29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0680 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0680  hypothetical protein  100 
 
 
505 aa  1047    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1050  conserved hypothetical protein  32.41 
 
 
469 aa  236  6e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0923  CP4-57 prophage; hypothetical protein  32.25 
 
 
470 aa  220  5e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0295436  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1766  hypothetical protein  31.79 
 
 
488 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.862527  normal  0.520782 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1794  hypothetical protein  31.25 
 
 
489 aa  216  5e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.455218 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1442  hypothetical protein  31.25 
 
 
489 aa  213  9e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0083  hypothetical protein  29.6 
 
 
502 aa  195  2e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1690  hypothetical protein  29.64 
 
 
499 aa  191  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.406104  normal  0.0155376 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1302  hypothetical protein  27.8 
 
 
461 aa  178  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.414207 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1780  hypothetical protein  29.06 
 
 
477 aa  177  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0303159  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4690  hypothetical protein  26.03 
 
 
534 aa  143  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2276  hypothetical protein  28.57 
 
 
521 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00656399  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0744  hypothetical protein  24.26 
 
 
466 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0396  hypothetical protein  25.4 
 
 
501 aa  106  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.123682  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4606  hypothetical protein  25.58 
 
 
465 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0180041 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2301  hypothetical protein  25.34 
 
 
457 aa  94.7  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0233  hypothetical protein  25.67 
 
 
507 aa  94  6e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0087  TOPRIM domain-containing protein  26.47 
 
 
782 aa  88.2  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.417262  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2504  hypothetical protein  24.88 
 
 
447 aa  84.3  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0875481 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03470  hypothetical protein  24.71 
 
 
815 aa  83.6  0.000000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0963  hypothetical protein  25.83 
 
 
515 aa  82.8  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2984  hypothetical protein  25.35 
 
 
542 aa  82  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0349  DnaB domain-containing protein helicase domain-containing protein  24.1 
 
 
666 aa  71.2  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.526398  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0974  DnaB domain-containing protein helicase domain-containing protein  24.93 
 
 
621 aa  71.2  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1924  hypothetical protein  25.19 
 
 
616 aa  67.8  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.348588  hitchhiker  0.00176923 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1978  hypothetical protein  27.13 
 
 
718 aa  64.3  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.440247  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1624  hypothetical protein  23.67 
 
 
458 aa  47  0.0008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.897821  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0989  P4 alpha zinc-binding domain protein  19.57 
 
 
866 aa  47  0.0008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3404  hypothetical protein  22.63 
 
 
496 aa  45.4  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>