More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2772 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2772  30S ribosomal protein S7  100 
 
 
156 aa  314  3e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000143156  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00056  30S ribosomal protein S7  96.15 
 
 
156 aa  307  2.9999999999999997e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002298  SSU ribosomal protein S7p (S5e)  96.15 
 
 
156 aa  307  4e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000149814  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0311  30S ribosomal protein S7  92.31 
 
 
156 aa  296  7e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00398327  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3829  30S ribosomal protein S7  88.46 
 
 
156 aa  283  5e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000524662  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0399  30S ribosomal protein S7  87.82 
 
 
156 aa  283  5e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000050235  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0180  30S ribosomal protein S7  85.9 
 
 
156 aa  283  5.999999999999999e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000536383  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0601  30S ribosomal protein S7  85.9 
 
 
156 aa  282  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00129105  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4550  30S ribosomal protein S7  87.82 
 
 
156 aa  281  2.0000000000000002e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000147875  normal  0.0998132 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4766  30S ribosomal protein S7  86.54 
 
 
156 aa  281  3.0000000000000004e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.256339  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4008  30S ribosomal protein S7  87.82 
 
 
156 aa  281  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000190048  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3920  30S ribosomal protein S7  87.82 
 
 
156 aa  280  6.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000046544  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3677  30S ribosomal protein S7  87.82 
 
 
156 aa  280  6.000000000000001e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000012423  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0276  30S ribosomal protein S7  87.82 
 
 
156 aa  280  6.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000211572  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0372  ribosomal protein S7  87.18 
 
 
179 aa  280  7.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000181403  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0154  30S ribosomal protein S7  85.26 
 
 
156 aa  279  8.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00529705  decreased coverage  0.0000385897 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4694  30S ribosomal protein S7  84.62 
 
 
156 aa  280  8.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00127766  unclonable  0.0000000319623 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03192  30S ribosomal protein S7  87.18 
 
 
156 aa  278  1e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000237344  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3815  30S ribosomal protein S7  87.18 
 
 
156 aa  278  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00401885  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3810  30S ribosomal protein S7  87.18 
 
 
156 aa  278  1e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103043  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4650  30S ribosomal protein S7  87.18 
 
 
156 aa  278  1e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000326428  normal  0.0163007 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3537  30S ribosomal protein S7  87.18 
 
 
156 aa  278  1e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.2775e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3622  30S ribosomal protein S7  87.18 
 
 
156 aa  278  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000085728  hitchhiker  0.000566126 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3643  30S ribosomal protein S7  87.18 
 
 
156 aa  278  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000228448  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3715  30S ribosomal protein S7  87.18 
 
 
156 aa  278  1e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000221434  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0372  30S ribosomal protein S7  87.18 
 
 
156 aa  278  1e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000127849  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3644  30S ribosomal protein S7  87.18 
 
 
156 aa  278  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000182494  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0227  30S ribosomal protein S7  84.62 
 
 
156 aa  278  2e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00699  30S ribosomal protein S7  84.62 
 
 
156 aa  278  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000258418  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0195  30S ribosomal protein S7  84.62 
 
 
156 aa  278  2e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0296111  hitchhiker  0.00000562021 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0190  30S ribosomal protein S7  84.62 
 
 
156 aa  278  2e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0202713  decreased coverage  0.000349844 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0195  30S ribosomal protein S7  85.26 
 
 
156 aa  278  2e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0242327  hitchhiker  0.000000200344 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0209  30S ribosomal protein S7  84.62 
 
 
156 aa  278  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000277948  unclonable  0.00000838241 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3717  30S ribosomal protein S7  86.54 
 
 
156 aa  277  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal  0.0799538 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0144  30S ribosomal protein S7  83.97 
 
 
156 aa  277  3e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000170326  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3752  30S ribosomal protein S7  86.54 
 
 
156 aa  277  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00237003  normal  0.0489847 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0317  30S ribosomal protein S7  86.54 
 
 
156 aa  277  5e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000114768  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4321  30S ribosomal protein S7  83.33 
 
 
156 aa  276  6e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00151135  unclonable  0.0000000000975416 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3763  30S ribosomal protein S7  83.97 
 
 
156 aa  276  6e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000673821  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0196  30S ribosomal protein S7  83.97 
 
 
156 aa  276  7e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00224175  hitchhiker  0.00012084 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4060  30S ribosomal protein S7  83.97 
 
 
156 aa  276  7e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00273725  hitchhiker  0.00000107053 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0192  30S ribosomal protein S7  83.97 
 
 
156 aa  276  7e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0139894  n/a   
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4466  30S ribosomal protein S7  83.97 
 
 
156 aa  276  7e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0166  30S ribosomal protein S7  83.97 
 
 
156 aa  276  1e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000261088  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3758  30S ribosomal protein S7  85.26 
 
 
156 aa  272  1.0000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000681403  hitchhiker  0.00363811 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3439  30S ribosomal protein S7  82.05 
 
 
156 aa  264  4e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000192356  decreased coverage  0.0000249886 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1646  30S ribosomal protein S7  80.13 
 
 
156 aa  258  3e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000714502  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0493  30S ribosomal protein S7  75.64 
 
 
156 aa  248  2e-65  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0927  30S ribosomal protein S7  73.08 
 
 
156 aa  239  1e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000491637  hitchhiker  0.000862524 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0417  30S ribosomal protein S7  73.08 
 
 
156 aa  235  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00230825  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4280  30S ribosomal protein S7  72.61 
 
 
157 aa  236  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000700691  unclonable  0.00000000000287747 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0715  30S ribosomal protein S7  72.44 
 
 
156 aa  233  9e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000287313  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2328  30S ribosomal protein S7  72.44 
 
 
156 aa  232  1.0000000000000001e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000157389  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2328  30S ribosomal protein S7  71.15 
 
 
155 aa  230  6e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000186286  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06200  30S ribosomal protein S7  70.51 
 
 
156 aa  228  4e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1862  30S ribosomal protein S7  71.34 
 
 
157 aa  227  4e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032235  normal  0.176384 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0862  30S ribosomal protein S7  70.51 
 
 
155 aa  227  5e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.618723  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0450  30S ribosomal protein S7  71.15 
 
 
156 aa  226  8e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0295757  unclonable  0.000000315052 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0483  30S ribosomal protein S7  71.15 
 
 
156 aa  226  8e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0139239  normal  0.0328546 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3913  30S ribosomal protein S7  71.15 
 
 
156 aa  226  8e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.240756  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0480  30S ribosomal protein S7  71.15 
 
 
156 aa  226  8e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.037317  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4753  30S ribosomal protein S7  71.15 
 
 
156 aa  226  8e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00430296  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0493  30S ribosomal protein S7  69.23 
 
 
156 aa  226  9e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00259026  hitchhiker  0.0000000489129 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0323  30S ribosomal protein S7  69.23 
 
 
156 aa  226  9e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.111049  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5083  30S ribosomal protein S7  71.97 
 
 
157 aa  226  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000594669  normal  0.504343 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0697  30S ribosomal protein S7  69.23 
 
 
156 aa  225  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.92672e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0454  30S ribosomal protein S7  69.23 
 
 
156 aa  224  3e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0275  30S ribosomal protein S7  67.31 
 
 
156 aa  224  4e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000213948  unclonable  0.0000000969286 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0763  30S ribosomal protein S7  69.23 
 
 
156 aa  223  6e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.438706  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0833  30S ribosomal protein S7  70.51 
 
 
156 aa  223  6e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.628851  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08810  30S ribosomal protein S7  70.51 
 
 
156 aa  223  6e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.517353  normal  0.0114228 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0622  ribosomal protein S7  69.23 
 
 
156 aa  222  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0341393  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4552  30S ribosomal protein S7  69.23 
 
 
156 aa  222  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.881982  normal  0.0692383 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0401  30S ribosomal protein S7  68.59 
 
 
156 aa  221  2e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000162716  normal  0.0793455 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2173  ribosomal protein S7  69.23 
 
 
155 aa  221  4e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.147945  normal  0.690329 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0319  ribosomal protein S7  68.79 
 
 
156 aa  220  4.9999999999999996e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000298761  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3342  30S ribosomal protein S7  67.31 
 
 
156 aa  220  6e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00383081  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0315  30S ribosomal protein S7  69.23 
 
 
156 aa  219  9e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  9.99875e-22  hitchhiker  0.000536681 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1908  30S ribosomal protein S7  65.38 
 
 
156 aa  219  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.049372 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2015  30S ribosomal protein S7  67.31 
 
 
156 aa  219  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2186  30S ribosomal protein S7  68.15 
 
 
157 aa  219  9.999999999999999e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000975548  decreased coverage  0.00846065 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1930  30S ribosomal protein S7  67.31 
 
 
156 aa  219  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1896  30S ribosomal protein S7  67.52 
 
 
157 aa  218  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118466  normal  0.346156 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1949  30S ribosomal protein S7  66.67 
 
 
156 aa  218  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.740845  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0046  30S ribosomal protein S7  67.31 
 
 
156 aa  217  3.9999999999999997e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000296735  hitchhiker  6.48919e-23 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2376  30S ribosomal protein S7  70.34 
 
 
156 aa  216  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000622465  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0049  30S ribosomal protein S7  66.67 
 
 
156 aa  216  1e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000574292  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0291  30S ribosomal protein S7  66.88 
 
 
157 aa  214  5e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000126021  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1245  30S ribosomal protein S7  64.74 
 
 
156 aa  213  5.9999999999999996e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.671959  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1552  30S ribosomal protein S7  64.74 
 
 
156 aa  213  5.9999999999999996e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00138461  normal  0.948328 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1769  30S ribosomal protein S7  62.18 
 
 
156 aa  213  5.9999999999999996e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0798978  normal  0.63189 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3326  30S ribosomal protein S7  66.67 
 
 
156 aa  213  8e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0390  30S ribosomal protein S7  62.64 
 
 
175 aa  212  9.999999999999999e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0365  30S ribosomal protein S7  62.64 
 
 
175 aa  212  9.999999999999999e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3184  30S ribosomal protein S7  65.38 
 
 
156 aa  211  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0610715  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2954  30S ribosomal protein S7  65.38 
 
 
156 aa  211  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0404513  hitchhiker  0.000060996 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3301  30S ribosomal protein S7  65.38 
 
 
156 aa  211  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00000779893  hitchhiker  0.00480124 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3862  30S ribosomal protein S7  64.1 
 
 
156 aa  211  2.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1357  30S ribosomal protein S7  64.1 
 
 
156 aa  211  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.216177  normal  0.156849 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2069  ribosomal protein S7  62.18 
 
 
156 aa  211  2.9999999999999995e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000023208  normal  0.630428 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>