45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0538 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0538  hypothetical protein  100 
 
 		 373 aa  764    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2334  hypothetical protein  48.87 
 
 		 370 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00524729  normal  0.0110062 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01180  hypothetical protein  47.88 
 
 		 399 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.176675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0171  hypothetical protein  46.74 
 
 		 370 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3112  hypothetical protein  41.98 
 
 		 340 aa  233  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.192331  normal  0.139244 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2439  hypothetical protein  40.17 
 
 		 366 aa  230  3e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.646599  normal  0.310656 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3467  hypothetical protein  41.4 
 
 		 340 aa  229  4e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.103474  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0291  hypothetical protein  32.17 
 
 		 337 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3186  hypothetical protein  30.99 
 
 		 335 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4073  hypothetical protein  31.27 
 
 		 373 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000125532 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2759  hypothetical protein  33.86 
 
 		 357 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2438  Protein of unknown function DUF2169  30.72 
 
 		 383 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3869  hypothetical protein  30.28 
 
 		 438 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0106797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4428  hypothetical protein  26.89 
 
 		 445 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1192  hypothetical protein  28.69 
 
 		 447 aa  113  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3484  hypothetical protein  31.02 
 
 		 330 aa  112  9e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.341689 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7055  hypothetical protein  27.84 
 
 		 356 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0582367  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2128  hypothetical protein  27.57 
 
 		 438 aa  107  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469876 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1160  hypothetical protein  30.45 
 
 		 356 aa  94  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.860855 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05867  hypothetical protein  29.26 
 
 		 330 aa  91.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000445  pentapeptide repeat family protein  27.36 
 
 		 330 aa  90.9  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7560  hypothetical protein  27.33 
 
 		 348 aa  85.9  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0029  pentapeptide repeat-containing protein  30.81 
 
 		 976 aa  85.9  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.271954 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3387  hypothetical protein  23.71 
 
 		 338 aa  79.7  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.128743  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0343  pentapeptide repeat-containing protein  31.41 
 
 		 825 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.1938  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1704  pentapeptide repeat-containing protein  31.41 
 
 		 862 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0252  pentapeptide repeat-containing protein  31.41 
 
 		 825 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2173  pentapeptide repeat-containing protein  31.41 
 
 		 825 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1900  pentapeptide repeat-containing protein  31.41 
 
 		 825 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0911  pentapeptide repeat-containing protein  31.41 
 
 		 825 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1198  pentapeptide repeat-containing protein  31.41 
 
 		 825 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6142  hypothetical protein  32.87 
 
 		 192 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.69496 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2827  hypothetical protein  26.01 
 
 		 352 aa  73.2  0.000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0532  pentapeptide repeat protein  33.52 
 
 		 870 aa  71.6  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2443  Protein of unknown function DUF2169  31.72 
 
 		 846 aa  68.9  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4191  pentapeptide repeat-containing protein  29.51 
 
 		 844 aa  68.2  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0024  pentapeptide repeat-containing protein  28.5 
 
 		 949 aa  65.5  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3780  pentapeptide repeat protein  27.56 
 
 		 866 aa  65.1  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2867  pentapeptide repeat protein  28.45 
 
 		 881 aa  63.5  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.113451  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2738  hypothetical protein  26.69 
 
 		 383 aa  63.5  0.000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.109672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0203  pentapeptide repeat protein  26.38 
 
 		 886 aa  61.2  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.713128  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26580  Pentapeptide repeat protein  29.55 
 
 		 872 aa  60.5  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3786  hypothetical protein  23.93 
 
 		 343 aa  57.8  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3016  hypothetical protein  38.82 
 
 		 320 aa  57  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.935221 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0930  hypothetical protein  27.22 
 
 		 338 aa  54.3  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0087813  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>