More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002327 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_002327  shikimate kinase I  100 
 
 		 143 aa  285  1e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000118825  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  97.9 
 
 		 172 aa  280  3.0000000000000004e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  90.91 
 
 		 174 aa  266  5e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  88.11 
 
 		 172 aa  254  2e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  81.69 
 
 		 173 aa  233  7e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  81.69 
 
 		 173 aa  232  1.0000000000000001e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  81.69 
 
 		 173 aa  232  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  81.69 
 
 		 173 aa  232  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  80.99 
 
 		 173 aa  231  3e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  79.58 
 
 		 225 aa  230  6e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  79.58 
 
 		 225 aa  229  7.000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  79.58 
 
 		 225 aa  229  7.000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  80.28 
 
 		 173 aa  229  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  80.28 
 
 		 173 aa  229  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  80.28 
 
 		 173 aa  229  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  80.28 
 
 		 173 aa  229  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  80.28 
 
 		 173 aa  229  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  80.28 
 
 		 173 aa  229  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  79.58 
 
 		 173 aa  228  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  79.58 
 
 		 173 aa  228  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  79.58 
 
 		 173 aa  228  2e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  79.58 
 
 		 173 aa  228  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  79.58 
 
 		 173 aa  228  2e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  79.58 
 
 		 173 aa  228  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  75.71 
 
 		 171 aa  221  3e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  75.71 
 
 		 171 aa  221  3e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  75 
 
 		 171 aa  220  4e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  75 
 
 		 171 aa  220  4e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  75.71 
 
 		 171 aa  220  4e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  75.71 
 
 		 171 aa  220  4e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  75 
 
 		 171 aa  220  4e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  75 
 
 		 171 aa  220  4e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  75 
 
 		 171 aa  220  4.9999999999999996e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  75.71 
 
 		 171 aa  220  7e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  74.29 
 
 		 171 aa  219  8e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  75.71 
 
 		 171 aa  218  3e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  73.57 
 
 		 171 aa  215  1e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  74.29 
 
 		 171 aa  215  1e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  74.29 
 
 		 171 aa  215  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  74.29 
 
 		 171 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  73.94 
 
 		 173 aa  212  9.999999999999999e-55  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  69.72 
 
 		 171 aa  209  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  68.31 
 
 		 163 aa  206  8e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  69.29 
 
 		 171 aa  206  1e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0260  Shikimate kinase  80.28 
 
 		 189 aa  206  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0179047  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0338  Shikimate kinase  79.58 
 
 		 189 aa  206  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  71.13 
 
 		 172 aa  205  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  66.67 
 
 		 171 aa  204  3e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  58.57 
 
 		 175 aa  173  9e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  58.57 
 
 		 175 aa  173  9e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  54.23 
 
 		 163 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  53.52 
 
 		 174 aa  161  3e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  54.61 
 
 		 177 aa  160  4.0000000000000004e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  52.11 
 
 		 179 aa  156  1e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  52.86 
 
 		 169 aa  153  9e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  53.52 
 
 		 179 aa  153  9e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  52.55 
 
 		 180 aa  152  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  55.8 
 
 		 190 aa  152  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  50 
 
 		 186 aa  151  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  50.71 
 
 		 172 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  50.72 
 
 		 186 aa  150  4e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  50.71 
 
 		 172 aa  149  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  50.7 
 
 		 172 aa  149  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  50.35 
 
 		 172 aa  149  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  50 
 
 		 172 aa  148  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  47.18 
 
 		 180 aa  144  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  50 
 
 		 190 aa  142  1e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  48.57 
 
 		 172 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  47.86 
 
 		 163 aa  141  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  48.57 
 
 		 172 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  48.57 
 
 		 163 aa  141  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  48.59 
 
 		 172 aa  141  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  51.49 
 
 		 170 aa  138  3e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  51.08 
 
 		 183 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  49.64 
 
 		 184 aa  137  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  49.64 
 
 		 169 aa  137  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  48.92 
 
 		 199 aa  135  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  48.92 
 
 		 209 aa  135  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  48.92 
 
 		 177 aa  135  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  48.92 
 
 		 177 aa  135  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  49.64 
 
 		 183 aa  135  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  48.92 
 
 		 184 aa  135  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  50.36 
 
 		 184 aa  135  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  48.92 
 
 		 177 aa  135  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  48.92 
 
 		 177 aa  135  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0295  shikimate kinase  49.64 
 
 		 162 aa  135  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  48.92 
 
 		 177 aa  135  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  49.64 
 
 		 169 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  53.17 
 
 		 183 aa  134  6.0000000000000005e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  49.64 
 
 		 183 aa  133  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  48.23 
 
 		 167 aa  132  9.999999999999999e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  48.92 
 
 		 169 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  48.92 
 
 		 184 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  48.2 
 
 		 192 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  47.1 
 
 		 182 aa  130  9e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  47.48 
 
 		 229 aa  128  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  52.17 
 
 		 196 aa  129  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2097  shikimate kinase  46.72 
 
 		 179 aa  129  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0124  shikimate kinase  46.72 
 
 		 179 aa  129  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.529652  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  44.68 
 
 		 190 aa  127  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>