
 
515 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000785682 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3517  general secretion pathway protein E  63.11 
 
 
497 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.385541  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2785  general secretion pathway protein E  63.11 
 
 
497 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254947  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2663  general secretion pathway protein E  63.11 
 
 
497 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0221  general secretory pathway protein E  63.11 
 
 
497 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3243  type II secretion system protein E  63.54 
 
 
499 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.286765 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4500  putative general secretion pathway protein E  63.19 
 
 
522 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1889  general secretion pathway protein E  63.11 
 
 
497 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.902732  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0008  general secretory pathway protein E  63.11 
 
 
497 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0008  general secretory pathway protein E  63.11 
 
 
497 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0061  general secretory pathway protein E  62.69 
 
 
499 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3937  general secretory pathway protein E  62.77 
 
 
495 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.279584 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0080  general secretory pathway protein E  63.11 
 
 
499 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0008  general secretion pathway protein E  63.11 
 
 
497 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0062  general secretory pathway protein E  62.47 
 
 
498 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0009  Type II secretion system gspE  63.33 
 
 
499 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0051  general secretory pathway protein E  62.9 
 
 
499 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582006  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0061  general secretory pathway protein E  63.33 
 
 
499 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212522  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3115  general secretion pathway protein E  62.22 
 
 
533 aa  585  1e-166  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.59067  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3393  type II secretion system protein E  60.74 
 
 
513 aa  585  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118784  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3053  general secretory pathway protein E  61.21 
 
 
518 aa  584  1e-166  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3400  general secretory pathway protein E  61.21 
 
 
518 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.925491 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3230  type II secretion system protein E (GspE)  61.36 
 
 
491 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0114833  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4824  putative type II secretion system protein  62.1 
 
 
469 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0112939  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55440  putative type II secretion system protein  62.1 
 
 
469 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000766086  normal  0.021503 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3174  type II secretion system protein E (GspE)  60.85 
 
 
468 aa  557  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.277379  normal  0.0236631 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2210  general secretory pathway protein E  59.62 
 
 
477 aa  555  1e-157  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1903  type II secretion system protein E  57.05 
 
 
487 aa  531  1e-149  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2530  general secretory pathway protein E  58.4 
 
 
477 aa  528  1e-149  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.247366  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0167  general secretion pathway protein E  53.81 
 
 
521 aa  510  1e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0152  type II secretion system protein E (GspE)  53.4 
 
 
521 aa  508  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3618  general secretory pathway protein E  53.28 
 
 
523 aa  509  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.394925  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0157  type II secretion system protein E (GspE)  53.4 
 
 
521 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0106  general secretory pathway protein E  53.61 
 
 
514 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0152  type II secretion system protein E (GspE)  53.2 
 
 
521 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.203719  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0170  general secretion pathway protein E  54.1 
 
 
520 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2923  general secretion pathway protein E  51.65 
 
 
499 aa  504  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2305  general secretion pathway protein E  52.25 
 
 
503 aa  501  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0145  general secretory pathway protein E  53.2 
 
 
523 aa  501  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4357  general secretory pathway protein E  53.2 
 
 
524 aa  500  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.555593  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0150  general secretory pathway protein E  53.2 
 
 
521 aa  501  1e-140  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00602  general secretory pathway protein E  52.87 
 
 
501 aa  499  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0154  general secretory pathway protein E  52.64 
 
 
521 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4205  general secretory pathway protein E  53.2 
 
 
521 aa  501  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.381078  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0154  general secretory pathway protein E  53.2 
 
 
521 aa  501  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001891  general secretion pathway protein E  52.46 
 
 
500 aa  497  1e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3566  general secretion pathway protein E  52.58 
 
 
521 aa  497  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.294519  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4733  general secretory pathway protein E  53.2 
 
 
523 aa  498  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0457665  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0122  type II secretion system protein E  52.67 
 
 
514 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.766789  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1300  general secretory pathway protein E  52.95 
 
 
498 aa  485  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1349  general secretory pathway protein E  51.35 
 
 
520 aa  486  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1273  type II protein secretion ATPase LspE  51.76 
 
 
494 aa  482  1e-135  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1274  type II protein secretion ATPase LspE  51.76 
 
 
494 aa  481  1e-134  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2030  general secretion pathway protein E  51.02 
 
 
502 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2399  general secretory pathway protein E  52.67 
 
 
515 aa  480  1e-134  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000178866 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23990  general secretion pathway protein E  51.02 
 
 
502 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0098  general secretory pathway protein E  53.2 
 
 
511 aa  479  1e-134  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1471  general secretory pathway protein E  52.65 
 
 
498 aa  472  1e-132  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0249  type II secretion system protein E  48.24 
 
 
522 aa  473  1e-132  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0232  general secretory pathway protein E  50.82 
 
 
525 aa  472  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03957  Type II secretory pathway, ATPase PulE-like protein  51.65 
 
 
519 aa  473  1e-132  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2925  general secretory pathway protein E  51.96 
 
 
495 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.366791  normal  0.218914 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2859  general secretory pathway protein E  51.84 
 
 
498 aa  465  9.999999999999999e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1415  general secretory pathway protein E  50.92 
 
 
490 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.437005  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0004  general secretory pathway protein E  51.32 
 
 
501 aa  465  9.999999999999999e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0631782 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02837  hypothetical type II secretion protein GspE  51.02 
 
 
497 aa  462  1e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000237275  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1413  general secretory pathway protein E  51.94 
 
 
498 aa  462  1e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0251  type II secretion system protein E  54.09 
 
 
484 aa  462  1e-129  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02787  hypothetical protein  51.02 
 
 
497 aa  462  1e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000039107  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3579  glycoside hydrolase family protein  49.38 
 
 
503 aa  462  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.666057 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2377  general secretory pathway protein E  51.44 
 
 
489 aa  462  1e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0226  general secretory pathway protein E  51.43 
 
 
518 aa  463  1e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3246  general secretory pathway protein GspE  50.82 
 
 
497 aa  461  9.999999999999999e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.827332 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4590  general secretion pathway protein E  51.03 
 
 
509 aa  461  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3426  general secretory pathway protein E  50.82 
 
 
497 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4250  general secretory pathway protein E  48.03 
 
 
494 aa  456  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0196458 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0387  general secretory pathway protein E  48.87 
 
 
493 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0387  general secretory pathway protein E  48.87 
 
 
493 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0402565 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0142  general secretory pathway protein E  51.94 
 
 
502 aa  453  1.0000000000000001e-126  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3520  general secretory pathway protein E  48.87 
 
 
493 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189411  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03177  general secretory pathway component, cryptic  48.66 
 
 
493 aa  450  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.227231  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03128  hypothetical protein  48.66 
 
 
493 aa  450  1e-125  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.182977  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1280  general secretory pathway protein E  50.73 
 
 
521 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0382  general secretory pathway protein E  48.37 
 
 
507 aa  443  1e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.432738 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3137  general secretory pathway protein E  50.61 
 
 
497 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0682  general secretory pathway protein E  48.65 
 
 
520 aa  437  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.980899  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2584  general secretory pathway protein E  48.88 
 
 
486 aa  435  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.855979  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3268  general secretion pathway protein E  45.9 
 
 
503 aa  431  1e-120  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000698586  hitchhiker  0.0000000000000127286 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0954  general secretory pathway protein E  45.9 
 
 
503 aa  432  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.120459  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>