33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_p08210 on replicon NC_009777
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009777  VIBHAR_p08210  conjugal transfer protein TraA  100 
 
 
316 aa  637    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0006  conjugal transfer protein  31.35 
 
 
333 aa  136  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.623118 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0038  putative conjugal transfer protein  30.21 
 
 
350 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5024  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  28.76 
 
 
327 aa  72.4  0.000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.001184  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7531  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  28.69 
 
 
304 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0782422  normal  0.0598355 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4559  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  25.31 
 
 
345 aa  63.2  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.901253  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5818  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  25.69 
 
 
350 aa  61.6  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5083  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  29.28 
 
 
310 aa  57  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0680  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  25.27 
 
 
304 aa  56.6  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6210  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  24.53 
 
 
357 aa  55.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.427299  normal  0.125195 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1140  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  27.78 
 
 
291 aa  53.9  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4343  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  27.1 
 
 
298 aa  52.8  0.000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6401  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  26.3 
 
 
342 aa  52.4  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0176  hypothetical protein  28.65 
 
 
1562 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4373  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  29.22 
 
 
298 aa  50.1  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.803128 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0252  Type IV secretory pathway AvhB6 protein  27.06 
 
 
328 aa  50.1  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0855  hypothetical protein  25 
 
 
992 aa  50.1  0.00005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1168  hypothetical protein  23.89 
 
 
985 aa  48.1  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6328  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  22.78 
 
 
365 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2654  putative type IV secretion system protein VirB6/TraH  25.91 
 
 
389 aa  47.8  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.254116  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0058  type IV secretion system protein VirB6  21.97 
 
 
347 aa  46.2  0.0006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0498  VirB6 family type IV secretion system protein  29.89 
 
 
1468 aa  46.6  0.0006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0530  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  30.43 
 
 
1444 aa  46.6  0.0006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0064  type IV secretion system protein VirB6  21.97 
 
 
347 aa  46.2  0.0006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.375866  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5005  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  27.52 
 
 
314 aa  46.2  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0328089  normal  0.438653 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1757  putative type IV secretion system protein VirB6  25.6 
 
 
384 aa  46.2  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.281645 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0449  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  22.41 
 
 
379 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0124171  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2658  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  22.77 
 
 
303 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0260661  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9816  type IV secretion protein AvhB6  24.61 
 
 
342 aa  43.9  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6503  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  28 
 
 
386 aa  43.1  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3316  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  27.38 
 
 
383 aa  43.1  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4850  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  27.38 
 
 
383 aa  43.1  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3985  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  23.87 
 
 
358 aa  42.7  0.008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.257562  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>