53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0180 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0180  protein of unknown function DUF1185  100 
 
 
213 aa  427  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4066  hypothetical protein  83.1 
 
 
213 aa  354  3.9999999999999996e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00119297  normal  0.232767 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0855  hypothetical protein  66.82 
 
 
223 aa  286  1e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4325  protein of unknown function DUF1185  67.61 
 
 
196 aa  264  5.999999999999999e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.532972  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0656  hypothetical protein  67.61 
 
 
196 aa  263  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1072  protein of unknown function DUF1185  55.4 
 
 
192 aa  224  8e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.573144  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2104  hypothetical protein  53.52 
 
 
192 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.707478  decreased coverage  0.00974706 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1665  hypothetical protein  57.08 
 
 
194 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.144766  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4213  hypothetical protein  57.08 
 
 
194 aa  211  3.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.199933 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3662  hypothetical protein  49.52 
 
 
194 aa  188  5e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal  0.0552159 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5715  protein of unknown function DUF1185  45.54 
 
 
192 aa  163  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2129  hypothetical protein  41.78 
 
 
193 aa  150  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.613913  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1430  hypothetical protein  39.91 
 
 
193 aa  140  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2145  protein of unknown function DUF1185  36.15 
 
 
194 aa  128  8.000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2427  hypothetical protein  37.91 
 
 
194 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.383931  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0856  hypothetical protein  40.09 
 
 
194 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1664  hypothetical protein  36.02 
 
 
194 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.346529  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0181  protein of unknown function DUF1185  35.85 
 
 
194 aa  116  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.885926  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0657  hypothetical protein  36.15 
 
 
194 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452265  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4326  protein of unknown function DUF1185  36.15 
 
 
194 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.136074  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4065  hypothetical protein  38.21 
 
 
194 aa  112  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00340638  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4214  hypothetical protein  36.97 
 
 
194 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.125119 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6489  hypothetical protein  34.6 
 
 
201 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6724  hypothetical protein  34.6 
 
 
201 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.855191  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2527  protein of unknown function DUF1185  34.5 
 
 
182 aa  101  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1060  protein of unknown function DUF1185  34.74 
 
 
194 aa  94.7  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.13092  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3231  hypothetical protein  30.05 
 
 
196 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675483  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2086  hypothetical protein  29.7 
 
 
198 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.234769  normal  0.411891 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0369  hypothetical protein  32.16 
 
 
184 aa  83.2  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.555873  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2264  hypothetical protein  29.7 
 
 
198 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.966939  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2259  hypothetical protein  29.7 
 
 
198 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.128222  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3814  hypothetical protein  36.14 
 
 
181 aa  82.8  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.249604  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2287  hypothetical protein  33.17 
 
 
196 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0119695 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2409  hypothetical protein  28.57 
 
 
196 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.408733  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4153  hypothetical protein  31.16 
 
 
199 aa  79  0.00000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.428897 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3437  hypothetical protein  28.5 
 
 
196 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.503031  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2480  hypothetical protein  29.41 
 
 
199 aa  76.6  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2675  hypothetical protein  27.59 
 
 
196 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0368454  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6255  hypothetical protein  32.34 
 
 
200 aa  73.2  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  0.147576 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6550  protein of unknown function DUF1185  32.34 
 
 
200 aa  72.8  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0260848  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2217  peptide synthase  31.34 
 
 
195 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0532152  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1966  hypothetical protein  30.5 
 
 
197 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0987839  normal  0.289885 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4326  hypothetical protein  30.2 
 
 
201 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560222  normal  0.0725647 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6119  hypothetical protein  31.16 
 
 
200 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.205354  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0082  protein of unknown function DUF1185  30.5 
 
 
221 aa  69.3  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6083  hypothetical protein  32.34 
 
 
200 aa  68.2  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5583  protein of unknown function DUF1185  30.85 
 
 
200 aa  67.8  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.565377  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2521  hypothetical protein  30.5 
 
 
196 aa  68.2  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0152  protein of unknown function DUF1185  31.82 
 
 
181 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0437  hypothetical protein  29.21 
 
 
181 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.480916  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0083  protein of unknown function DUF1185  30.54 
 
 
183 aa  62.8  0.000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4259  hypothetical protein  28.79 
 
 
181 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090692  hitchhiker  0.000156871 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5502  protein of unknown function DUF1185  28.44 
 
 
200 aa  55.8  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00106646 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>