162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I3170t on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I3170t  tRNA-Cys  100 
 
 		 71 bp  141  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0586308  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05684  tRNA-Cys  97.18 
 
 		 71 bp  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna001  tRNA-Cys  95.77 
 
 		 74 bp  117  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.307484  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna119  tRNA-Cys  95.77 
 
 		 74 bp  117  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000033796  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna004  tRNA-Cys  95.77 
 
 		 74 bp  117  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.002755  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna006  tRNA-Cys  95.77 
 
 		 74 bp  117  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.248027  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02745  tRNA-Cys  95.77 
 
 		 71 bp  117  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05678  tRNA-Cys  95.77 
 
 		 71 bp  117  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05683  tRNA-Cys  95.77 
 
 		 71 bp  117  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05672  tRNA-Cys  94.37 
 
 		 71 bp  109  8.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0242  tRNA-Cys  91.55 
 
 		 71 bp  93.7  5e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0693  tRNA-Cys  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0702  tRNA-Cys  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.109988  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0836  tRNA-Cys  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.20631e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3176t  tRNA-Cys  92.31 
 
 		 71 bp  89.7  8e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000794009  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0021  tRNA-Cys  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000191059  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0038  tRNA-Cys  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0035  tRNA-Cys  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0049  tRNA-Cys  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0852361  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60570  tRNA-Cys  94.44 
 
 		 71 bp  83.8  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109168  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0041  tRNA-Cys  94.44 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.283149  normal  0.794533 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0040  tRNA-Cys  94.44 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101122 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0030  tRNA-Cys  94.44 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3267  tRNA-Cys  94.34 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0037  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0038  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.206737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0022  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0186532 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0015  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2056  tRNA-Cys  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000925021  hitchhiker  0.000585084 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0073  tRNA-Cys  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000369177  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4237  tRNA-Cys  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.48815e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0031  tRNA-Cys  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0071  tRNA-Cys  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00981637  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0033  tRNA-Cys  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.109964  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0031  tRNA-Cys  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000180821  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0044  tRNA-Cys  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0285317  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6040  tRNA-Cys  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0030  tRNA-Cys  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0043  tRNA-Cys  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00614253  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30720  tRNA-Cys  92.31 
 
 		 71 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.100485  hitchhiker  0.00000662167 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0044  tRNA-Cys  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.583033  normal  0.0240701 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2631  tRNA-Cys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106712  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0044  tRNA-Cys  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.373232 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0054  tRNA-Cys  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.762647 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.924194  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0036  tRNA-Cys  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2286  hypothetical protein  90.74 
 
 		 462 bp  67.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00240664  hitchhiker  0.00043215 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0038  tRNA-Cys  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0112511  hitchhiker  0.000384671 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0045  tRNA-Cys  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0596059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0028  tRNA-Cys  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0065  tRNA-Cys  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000190442  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt35  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt35  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0020  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.26604  normal  0.28588 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna22  tRNA-Cys  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04005  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000662406  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t37  tRNA-Cys  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0453949  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA44  tRNA-Cys  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0803701  normal  0.198135 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0060  tRNA-Cys  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0916033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0021  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R49  tRNA-Cys  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334136 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0026  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.285214  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0037  tRNA-Cys  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.659023  normal  0.593785 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0012  tRNA-Cys  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.245718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0068  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.505859  hitchhiker  0.00111076 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0009  tRNA-Cys  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705692  normal  0.0935108 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0001  tRNA-Cys  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0012  tRNA-Cys  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0384692  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t59  tRNA-Cys  89.58 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.23444  normal  0.0400691 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt05  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t034  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0057  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.118539  normal  0.121245 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4322  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.990872  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0096  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00280984  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0056  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.432315  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0053  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.046905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0032  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.392433  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tCys01  tRNA-Cys  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0083  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000521603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0093  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000115835  hitchhiker  0.00000126474 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0083  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000198028  normal  0.283647 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0097  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00055295  hitchhiker  0.00188437 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0090  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00230411  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0080  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000246163  normal  0.0500468 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0090  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal  0.0212765 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0050  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.313439 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0062  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000588832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0068  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000602799  normal  0.450807 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0049  tRNA-Cys  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.650084 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0073  tRNA-Cys  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.091827  normal  0.542101 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0103  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00197165  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0070  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000013606  normal  0.202636 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0050  tRNA-Cys  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.458136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0060  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000314996  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0068  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000111443  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0063  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0034  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0078  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0197112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0087  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0090  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>