More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0623 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0623  hypothetical protein  100 
 
 		 157 aa  332  2e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.114513  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  71.62 
 
 		 319 aa  239  9e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  67.97 
 
 		 319 aa  238  2e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  60.14 
 
 		 315 aa  200  7e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1337  tRNA-dihydrouridine synthase C  53.85 
 
 		 309 aa  166  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2887  tRNA-dihydrouridine synthase C  51.75 
 
 		 314 aa  164  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2808  tRNA-dihydrouridine synthase C  51.75 
 
 		 312 aa  164  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1355  tRNA-dihydrouridine synthase C  51.75 
 
 		 314 aa  164  5.9999999999999996e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.15198  hitchhiker  0.0054814 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2364  tRNA-dihydrouridine synthase C  52.55 
 
 		 331 aa  160  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2320  tRNA-dihydrouridine synthase C  52.55 
 
 		 331 aa  160  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2521  tRNA-dihydrouridine synthase C  52.55 
 
 		 312 aa  160  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2742  tRNA-dihydrouridine synthase C  54.96 
 
 		 310 aa  159  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.212051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2409  tRNA-dihydrouridine synthase C  52.55 
 
 		 312 aa  158  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.021708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2413  tRNA-dihydrouridine synthase C  51.82 
 
 		 312 aa  157  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1533  tRNA-dihydrouridine synthase C  54.96 
 
 		 310 aa  157  6e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2414  dihydrouridine synthase, DuS  48.59 
 
 		 314 aa  155  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2928  tRNA-dihydrouridine synthase C  53.44 
 
 		 310 aa  154  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  52.67 
 
 		 315 aa  154  6e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3266  tRNA-dihydrouridine synthase C  52.67 
 
 		 316 aa  153  7e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0659452 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02069  tRNA-dihydrouridine synthase C  51.91 
 
 		 315 aa  151  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1518  dihydrouridine synthase DuS  51.91 
 
 		 315 aa  151  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1508  tRNA-dihydrouridine synthase C  51.91 
 
 		 315 aa  151  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2274  tRNA-dihydrouridine synthase C  51.91 
 
 		 315 aa  151  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02028  hypothetical protein  51.91 
 
 		 315 aa  151  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  46.9 
 
 		 320 aa  150  4e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  48.91 
 
 		 311 aa  150  5.9999999999999996e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  45.21 
 
 		 319 aa  150  5.9999999999999996e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  48.63 
 
 		 312 aa  150  8e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2429  tRNA-dihydrouridine synthase C  51.15 
 
 		 315 aa  149  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  45.33 
 
 		 315 aa  149  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  45.33 
 
 		 315 aa  149  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  45.95 
 
 		 315 aa  149  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  45.33 
 
 		 315 aa  148  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2697  dihydrouridine synthase DuS  47.18 
 
 		 315 aa  147  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0155722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2622  dihydrouridine synthase DuS  46.48 
 
 		 317 aa  147  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0113547  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2581  dihydrouridine synthase DuS  46.48 
 
 		 317 aa  147  4e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.601403  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1762  dihydrouridine synthase DuS  46.48 
 
 		 317 aa  147  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0181198  normal  0.0110218 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2309  dihydrouridine synthase, DuS  46.48 
 
 		 317 aa  145  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  50.36 
 
 		 310 aa  144  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  46.62 
 
 		 319 aa  143  8.000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  45.77 
 
 		 315 aa  142  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  48.23 
 
 		 308 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1303  NifR3/Smm1 family protein  43.97 
 
 		 322 aa  135  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0734085 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  46.56 
 
 		 309 aa  133  8e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2915  dihydrouridine synthase, DuS  43.36 
 
 		 310 aa  131  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  42.96 
 
 		 309 aa  131  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  34.97 
 
 		 314 aa  116  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  35.21 
 
 		 318 aa  94  6e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  33.78 
 
 		 342 aa  94  8e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  34.33 
 
 		 323 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  33.58 
 
 		 323 aa  92  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  35.77 
 
 		 338 aa  92.4  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  33.8 
 
 		 319 aa  92  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  35.92 
 
 		 344 aa  91.7  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  33.1 
 
 		 319 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  32.84 
 
 		 323 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  35.92 
 
 		 318 aa  89  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34320  tRNA-dihydrouridine synthase C  33.58 
 
 		 326 aa  87.8  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1304  RecR protein  35.07 
 
 		 318 aa  87.8  6e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00113352  normal  0.0322688 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  32.89 
 
 		 319 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1057  dihydrouridine synthase, DuS  33.12 
 
 		 325 aa  85.9  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  32.09 
 
 		 323 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  36.3 
 
 		 319 aa  84.3  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  30.07 
 
 		 329 aa  82  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1912  dihydrouridine synthase DuS  32.21 
 
 		 318 aa  81.3  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.402938  normal  0.0330373 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  31.33 
 
 		 340 aa  80.9  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  30.99 
 
 		 317 aa  80.5  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  32.21 
 
 		 326 aa  80.5  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  31.16 
 
 		 323 aa  80.1  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  32.5 
 
 		 335 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  30.28 
 
 		 321 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  30.26 
 
 		 336 aa  75.9  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  29.25 
 
 		 340 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  32.17 
 
 		 326 aa  75.1  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2307  dihydrouridine synthase, DuS  30.46 
 
 		 340 aa  71.6  0.000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.936931 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2126  dihydrouridine synthase DuS  32.14 
 
 		 339 aa  71.6  0.000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0242432 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.75 
 
 		 357 aa  71.2  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2004  tRNA-dihydrouridine synthase  31.13 
 
 		 350 aa  70.9  0.000000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  29.66 
 
 		 324 aa  70.5  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2324  dihydrouridine synthase, DuS  30.28 
 
 		 323 aa  70.5  0.000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  26.06 
 
 		 350 aa  67.8  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  28.21 
 
 		 351 aa  67  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  25.16 
 
 		 326 aa  67  0.0000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0283  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.49 
 
 		 334 aa  64.7  0.0000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  28.03 
 
 		 334 aa  62.4  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  32.23 
 
 		 340 aa  61.2  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.81 
 
 		 337 aa  60.8  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.94 
 
 		 347 aa  60.5  0.000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3463  dihydrouridine synthase DuS  29.59 
 
 		 324 aa  59.3  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  25 
 
 		 348 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.92 
 
 		 356 aa  58.5  0.00000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  35.44 
 
 		 336 aa  57.8  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  24.68 
 
 		 324 aa  58.2  0.00000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  24.03 
 
 		 333 aa  57.8  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  26.62 
 
 		 389 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  22.88 
 
 		 352 aa  57  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 		 341 aa  57  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  35.62 
 
 		 347 aa  57  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.62 
 
 		 346 aa  56.2  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  26.32 
 
 		 334 aa  55.8  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>