37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002159 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00255  RNA binding protein  98.28 
 
 		 226 aa  122  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002159  RNA-binding protein  100 
 
 		 58 aa  119  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000764217  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2340  RNA-binding protein  75.86 
 
 		 152 aa  87.8  4e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000791168  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2883  putative RNA binding protein  63.79 
 
 		 161 aa  76.6  0.00000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000182039  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4015  RNA-binding region RNP-1  65.22 
 
 		 151 aa  64.3  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000301969  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0637  RNP-1 like RNA-binding protein  67.39 
 
 		 160 aa  60.5  0.000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  66.67 
 
 		 160 aa  60.1  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  48.28 
 
 		 155 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000106713  hitchhiker  0.0000013394 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  59.52 
 
 		 152 aa  56.6  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  48.28 
 
 		 156 aa  55.1  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000908664  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0166  RNP-1 like RNA-binding protein  57.14 
 
 		 151 aa  55.1  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000221523  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  54.76 
 
 		 147 aa  53.5  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000340315  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0180  RNP-1 like RNA-binding protein  54.76 
 
 		 154 aa  52.4  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000725181  normal  0.749946 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0175  RNP-1 like RNA-binding protein  54.76 
 
 		 154 aa  52.4  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000046912  hitchhiker  0.00946838 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0181  RNP-1-like RNA-binding protein  54.76 
 
 		 154 aa  52  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000814275  normal  0.581259 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3508  RNP-1 like RNA-binding protein  52.38 
 
 		 153 aa  52  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482673  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0178  RNP-1 like RNA-binding protein  52.38 
 
 		 154 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000203464  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4074  RNP-1 like RNA-binding protein  52.38 
 
 		 154 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000591995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0182  RNP-1 like RNA-binding protein  52.38 
 
 		 154 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000432928  hitchhiker  0.00837192 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03577  RNA-binding protein  48.98 
 
 		 154 aa  51.6  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000014599  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4176  RNP-1 like RNA-binding protein  52.38 
 
 		 154 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000433028  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0208  RNA-binding protein  54.76 
 
 		 154 aa  52  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0195  RNA-binding protein  52.38 
 
 		 151 aa  51.6  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237988  normal  0.0118199 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  52.38 
 
 		 149 aa  51.6  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540695  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_12693  predicted protein  45.65 
 
 		 151 aa  44.7  0.0004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.689101  normal  0.262863 
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  47.83 
 
 		 182 aa  45.1  0.0004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  48 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_34381  predicted protein  42.59 
 
 		 319 aa  42.7  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.693095  normal  0.168449 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  44.23 
 
 		 90 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  48 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  42.59 
 
 		 116 aa  42.4  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  48.78 
 
 		 87 aa  41.6  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  52.5 
 
 		 104 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  48.21 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  48.21 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  47.62 
 
 		 90 aa  40.4  0.008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 		 96 aa  40.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239557 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>