131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0431 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0431  benzoate transporter  100 
 
 
421 aa  805    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.586868  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3908  benzoate transporter  74.74 
 
 
402 aa  548  1e-155  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00157906  normal  0.79315 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3257  benzoate transporter  75.57 
 
 
403 aa  536  1e-151  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00676766  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4540  benzoate transporter  73.4 
 
 
395 aa  524  1e-147  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0927  benzoate transporter  72.59 
 
 
395 aa  513  1e-144  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5995  benzoate transporter  73.1 
 
 
393 aa  513  1e-144  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00202849 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0179  benzoate transporter  71.65 
 
 
390 aa  508  1e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3994  benzoate transporter  60.05 
 
 
395 aa  422  1e-117  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000979992  normal  0.049779 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0324  benzoate transporter  52.43 
 
 
395 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000364152  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0322  benzoate transporter  52.43 
 
 
395 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000013011  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0328  benzoate transporter  52.16 
 
 
395 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00262556  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1820  benzoate transporter  52.06 
 
 
398 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0615207  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0329  benzoate transporter  51.89 
 
 
395 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000780494  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0425  benzoate transporter  51.89 
 
 
395 aa  367  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3891  benzoate transporter  52.06 
 
 
396 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.228348 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0943  benzoate transporter  51.42 
 
 
402 aa  368  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.516309  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2321  benzoate transporter  50.52 
 
 
390 aa  364  1e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0963  benzoate transport protein  51.55 
 
 
405 aa  363  2e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1398  benzoate transporter  51.55 
 
 
396 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3317  benzoate membrane transport protein  51.69 
 
 
406 aa  361  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0629  benzoate transporter  48.74 
 
 
398 aa  360  2e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1428  benzoate transporter  50.26 
 
 
396 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.110565  normal  0.345439 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3699  benzoate transporter  51.55 
 
 
398 aa  354  1e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00161934  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2678  benzoate transporter  50.77 
 
 
396 aa  354  2e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950649  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1229  benzoate transporter  51.95 
 
 
406 aa  354  2e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.803319  normal  0.810178 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1722  benzoate transporter  51.68 
 
 
403 aa  351  2e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.982368  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2373  benzoate transporter  51.42 
 
 
403 aa  350  2e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2334  benzoate transporter  51.68 
 
 
403 aa  351  2e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2357  benzoate transporter  51.68 
 
 
403 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1328  benzoate transport protein  51.55 
 
 
481 aa  350  3e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0713293  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2253  benzoate transporter  51.42 
 
 
403 aa  350  3e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.763643  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1938  benzoate transport protein  51.55 
 
 
405 aa  349  4e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.064917  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1014  benzoate transporter  51.55 
 
 
405 aa  350  4e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0851  benzoate transporter  51.55 
 
 
405 aa  350  4e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.399687  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1168  benzoate transporter  51.55 
 
 
405 aa  350  4e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0297  benzoate transporter  51.55 
 
 
405 aa  350  4e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1839  benzoate membrane transport protein  49.74 
 
 
397 aa  348  8e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.25228  normal  0.411896 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1176  benzoate transporter  51.42 
 
 
405 aa  348  1e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.254375  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5676  benzoate membrane transport protein  51.16 
 
 
403 aa  348  2e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43160  putative transporter  51.45 
 
 
400 aa  346  4e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.243206 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0320  benzoate transporter  52.51 
 
 
396 aa  345  1e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000109894  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4269  benzoate transporter  49.22 
 
 
394 aa  345  1e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1792  benzoate membrane transport protein  51.17 
 
 
396 aa  344  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3621  putative transporter  50.92 
 
 
430 aa  343  5e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1641  benzoate transporter  52.21 
 
 
392 aa  342  5.999999999999999e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0221313  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0325  benzoate transporter  51.56 
 
 
386 aa  341  1e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.072313  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2485  benzoate transporter  50.67 
 
 
392 aa  341  2e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0546857 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4590  benzoate transporter  50.13 
 
 
394 aa  340  2e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3526  benzoate transporter  53.42 
 
 
477 aa  333  4e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149229  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2362  benzoate membrane transport protein  51.05 
 
 
392 aa  332  7.000000000000001e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2316  benzoate membrane transport protein  44.22 
 
 
401 aa  330  4e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.688329  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2541  benzoate transporter  48.84 
 
 
395 aa  326  5e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.630125 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2230  benzoate transporter  50.41 
 
 
397 aa  325  1e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000339357 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2103  benzoate transporter  49.74 
 
 
403 aa  320  3e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36671 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1662  benzoate transporter  41.76 
 
 
392 aa  319  5e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.760414  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2107  benzoate transporter  45.89 
 
 
393 aa  315  9.999999999999999e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.07884  normal  0.334527 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01391  predicted benzoate transporter  44.9 
 
 
391 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2213  benzoate transporter  44.9 
 
 
391 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.8089  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01401  hypothetical protein  44.9 
 
 
391 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2241  benzoate transporter  50.13 
 
 
407 aa  308  1.0000000000000001e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.739572 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2226  benzoate transporter  44.9 
 
 
391 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.711061 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1518  benzoate transporter  44.64 
 
 
422 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1612  benzoate transporter  44.64 
 
 
422 aa  307  3e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.795088  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1720  benzoate transporter  46.95 
 
 
392 aa  306  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42070  Benzoate membrane transport protein  44.17 
 
 
406 aa  306  4.0000000000000004e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0295  benzoate transporter  43.78 
 
 
388 aa  300  3e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1369  benzoate transporter  43.78 
 
 
398 aa  299  7e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00588057  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0985  benzoate transporter  43.69 
 
 
413 aa  298  8e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4140  benzoate transporter  43.33 
 
 
411 aa  297  2e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3710  benzoate transporter  42 
 
 
418 aa  296  3e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0186854 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03312  benzoate transporter  55.89 
 
 
332 aa  294  2e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000811175  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5095  benzoate transporter  42.38 
 
 
400 aa  292  9e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.149673  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1555  benzoate transporter  46.45 
 
 
392 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1723  benzoate transporter  46.7 
 
 
392 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.26811  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3246  benzoate transporter  42.64 
 
 
400 aa  291  2e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.334236 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4997  benzoate transporter  41.71 
 
 
402 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5863  benzoate transporter  41.71 
 
 
402 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1736  benzoate transporter  46.45 
 
 
392 aa  289  7e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1981  benzoate transporter  46.49 
 
 
388 aa  288  1e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.646856 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1567  benzoate transporter  43.63 
 
 
404 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.963654 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4316  benzoate transporter  41.34 
 
 
400 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.860854  hitchhiker  0.000181126 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3137  benzoate transporter  44 
 
 
410 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2303  benzoate transporter  44 
 
 
421 aa  282  9e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2976  benzoate membrane transport protein  43.41 
 
 
440 aa  280  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5243  benzoate transporter  43.23 
 
 
398 aa  280  4e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456093  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1783  benzoate transporter  40.16 
 
 
398 aa  277  2e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.01116 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5351  benzoate membrane transport protein  43.15 
 
 
405 aa  277  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1144  benzoate membrane transport protein  42.86 
 
 
408 aa  272  8.000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3707  benzoate transporter  41.84 
 
 
404 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2035  benzoate transporter  41.84 
 
 
404 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1263  benzoate transporter  38.94 
 
 
409 aa  265  1e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2960  benzoate membrane transport protein  41.71 
 
 
399 aa  261  2e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1556  benzoate transport protein  41.62 
 
 
387 aa  256  4e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2548  benzoate transporter  42.67 
 
 
399 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2702  benzoate transporter  42.29 
 
 
399 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.796248  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3167  benzoate transporter  42.67 
 
 
423 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.267314  normal  0.62461 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2682  benzoate transporter  43.47 
 
 
405 aa  249  5e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2805  benzoate transporter  42.46 
 
 
399 aa  237  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0218631 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03444  benzoate transport protein  39.95 
 
 
396 aa  235  9e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2262  benzoate transporter  41.77 
 
 
410 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.534042 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>