72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0305 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0305  hypothetical protein  100 
 
 		 101 aa  204  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0886  hypothetical protein  82.42 
 
 		 101 aa  160  7e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0755  hypothetical protein  69.31 
 
 		 107 aa  147  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3944  hypothetical protein  73.91 
 
 		 112 aa  138  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.260668  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6499  hypothetical protein  60.64 
 
 		 97 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.563111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5373  hypothetical protein  64.44 
 
 		 114 aa  122  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.220109 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3538  hypothetical protein  65.56 
 
 		 114 aa  122  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3632  hypothetical protein  65.88 
 
 		 115 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.315693 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4731  hypothetical protein  65.88 
 
 		 116 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.428558  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3208  hypothetical protein  58.62 
 
 		 96 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2332  hypothetical protein  62.07 
 
 		 96 aa  116  9e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0376166  normal  0.710441 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5061  hypothetical protein  56.19 
 
 		 115 aa  115  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.29675 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6627  hypothetical protein  59.09 
 
 		 112 aa  114  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.511531  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2521  hypothetical protein  60.92 
 
 		 96 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.980113  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4428  hypothetical protein  61.18 
 
 		 128 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.121041  normal  0.609909 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1499  putative NAD(FAD)-dependent dehydrogenase  60 
 
 		 104 aa  106  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.335982  normal  0.0119283 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0779  hypothetical protein  55.29 
 
 		 103 aa  105  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.474685 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6086  putative NAD(FAD)-dependent dehydrogenase  58.82 
 
 		 104 aa  104  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.825562 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0253  hypothetical protein  54.12 
 
 		 103 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3638  hypothetical protein  54.02 
 
 		 115 aa  99.8  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0468705  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0050  hypothetical protein  54.12 
 
 		 108 aa  98.2  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0153  hypothetical protein  52.94 
 
 		 103 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2941  hypothetical protein  52.87 
 
 		 102 aa  96.7  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6587  putative NAD(FAD)-dependent dehydrogenase  52.94 
 
 		 106 aa  95.1  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.29085 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4436  hypothetical protein  51.16 
 
 		 102 aa  92.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000038  hypothetical protein  35.23 
 
 		 99 aa  60.5  0.000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2710  hypothetical protein  41.77 
 
 		 97 aa  60.5  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.678347  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2563  sarcosine oxidase, alpha subunit  29.29 
 
 		 110 aa  57  0.00000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8314  uncharacterized NAD(FAD)-dependent dehydrogenase  32.98 
 
 		 98 aa  56.2  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2889  putative sarcosine oxidase, alpha subunit  29.29 
 
 		 110 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.36789  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1832  SoxA protein  35.63 
 
 		 98 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.537733 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2598  sarcosine oxidase, alpha subunit  29.29 
 
 		 110 aa  55.8  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2844  putative sarcosine oxidase, alpha subunit  29.29 
 
 		 110 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000266999 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2647  sarcosine oxidase subunit alpha, N-terminal  29.29 
 
 		 110 aa  55.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0375869  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2641  sarcosine oxidase, alpha subunit  30.3 
 
 		 110 aa  55.1  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00222021  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2850  sarcosine oxidase alpha subunit  29.29 
 
 		 110 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00413596  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36330  hydrogen cyanide synthase HcnA  36.36 
 
 		 104 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.533947 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3516  ferredoxin  32.63 
 
 		 108 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0641626  normal  0.579773 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0690  hypothetical protein  38.27 
 
 		 107 aa  53.5  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0780442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2443  sarcosine oxidase alpha subunit  28.28 
 
 		 110 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0360142  normal  0.998563 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3103  hydrogen cyanide synthase HcnA  35.23 
 
 		 104 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0827146  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5918  hypothetical protein  37.18 
 
 		 95 aa  52  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.0000277826  normal  0.0333521 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0205  hypothetical protein  36.71 
 
 		 108 aa  51.2  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.260069  normal  0.512826 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4342  putative sarcosine oxidase alpha subunit  31.76 
 
 		 98 aa  49.7  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320277  normal  0.580736 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1932  putative sarcosine oxidase alpha subunit  32.58 
 
 		 99 aa  48.9  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1838  putative sarcosine oxidase alpha subunit  30.85 
 
 		 99 aa  48.9  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.227251  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2065  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  38.96 
 
 		 132 aa  47.4  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4399  putative sarcosine oxidase alpha subunit  30.49 
 
 		 99 aa  47.4  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0721  FAD dependent oxidoreductase  33.72 
 
 		 983 aa  47  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4424  putative sarcosine oxidase alpha subunit  33.78 
 
 		 103 aa  46.6  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.178387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2741  putative sarcosine oxidase alpha subunit  40 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00423187  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0876  putative ferredoxin-containing oxidase  33.33 
 
 		 98 aa  47  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.332826 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6381  hypothetical protein  34.67 
 
 		 107 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6614  hypothetical protein  34.67 
 
 		 107 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0572685 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4375  hypothetical protein  35.87 
 
 		 125 aa  45.1  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4725  FAD dependent oxidoreductase  29.49 
 
 		 85 aa  43.9  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6212  hypothetical protein  34.67 
 
 		 95 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.56865  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5218  hypothetical protein  34.67 
 
 		 82 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0877789  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5701  hypothetical protein  44.19 
 
 		 99 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6065  hypothetical protein  44.19 
 
 		 99 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6534  hypothetical protein  32.88 
 
 		 130 aa  43.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.855278 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1842  ferredoxin  36.11 
 
 		 84 aa  43.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6549  hypothetical protein  31.52 
 
 		 99 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851972  normal  0.34224 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1892  hypothetical protein  41.67 
 
 		 126 aa  42.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00275007  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4562  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  31.58 
 
 		 591 aa  42.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0998615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6007  hypothetical protein  34.21 
 
 		 113 aa  42.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00459941  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4935  hypothetical protein  29.55 
 
 		 104 aa  41.6  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.254281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0938  hypothetical protein  31.58 
 
 		 469 aa  41.6  0.004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.903873  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4124  hypothetical protein  32.89 
 
 		 78 aa  41.2  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00126127  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2707  hypothetical protein  35.21 
 
 		 123 aa  40.8  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.861787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4669  ferredoxin  33.33 
 
 		 90 aa  40.8  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.646461  normal  0.942381 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0972  sarcosine oxidase, alpha subunit  27.84 
 
 		 103 aa  40.8  0.007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000186283  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>