54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0704 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0704  Fibronectin type III domain protein  100 
 
 		 718 aa  1473    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01652  putative transmembrane protein  52.12 
 
 		 767 aa  675    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.993678  normal  0.0258768 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4814  putative transmembrane protein  47.76 
 
 		 757 aa  638    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6069  LamG domain-containing protein  47.96 
 
 		 739 aa  633  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6366  putative transmembrane protein  51.57 
 
 		 739 aa  630  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6601  LamG domain-containing protein  37.01 
 
 		 741 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.595168 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6119  LamG domain-containing protein  37.01 
 
 		 741 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.153451 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5754  LamG-like jellyroll fold  37.01 
 
 		 741 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07279  GPI anchored protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G01300)  41.16 
 
 		 387 aa  258  3e-67  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3946  hypothetical protein  37.1 
 
 		 555 aa  180  8e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3959  hypothetical protein  31.83 
 
 		 1066 aa  172  1e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4996  protein of unknown function DUF1680  46.84 
 
 		 846 aa  140  7e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0569195 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2675  coagulation factor 5/8 type domain-containing protein  27.97 
 
 		 834 aa  111  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343316 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1017  protein of unknown function DUF1080  27.74 
 
 		 786 aa  109  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0838366  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0899  hypothetical protein  42 
 
 		 155 aa  102  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.606509  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2506  S-layer-like domain-containing protein  40.96 
 
 		 1013 aa  101  5e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0704  16S rRNA dimethylase  26.6 
 
 		 675 aa  95.5  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0625805 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03486  conserved hypothetical protein  29.66 
 
 		 361 aa  82  0.00000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01850  Ig-like domain-containing protein  33.54 
 
 		 1323 aa  76.6  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.854355  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1859  protein of unknown function DUF1680  32.1 
 
 		 736 aa  75.5  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1754  hypothetical protein  25.27 
 
 		 386 aa  67.4  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2193  carbohydrate-binding family 6 protein  43.33 
 
 		 948 aa  65.9  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.43679  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3960  hypothetical protein  25 
 
 		 405 aa  64.7  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0698754  normal  0.0204382 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1543  cellulosome anchoring protein cohesin region  44.44 
 
 		 782 aa  63.5  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000430269  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2760  hypothetical protein  27.47 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.120597 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4617  protein of unknown function DUF1680  23.31 
 
 		 1025 aa  56.6  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0602011  normal  0.370298 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  36.14 
 
 		 3027 aa  54.7  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1747  hypothetical protein  38.95 
 
 		 1139 aa  54.7  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000564232 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1856  hypothetical protein  37.18 
 
 		 739 aa  54.7  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0763554  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2278  alpha amylase catalytic region  41.18 
 
 		 1307 aa  53.9  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.792883  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1781  alpha amylase, catalytic region  35.56 
 
 		 1847 aa  53.1  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0740  fibronectin, type III domain-containing protein  30.83 
 
 		 409 aa  52.4  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.128234  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7155  Glucodextranase N  41.38 
 
 		 1160 aa  50.4  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0849564  normal  0.457795 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4289  glycoside hydrolase family 5  32.91 
 
 		 717 aa  50.4  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.162807  normal  0.0359435 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2452  alpha amylase, catalytic region  32.2 
 
 		 1401 aa  50.4  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0187956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1209  Fibronectin type III domain protein  34.07 
 
 		 1242 aa  50.1  0.0002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1314  Fibronectin type III domain protein  36.84 
 
 		 211 aa  49.7  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000146829  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0134  Fibronectin type III domain protein  36.08 
 
 		 1628 aa  48.9  0.0003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.504623  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2728  hypothetical protein  25.15 
 
 		 848 aa  48.9  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2327  alpha amylase catalytic region  30.5 
 
 		 1401 aa  49.3  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.775797  normal  0.294215 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0446  fibronectin type III domain-containing protein  35.87 
 
 		 409 aa  48.1  0.0005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0367  VCBS  26.17 
 
 		 6678 aa  48.5  0.0005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.410615 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1738  hypothetical protein  36.14 
 
 		 249 aa  47.8  0.0007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306198  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0682  Fibronectin type III domain protein  28.23 
 
 		 1735 aa  47  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3673  fibronectin type III domain-containing protein  37.65 
 
 		 2170 aa  46.6  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20402 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4515  APHP domain-containing protein  38.27 
 
 		 5743 aa  46.2  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2036  fibronectin, type III domain-containing protein  32.05 
 
 		 2068 aa  45.8  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.573808  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3385  hypothetical protein  28.57 
 
 		 1931 aa  45.4  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.807986 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0648  Fibronectin type III domain protein  31.25 
 
 		 972 aa  45.8  0.003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0957  PA14 domain protein  32.47 
 
 		 3802 aa  45.1  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.168147 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2403  PA14 domain protein  37.66 
 
 		 1172 aa  45.1  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1295  fibronectin type III domain-containing protein  33.33 
 
 		 410 aa  44.3  0.008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04370  hypothetical protein  38.37 
 
 		 445 aa  44.3  0.009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.302884 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04160  beta-1,3-glucanase  32 
 
 		 1067 aa  43.9  0.01  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>