107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0703 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006349  BMAA0822  hypothetical protein  56.33 
 
 
675 aa  711    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0538951  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2198  amylo-alpha-1,6-glucosidase family  55.68 
 
 
770 aa  748    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000221198  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0759  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  55.06 
 
 
740 aa  743    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043283  decreased coverage  0.0000165021 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1771  amylo-alpha-1,6-glucosidase family  56.63 
 
 
758 aa  750    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0110772  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0486  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  54.11 
 
 
711 aa  734    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.49575  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1135  hypothetical protein  55.04 
 
 
757 aa  748    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.625879  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3435  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  55.57 
 
 
740 aa  746    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000283292  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4363  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  55.04 
 
 
741 aa  747    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00718041  hitchhiker  0.000723282 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4932  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  55.57 
 
 
740 aa  746    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0018634  normal  0.0241273 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0038  amylo-alpha-1,6-glucosidase  55.68 
 
 
776 aa  748    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000580185  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0945  amylo-alpha-1,6-glucosidase  55.95 
 
 
770 aa  747    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00012577  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0852  amylo-alpha-1,6-glucosidase  55.68 
 
 
797 aa  748    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200365  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1583  amylo-alpha-1,6-glucosidase  55.68 
 
 
776 aa  748    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000129612  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3686  Amylo-alpha-16-glucosidase  55.85 
 
 
740 aa  738    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.844906  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1779  Amylo-alpha-16-glucosidase  58.04 
 
 
720 aa  774    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.120305 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5355  Amylo-alpha-16-glucosidase  55.71 
 
 
740 aa  748    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000277082  decreased coverage  0.00794917 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4880  Amylo-alpha-16-glucosidase  54.97 
 
 
740 aa  747    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0220077  hitchhiker  0.0000000000344612 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5206  Amylo-alpha-16-glucosidase  54.32 
 
 
759 aa  731    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.313026 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5524  Amylo-alpha-16-glucosidase  55.04 
 
 
757 aa  749    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.735015 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17280  amylo-alpha-1,6-glucosidase  66.1 
 
 
717 aa  925    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.257879  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0703  Amylo-alpha-16-glucosidase  100 
 
 
716 aa  1448    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1553  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  46.14 
 
 
723 aa  617  1e-175  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.92527  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2783  hypothetical protein  47.07 
 
 
733 aa  603  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0758936 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0692  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  48.25 
 
 
734 aa  600  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.418529  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1034  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  45.69 
 
 
731 aa  598  1e-169  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1143  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  45.4 
 
 
732 aa  597  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0995661 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2111  amylo-alpha-1,6-glucosidase  46.8 
 
 
741 aa  588  1e-166  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3211  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  45.26 
 
 
732 aa  584  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4021  Amylo-alpha-16-glucosidase  46.36 
 
 
734 aa  578  1.0000000000000001e-163  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0418  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  45.78 
 
 
735 aa  575  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3691  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  46.62 
 
 
734 aa  569  1e-161  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0328  amylo-alpha-1,6-glucosidase  46.3 
 
 
733 aa  567  1e-160  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1229  Amylo-alpha-16-glucosidase  44.86 
 
 
729 aa  568  1e-160  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.526565  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2125  Amylo-alpha-16-glucosidase  45.51 
 
 
732 aa  568  1e-160  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.964235 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5196  Amylo-alpha-16-glucosidase  44.91 
 
 
736 aa  565  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.350513  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2320  Amylo-alpha-16-glucosidase  45.95 
 
 
729 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0240963 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2711  Amylo-alpha-16-glucosidase  48.52 
 
 
733 aa  560  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5852  Amylo-alpha-16-glucosidase  44.51 
 
 
736 aa  546  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5556  Amylo-alpha-16-glucosidase  43.57 
 
 
765 aa  545  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.817057  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3150  Amylo-alpha-16-glucosidase  42.72 
 
 
781 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.500039 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5323  Amylo-alpha-16-glucosidase  43.27 
 
 
764 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.101585 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1625  Amylo-alpha-16-glucosidase  42.36 
 
 
778 aa  529  1e-149  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0043283 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1611  Amylo-alpha-16-glucosidase  41.8 
 
 
778 aa  527  1e-148  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00499366 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1907  Amylo-alpha-16-glucosidase  42.22 
 
 
778 aa  528  1e-148  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.801386  normal  0.417986 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3259  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  38.53 
 
 
735 aa  468  9.999999999999999e-131  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.574596  normal  0.459486 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1366  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  38.04 
 
 
720 aa  456  1.0000000000000001e-126  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.711936  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1726  Amylo-alpha-16-glucosidase  36.35 
 
 
698 aa  443  1e-123  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0432  Amylo-alpha-16-glucosidase  39.17 
 
 
708 aa  442  1e-123  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1478  Amylo-alpha-16-glucosidase  38.08 
 
 
725 aa  437  1e-121  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2802  Amylo-alpha-16-glucosidase  40.87 
 
 
751 aa  434  1e-120  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0523697  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2895  Amylo-alpha-16-glucosidase  40.87 
 
 
751 aa  434  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565819  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2709  hypothetical protein  40.31 
 
 
751 aa  426  1e-118  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2675  Amylo-alpha-16-glucosidase  36.68 
 
 
741 aa  428  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1533  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  38.49 
 
 
721 aa  420  1e-116  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.075154  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4724  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  36.3 
 
 
760 aa  418  9.999999999999999e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3939  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  38.14 
 
 
724 aa  414  1e-114  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2703  Amylo-alpha-16-glucosidase  40.48 
 
 
751 aa  412  1e-114  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.690991  normal  0.724789 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2846  amylo-alpha-16-glucosidase  35.88 
 
 
758 aa  416  1e-114  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.876623  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3611  Amylo-alpha-16-glucosidase  36.91 
 
 
723 aa  406  1.0000000000000001e-112  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4489  Amylo-alpha-16-glucosidase  35.97 
 
 
741 aa  405  1e-111  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0421  hypothetical protein  31.26 
 
 
727 aa  379  1e-103  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0912  Amylo-alpha-16-glucosidase  34.63 
 
 
746 aa  378  1e-103  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0706  Amylo-alpha-16-glucosidase  36.04 
 
 
726 aa  367  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0259  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  35.34 
 
 
719 aa  364  3e-99  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2979  hypothetical protein  37.76 
 
 
712 aa  363  4e-99  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0633  Amylo-alpha-16-glucosidase  38.01 
 
 
623 aa  362  1e-98  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.813829 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2856  amylo-alpha-16-glucosidase  37.77 
 
 
737 aa  361  2e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.816237  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2789  Amylo-alpha-16-glucosidase  39.04 
 
 
612 aa  361  2e-98  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.878962 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20180  glycogen debranching enzyme  34.97 
 
 
715 aa  361  3e-98  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0209994  normal  0.0622717 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8127  glycogen debranching protein  37.32 
 
 
706 aa  348  2e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.196485 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4174  hypothetical protein  34.29 
 
 
729 aa  340  4e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121441  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0199  hypothetical protein  34.82 
 
 
723 aa  340  5e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1771  Amylo-alpha-16-glucosidase  34.71 
 
 
718 aa  340  5e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000954501 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1939  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  35.53 
 
 
700 aa  339  9.999999999999999e-92  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3563  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  33.92 
 
 
685 aa  338  9.999999999999999e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1962  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  35.75 
 
 
722 aa  335  2e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.857705  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0139  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  34.86 
 
 
733 aa  333  8e-90  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3942  Amylo-alpha-16-glucosidase  33.14 
 
 
685 aa  331  3e-89  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.300307 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0441  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  37.31 
 
 
658 aa  329  1.0000000000000001e-88  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0360  amylo-alpha-1,6-glucosidase  34.99 
 
 
734 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1677  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  35.14 
 
 
691 aa  303  6.000000000000001e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3955  hypothetical protein  36.57 
 
 
716 aa  300  8e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.148683  normal  0.0140585 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1671  amylo-alpha-1,6-glucosidase  34.63 
 
 
691 aa  295  3e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.28992  normal  0.813696 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0748  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  36.73 
 
 
628 aa  287  4e-76  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.188774  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1137  Amylo-alpha-16-glucosidase  33.69 
 
 
682 aa  271  2.9999999999999997e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.159404  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6734  Amylo-alpha-16-glucosidase  32.57 
 
 
708 aa  262  2e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06360  glycogen debranching enzyme  34.05 
 
 
645 aa  254  3e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3761  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  31.83 
 
 
654 aa  251  2e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0814  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  29.15 
 
 
776 aa  238  4e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0704029  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1957  Amylo-alpha-16-glucosidase  31.13 
 
 
689 aa  204  4e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.705949  decreased coverage  0.0000163059 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1764  Amylo-alpha-16-glucosidase  29.64 
 
 
868 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0548176  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0376  glycogen debranching protein  24.49 
 
 
834 aa  82.4  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.603461 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0254  glycogen debranching enzyme, putative  26.11 
 
 
610 aa  58.9  0.0000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.735444  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3625  cell wall surface anchor family protein  24.8 
 
 
717 aa  56.6  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.500986  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2170  Amylo-alpha-16-glucosidase  23.97 
 
 
676 aa  56.2  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.0000556903  unclonable  0.00000000115329 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3745  glycoside hydrolase family protein  25 
 
 
738 aa  55.1  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00662603  decreased coverage  0.0000773633 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4434  glycoside hydrolase family protein  24.43 
 
 
718 aa  54.3  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000698524  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1790  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  21.73 
 
 
676 aa  52.4  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0378432 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1011  glycoside hydrolase family protein  21.9 
 
 
581 aa  52.4  0.00003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.956563  normal  0.837929 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5206  glycogen debranching enzyme  22.92 
 
 
662 aa  50.8  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000110165 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>