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for query gene Vapar_0437 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008752  Aave_0404  EmrB/QacA family drug resistance transporter  74.68 
 
 		 482 aa  640    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.383869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4538  major facilitator transporter  79.17 
 
 		 498 aa  666    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0701408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0437  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  100 
 
 		 497 aa  969    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.265933  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5562  major facilitator transporter  73.52 
 
 		 502 aa  634  1e-180  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.449496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0907  EmrB/QacA family drug resistance transporter  65.35 
 
 		 496 aa  604  9.999999999999999e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1238  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  55.53 
 
 		 485 aa  475  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1304  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  56.18 
 
 		 485 aa  476  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.153867 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1393  EmrB/QacA family drug resistance transporter  55.39 
 
 		 508 aa  459  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.230951  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1365  putative multidrug resistance-like efflux transmembrane protein  54.45 
 
 		 487 aa  444  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.816308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1941  EmrB/QacA family drug resistance transporter  52.36 
 
 		 493 aa  431  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.172476  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0617  EmrB/QacA family drug resistance transporter  42.46 
 
 		 543 aa  345  1e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1015  major facilitator transporter  40.13 
 
 		 523 aa  318  2e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5403  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.53 
 
 		 537 aa  288  2e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3254  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.83 
 
 		 531 aa  285  2.0000000000000002e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0114  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.95 
 
 		 463 aa  282  8.000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.512098  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3362  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.36 
 
 		 539 aa  280  5e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1014  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.96 
 
 		 517 aa  218  2e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4154  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.75 
 
 		 483 aa  181  2e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1863  major facilitator superfamily permease  26.71 
 
 		 465 aa  180  7e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0147099  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1573  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.1 
 
 		 529 aa  177  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3194  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.95 
 
 		 484 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.794509  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2706  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.4 
 
 		 537 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2014  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.29 
 
 		 523 aa  175  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2981  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  30.09 
 
 		 511 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3490  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.83 
 
 		 521 aa  174  3.9999999999999995e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0312462 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3300  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  30.5 
 
 		 501 aa  173  5e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.17007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2290  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  29.96 
 
 		 529 aa  172  1e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.192526  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1972  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  29.12 
 
 		 510 aa  172  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.073103  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2378  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  29.96 
 
 		 529 aa  170  5e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4411  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  27.51 
 
 		 537 aa  169  8e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2631  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  27.75 
 
 		 515 aa  169  8e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.383083  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4464  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.62 
 
 		 599 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.737474  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4310  multidrug resistance protein B  27.62 
 
 		 599 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4812  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.62 
 
 		 599 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.127812  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1631  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  26.14 
 
 		 521 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4676  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  27.39 
 
 		 599 aa  167  4e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00195609  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3660  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.26 
 
 		 558 aa  167  4e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4683  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  27.62 
 
 		 599 aa  167  4e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.74665e-44 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4692  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  27.39 
 
 		 599 aa  167  4e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000143582  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1604  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  27.75 
 
 		 515 aa  167  5e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2761  EmrB/QacA family drug resistance transporter  29.05 
 
 		 545 aa  167  5e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000648651  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4299  multidrug resistance protein B  27.39 
 
 		 599 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.649426  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0561  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  27.39 
 
 		 599 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000151463  hitchhiker  0.00000000000000678179 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2739  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.86 
 
 		 482 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000169232  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1374  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.44 
 
 		 517 aa  166  8e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.511847  hitchhiker  0.000280107 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4349  EmrB/QacA family drug resistance transporter  30.41 
 
 		 493 aa  166  8e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1833  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  24.57 
 
 		 564 aa  166  9e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0281974  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2635  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.22 
 
 		 520 aa  166  9e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.723891  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2340  EmrB/QacA family drug resistance transporter  24.62 
 
 		 472 aa  166  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1099  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  29.91 
 
 		 519 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1713  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  31.85 
 
 		 519 aa  166  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0126419 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2937  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.65 
 
 		 492 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.486174  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4399  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.73 
 
 		 597 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00696651  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1480  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.05 
 
 		 517 aa  164  3e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.764278  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5006  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  27.63 
 
 		 513 aa  164  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.328138  hitchhiker  0.00378398 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2922  multidrug resistance protein B  25.49 
 
 		 492 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4699  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.95 
 
 		 599 aa  163  6e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0449963  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0039  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.26 
 
 		 537 aa  162  9e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.677272  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2440  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.65 
 
 		 479 aa  162  9e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2488  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.65 
 
 		 479 aa  162  9e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3254  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.62 
 
 		 579 aa  162  1e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2014  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  26.65 
 
 		 513 aa  162  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3317  EmrB/QacA family drug resistance transporter  29.46 
 
 		 526 aa  162  1e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.135478 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2428  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  26.17 
 
 		 561 aa  161  2e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0683901  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3240  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.49 
 
 		 492 aa  162  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2982  multidrug resistance protein B  25.49 
 
 		 492 aa  161  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3251  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  26.26 
 
 		 492 aa  162  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3230  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  25.49 
 
 		 492 aa  162  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26870  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  28.99 
 
 		 534 aa  161  3e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.287743  normal  0.830336 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0985  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  27.71 
 
 		 501 aa  160  3e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000298388  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2675  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  29.71 
 
 		 482 aa  160  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.493541  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2586  EmrB/QacA family drug resistance transporter  29.91 
 
 		 468 aa  160  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.941296  hitchhiker  0.00272882 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3094  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.1 
 
 		 532 aa  160  6e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3232  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  25.8 
 
 		 513 aa  159  9e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4262  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  25.99 
 
 		 515 aa  159  1e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2994  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.27 
 
 		 492 aa  159  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.218586  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3223  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.27 
 
 		 492 aa  159  2e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0356226  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1476  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.35 
 
 		 530 aa  158  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3005  EmrB/QacA family drug resistance transporter  30.23 
 
 		 512 aa  158  2e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.216237  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2448  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  25.8 
 
 		 570 aa  158  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2086  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.15 
 
 		 491 aa  158  3e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.377299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0874  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  28 
 
 		 479 aa  157  4e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0132531  normal  1 
 
 
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NC_008639  Cpha266_0093  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.6 
 
 		 523 aa  157  4e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007512  Plut_0054  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.42 
 
 		 539 aa  157  5.0000000000000005e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008530  LGAS_0725  major facilitator superfamily permease  25.36 
 
 		 490 aa  156  6e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.29773 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0268  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  29.28 
 
 		 500 aa  156  7e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0312698  decreased coverage  0.00157172 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3298  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  27.84 
 
 		 538 aa  156  7e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011060  Ppha_0063  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  27.95 
 
 		 539 aa  156  9e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013521  Sked_06270  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  28.22 
 
 		 490 aa  155  1e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013730  Slin_2690  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  27.39 
 
 		 519 aa  155  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.558216  normal  0.47793 
 
 
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NC_010803  Clim_0068  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  28.28 
 
 		 528 aa  155  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007644  Moth_2324  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.85 
 
 		 534 aa  154  2.9999999999999998e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.937948  normal  1 
 
 
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NC_009921  Franean1_6409  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.74 
 
 		 578 aa  154  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.438631 
 
 
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NC_008528  OEOE_0877  major facilitator superfamily permease  26.33 
 
 		 496 aa  154  2.9999999999999998e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.192576  n/a   
 
 
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NC_013205  Aaci_2909  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  24.67 
 
 		 635 aa  154  4e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000610887  n/a   
 
 
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NC_011761  AFE_2349  multidrug resistance protein  28.18 
 
 		 561 aa  153  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_2025  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.97 
 
 		 526 aa  153  8.999999999999999e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013132  Cpin_3428  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  24.04 
 
 		 471 aa  152  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_2059  major facilitator superfamily drug efflux transporter  32.94 
 
 		 445 aa  150  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  0.961037 
 
 
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NC_013721  HMPREF0424_0354  drug resistance MFS transporter, drug:H+ antiporter-2 (14 Spanner) (DHA2) family protein  27.95 
 
 		 542 aa  150  4e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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