More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I3209t on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_R0026  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000028925  normal  0.89976 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3181t  tRNA-Asp  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.162425  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2258  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.0012215  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2259  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00453346  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2260  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00104987  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2261  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000972867  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2262  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0143888  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0026  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.472437 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0027  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000271545  normal  0.890927 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0025  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000839406  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0024  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000320512  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0067  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.198137 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0044  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0294288  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0027  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0290112  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0061  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0045  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115238  normal  0.0333455 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0048  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000361323  normal  0.0154574 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0063  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.748951  normal  0.206184 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0032  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.167731 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna036  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3140t  tRNA-Asp  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.575173  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna083  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0028  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000281515  normal  0.867908 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna153  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.908141  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3185t  tRNA-Asp  100 
 
 
75 bp  147  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.643371  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0064  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.360128 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0042  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000507757  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0069  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.197557 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0018  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.130391  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0024  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.603118 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1638  tRNA-Asp  100 
 
 
79 bp  147  4.0000000000000006e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.27117e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0033  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00294009  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3115t  tRNA-Asp  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3209t  tRNA-Asp  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna047  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna092  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00954966  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna061  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0024  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0281562  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0505  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00547208  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04530  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000141295  normal  0.307347 
 
 
-
 
NC_003295  RS04532  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000147754  normal  0.326987 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0023  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.700575  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0046  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.364984  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0021  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0325051  normal  0.108203 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0017  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0432002  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0025  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000547625  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0028  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000186167  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0038  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.574609  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0020  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252026  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0030  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0040  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.291088  normal  0.300021 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0043  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000193978  normal  0.0518399 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0048  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.00000000000611669  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0020  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.015357  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0039  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0012  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0042  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0051  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.942315 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0043  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.555822  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0049  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.529463  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0019  tRNA-Asp  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0571821  normal  0.107747 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0108  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00436109  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0004  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0016  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0392662 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00473  tRNA-Asp  97.3 
 
 
74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03716  tRNA-Asp  97.3 
 
 
74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t001  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0126  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000166381  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt20  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt20  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0128  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000146033  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0008  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0047  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000429092  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0127  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000164688  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0050  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000259699  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00246  tRNA-Asp  97.3 
 
 
74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0100  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000567752  hitchhiker  0.00319693 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0004  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.660889  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00373  tRNA-Asp  97.3 
 
 
74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03609  tRNA-Asp  97.3 
 
 
74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0066  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000109987  hitchhiker  0.00000103719 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01014  tRNA-Asp  97.3 
 
 
74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0041  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109501  normal  0.0527209 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0159  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00117614  hitchhiker  0.0000000316845 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0119  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0531426 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0046  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000017154  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0019  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000111576 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0104  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103964  normal  0.0748014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0004  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.253522  hitchhiker  0.00233636 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0103  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000505774  normal  0.231295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0104  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000485826  normal  0.231295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0138  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0047  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000477067  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0082  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000638289  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0083  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116842  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0130  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.511088  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0049  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.256681  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0052  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000247942  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0018  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0126  tRNA-Asp  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>