188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1023 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1023  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  100 
 
 
309 aa  637    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2162  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  86.18 
 
 
321 aa  498  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.15406 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0439  sirohydrochlorin cobaltochelatase  66.15 
 
 
298 aa  363  2e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.30181  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0474  sirohydrochlorin cobaltochelatase  66.15 
 
 
298 aa  363  2e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2299  CbiX protein  64.39 
 
 
283 aa  360  2e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.66626  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2778  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  66.02 
 
 
298 aa  353  1e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617519  normal  0.0351721 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1692  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  54.25 
 
 
303 aa  335  3.9999999999999995e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.303188 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3738  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  56.39 
 
 
304 aa  334  1e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3135  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  56.88 
 
 
279 aa  322  7e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.740034 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1350  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  57.31 
 
 
274 aa  310  2e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2615  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  39.92 
 
 
275 aa  195  6e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1550  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  39.78 
 
 
277 aa  195  1e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000233242  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4741  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  34.57 
 
 
347 aa  160  3e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07021  hypothetical protein  27.88 
 
 
400 aa  159  4e-38  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0646  hypothetical protein  27.88 
 
 
379 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12211  hypothetical protein  33.1 
 
 
359 aa  154  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06731  hypothetical protein  27.6 
 
 
401 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1197  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.21 
 
 
365 aa  152  5e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0644  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.19 
 
 
472 aa  152  7e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1271  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  32.54 
 
 
465 aa  151  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0646  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  36.4 
 
 
297 aa  151  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00275078  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4496  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.41 
 
 
329 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07571  hypothetical protein  30.21 
 
 
349 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.746447  hitchhiker  0.00609734 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2641  hypothetical protein  30.99 
 
 
443 aa  145  7.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.597647  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07121  hypothetical protein  27.65 
 
 
375 aa  143  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0565  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.8 
 
 
471 aa  142  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3840  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.63 
 
 
333 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3890  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.63 
 
 
330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0314282 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0843  hypothetical protein  30.39 
 
 
368 aa  137  3.0000000000000003e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1866  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.33 
 
 
410 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.156211  normal  0.343639 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0171  sirohydrochlorin cobaltochelatase  31.97 
 
 
416 aa  134  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.189717  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03744  putative transmembrane protein  32.45 
 
 
534 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1378  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.08 
 
 
418 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149908  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4473  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  30.47 
 
 
309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0278734 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1812  hypothetical protein  30.04 
 
 
365 aa  130  3e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07101  hypothetical protein  28.62 
 
 
337 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.129916  normal  0.330282 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3470  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.83 
 
 
408 aa  130  3e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0086  hypothetical protein  28.62 
 
 
337 aa  130  4.0000000000000003e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.639157  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0988  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.73 
 
 
410 aa  129  6e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4163  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.2 
 
 
357 aa  129  9.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.108946  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1289  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  32.41 
 
 
248 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6031  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  35.55 
 
 
288 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321792  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2699  uroporphyrin-III C-methyltransferase  30.68 
 
 
550 aa  123  5e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.2804  hitchhiker  0.000140912 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2517  uroporphyrin-III C-methyltransferase  30.68 
 
 
553 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.459561  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2360  precorrin-8X methylmutase CbiC/CobH  31.46 
 
 
520 aa  120  3.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0406  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  27.27 
 
 
248 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0799  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  32.2 
 
 
395 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1550  CbiX domain-containing protein  27.13 
 
 
251 aa  102  6e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.215105  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1320  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.39 
 
 
326 aa  102  8e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0423235  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1310  cbiX protein  26.72 
 
 
251 aa  102  9e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.84622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1309  cbiX protein  26.72 
 
 
251 aa  101  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1336  CbiX domain-containing protein  27.31 
 
 
251 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1446  CbiX domain-containing protein  27.31 
 
 
251 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.340778  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1149  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  27.6 
 
 
250 aa  100  3e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.427856  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3862  cbiX domain protein  27.13 
 
 
250 aa  100  5e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.417558  hitchhiker  0.00000756549 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1518  cbiX domain protein  26.91 
 
 
251 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.91734e-20 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1588  cbiX domain protein  26.72 
 
 
251 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00133885  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1350  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  23.89 
 
 
250 aa  93.2  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.145066  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1482  cbiX domain protein  24.7 
 
 
251 aa  90.1  5e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0833138  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2563  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.67 
 
 
304 aa  89.4  7e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.523631  normal  0.848204 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7366  putative transmembrane protein  27.5 
 
 
275 aa  87.8  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0247614  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1890  putative secreted protein  31.78 
 
 
255 aa  86.7  4e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.813593  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1987  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  27.32 
 
 
236 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2290  cbiX domain protein  27.18 
 
 
236 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2149  cbiX domain protein  28.1 
 
 
236 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1946  hypothetical protein  27.18 
 
 
236 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0205  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  26.79 
 
 
247 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1967  hypothetical protein  27.18 
 
 
236 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.203988  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2174  cbiX domain protein  26.7 
 
 
236 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2421  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  26.86 
 
 
258 aa  79  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1994  CbiX domain-containing protein  26.21 
 
 
236 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2143  CbiX domain-containing protein  26.21 
 
 
236 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.458667  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3165  cbiX domain protein  27.4 
 
 
236 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6698  sirohydrochlorin cobaltochelatase  27.39 
 
 
253 aa  77  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.99079  normal  0.371849 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1096  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.04 
 
 
127 aa  76.3  0.0000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1785  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.74 
 
 
255 aa  73.2  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0615189  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2287  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  22.86 
 
 
234 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2338  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  22.86 
 
 
234 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7383  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.74 
 
 
253 aa  70.1  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.882429 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2247  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.53 
 
 
258 aa  69.3  0.00000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.681802  normal  0.0131126 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1615  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  25.91 
 
 
248 aa  69.3  0.00000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.767556  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2348  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.38 
 
 
247 aa  69.3  0.00000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511172  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12421  hypothetical protein  28.43 
 
 
281 aa  66.6  0.0000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1857  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  34.13 
 
 
159 aa  66.6  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5921  hypothetical protein  31.88 
 
 
250 aa  66.6  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.173399  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10263  hypothetical protein  29.55 
 
 
247 aa  66.6  0.0000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.826629  normal  0.120754 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2795  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.84 
 
 
246 aa  65.5  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.048407  hitchhiker  0.00112635 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0476  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.33 
 
 
140 aa  64.7  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0518  sirohydrochlorin cobaltochelatase  33.33 
 
 
143 aa  63.5  0.000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.176481  normal  0.663742 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2707  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.41 
 
 
127 aa  63.5  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.079743  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3493  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  27.19 
 
 
245 aa  63.5  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3476  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  26.54 
 
 
234 aa  62.8  0.000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.934772  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3539  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  26.54 
 
 
234 aa  62.8  0.000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.226804  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12790  hypothetical protein  26.86 
 
 
259 aa  62  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1945  hypothetical protein  34.78 
 
 
127 aa  62  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.982544  normal  0.0685142 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2474  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.27 
 
 
127 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1858  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.27 
 
 
127 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2469  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.27 
 
 
127 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2923  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  27.83 
 
 
233 aa  61.6  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0365477  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3859  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.37 
 
 
234 aa  60.5  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.72846  normal  0.0769538 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>