More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0778 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0778  Catalase  100 
 
 
507 aa  1053    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3637  Catalase  61.11 
 
 
493 aa  631  1e-180  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.155654  decreased coverage  0.00459164 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0481  catalase  57.62 
 
 
479 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000437674 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0814  catalase  57.71 
 
 
505 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0514  catalase  57.41 
 
 
479 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0447892 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5053  catalase-like  56.02 
 
 
484 aa  558  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.272262  normal  0.0793097 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0510  catalase  57.41 
 
 
479 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4722  catalase  56.64 
 
 
479 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.356848 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2521  catalase  56.35 
 
 
484 aa  556  1e-157  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0794366  normal  0.723936 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0523  catalase  56.76 
 
 
504 aa  553  1e-156  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.903425  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4522  catalase  55.44 
 
 
481 aa  550  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.587252 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0712  Catalase  56.29 
 
 
484 aa  550  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2782  Catalase  54.81 
 
 
494 aa  546  1e-154  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0203481 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2779  Catalase  54.75 
 
 
498 aa  546  1e-154  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0032  catalase  55.3 
 
 
485 aa  546  1e-154  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00175553  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1622  Catalase  54.95 
 
 
500 aa  547  1e-154  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.468937  normal  0.655187 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3986  catalase  56.28 
 
 
484 aa  546  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.510644 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3238  Catalase  55.97 
 
 
510 aa  545  1e-154  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.067006 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2094  catalase  57.96 
 
 
482 aa  546  1e-154  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.615987  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3078  catalase  54.43 
 
 
499 aa  542  1e-153  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2441  catalase  54.91 
 
 
481 aa  541  9.999999999999999e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.431026  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21110  catalase  55.93 
 
 
487 aa  541  9.999999999999999e-153  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.218837 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0365  Catalase  54.9 
 
 
490 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.357048  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1932  catalase  56.02 
 
 
488 aa  540  9.999999999999999e-153  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000172656  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4268  catalase  55.35 
 
 
483 aa  537  1e-151  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0338278  normal  0.901094 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3940  catalase  53.83 
 
 
493 aa  536  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.109711  normal  0.357218 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3392  Catalase  53.58 
 
 
491 aa  531  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0638  catalase  54.6 
 
 
487 aa  533  1e-150  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001311  catalase  55.83 
 
 
479 aa  533  1e-150  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2706  Catalase  55.35 
 
 
499 aa  533  1e-150  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5844  Catalase  54.12 
 
 
493 aa  533  1e-150  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453783  normal  0.956183 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05192  catalase  56.04 
 
 
478 aa  533  1e-150  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1574  hypothetical protein  55.07 
 
 
501 aa  532  1e-150  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0310454 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3881  catalase  55.74 
 
 
480 aa  531  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000327701  hitchhiker  0.000000338063 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0894  catalase  53.29 
 
 
491 aa  529  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20430  catalase  54.28 
 
 
499 aa  530  1e-149  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.678559  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1320  catalase  55.17 
 
 
479 aa  529  1e-149  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0222  Catalase  54.96 
 
 
484 aa  528  1e-149  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0803  catalase  54.51 
 
 
487 aa  529  1e-149  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0864  catalase  55.65 
 
 
482 aa  528  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3591  catalase  53.78 
 
 
491 aa  531  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1759  Catalase  54.34 
 
 
483 aa  528  1e-149  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.191846  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0289  catalase  54.85 
 
 
490 aa  528  1e-148  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.745578 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0333  Catalase  54.85 
 
 
490 aa  528  1e-148  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.90897  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2776  catalase  54.96 
 
 
479 aa  526  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2262  catalase-like  55.37 
 
 
477 aa  525  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1236  Catalase  54.85 
 
 
483 aa  526  1e-148  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0619868  normal  0.69126 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2855  catalase  54.96 
 
 
479 aa  526  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3278  catalase  54.91 
 
 
478 aa  525  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5599  catalase  54.73 
 
 
481 aa  525  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.555062  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3029  catalase  52.8 
 
 
486 aa  525  1e-148  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.590786 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09150  catalase  55.44 
 
 
482 aa  525  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.789625 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1721  catalase  55.37 
 
 
487 aa  526  1e-148  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2941  catalase  53.16 
 
 
488 aa  525  1e-148  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0358189 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1958  catalase  54.36 
 
 
483 aa  525  1e-148  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3018  catalase  54.99 
 
 
485 aa  526  1e-148  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4417  Catalase  55.09 
 
 
490 aa  524  1e-147  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0279064  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1649  catalase  53.7 
 
 
555 aa  522  1e-147  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0672008  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1323  catalase  55.11 
 
 
478 aa  524  1e-147  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1494  Catalase  55.83 
 
 
485 aa  523  1e-147  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0618429  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0830  catalase  54.43 
 
 
480 aa  524  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0945  catalase  52.8 
 
 
486 aa  524  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0885996  normal  0.400146 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3468  catalase  52.67 
 
 
491 aa  524  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.482946  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0908  catalase domain-containing protein  52.67 
 
 
486 aa  522  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.161902  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0236  catalase  54.87 
 
 
482 aa  522  1e-147  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1070  catalase  52.59 
 
 
486 aa  520  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0563  catalase  52.75 
 
 
486 aa  519  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22460  catalase  53.29 
 
 
499 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0215  catalase  54.37 
 
 
483 aa  515  1.0000000000000001e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3190  catalase  52.06 
 
 
486 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0631825  normal  0.81248 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2662  catalase  55.25 
 
 
486 aa  516  1.0000000000000001e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0342  Catalase  62.16 
 
 
556 aa  513  1e-144  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2465  Catalase  52.25 
 
 
485 aa  514  1e-144  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.864013 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4001  catalase  53.62 
 
 
487 aa  511  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5439  Catalase  54.39 
 
 
485 aa  511  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1242  Catalase  54.07 
 
 
480 aa  509  1e-143  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0122794 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0128  Catalase  54.26 
 
 
517 aa  507  9.999999999999999e-143  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2321  catalase  53.32 
 
 
501 aa  505  9.999999999999999e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1308  catalase  52.92 
 
 
480 aa  505  9.999999999999999e-143  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1165  Catalase  53.31 
 
 
547 aa  503  1e-141  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24970  catalase  52.42 
 
 
497 aa  504  1e-141  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2489  catalase  54.15 
 
 
484 aa  503  1e-141  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.350666  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09640  catalase  51.63 
 
 
535 aa  504  1e-141  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.023552  normal  0.0698912 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0449  Catalase  53.8 
 
 
485 aa  503  1e-141  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00522  catalase  53.2 
 
 
491 aa  499  1e-140  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0518  Catalase  51.04 
 
 
483 aa  499  1e-140  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.309279  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5493  catalase  52.61 
 
 
482 aa  501  1e-140  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.620099  normal  0.0567456 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0355  catalase  52.77 
 
 
499 aa  498  1e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.692778  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3730  catalase  51.47 
 
 
506 aa  495  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1801  Catalase  53.14 
 
 
496 aa  495  1e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0322  catalase  52.77 
 
 
499 aa  498  1e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0383  catalase  52.57 
 
 
494 aa  491  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1629  Catalase  50.4 
 
 
508 aa  493  9.999999999999999e-139  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.303359  normal  0.0939595 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1244  Catalase  50.92 
 
 
487 aa  493  9.999999999999999e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0269  catalase  52.46 
 
 
504 aa  488  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146052  normal  0.35045 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3054  catalase  52.57 
 
 
499 aa  491  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0656  catalase  53.86 
 
 
506 aa  489  1e-137  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6791  catalase  51.03 
 
 
507 aa  491  1e-137  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0804  catalase  49.58 
 
 
499 aa  488  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0843  catalase  49.58 
 
 
499 aa  488  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>