More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0027 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0027  iron-regulated virulence regulatory protein IrgB  100 
 
 		 298 aa  616  1e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0122386  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002469  iron-regulated virulence regulatory protein IrgB  53.69 
 
 		 297 aa  325  6e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.332225  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2679  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 325 aa  237  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3295  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 317 aa  231  1e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0216268  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0935  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 297 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.675021  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  29.59 
 
 		 305 aa  112  9e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0810  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2676  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 323 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 305 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0423  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 305 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  hitchhiker  0.000106922 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 309 aa  105  8e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 303 aa  105  9e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  29.01 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5274  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8248  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.778214  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 313 aa  102  6e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1317  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 301 aa  102  7e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00079533 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 299 aa  102  8e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3934  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 313 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.000018681  normal  0.0208763 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3101  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 303 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2503  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 315 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.464672  normal  0.275989 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3117  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 303 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.396466  normal  0.0204094 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3062  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 303 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3221  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.078712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4936  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.84 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 325 aa  99  8e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2440  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 313 aa  99  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.407075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1900  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000662496  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 335 aa  98.6  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4915  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3033  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 		 303 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0028  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.391462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1542  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 315 aa  97.4  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00182355  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3391  transcriptional regulator, LysR family  23.81 
 
 		 297 aa  97.1  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 304 aa  96.7  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01389  transcriptional regulator  27.96 
 
 		 306 aa  97.1  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4694  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 313 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3669  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 313 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  23.97 
 
 		 297 aa  96.3  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  26.62 
 
 		 302 aa  96.3  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 294 aa  95.9  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 298 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3852  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 313 aa  95.9  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.463671  normal  0.50732 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 313 aa  95.9  8e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 309 aa  95.5  9e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3568  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 301 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000217515  normal  0.28284 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 299 aa  95.1  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1233  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.573429  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 300 aa  93.6  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 302 aa  94  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.42 
 
 		 308 aa  93.2  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3640  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 298 aa  93.6  4e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.101202 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 305 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4752  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 314 aa  93.6  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 304 aa  93.2  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 317 aa  93.6  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 317 aa  93.6  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 310 aa  93.2  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004083  transcriptional regulator  28.2 
 
 		 314 aa  93.2  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 298 aa  93.2  5e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1081  transcriptional regulator AphB  25.84 
 
 		 291 aa  92.8  6e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 313 aa  92.4  7e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3224  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 306 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.00000000148321  normal  0.133263 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 298 aa  92.4  9e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  24.83 
 
 		 309 aa  92  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0468  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 314 aa  92  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.530923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.94 
 
 		 304 aa  92  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  25.44 
 
 		 291 aa  92  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1586  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 303 aa  91.3  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.274123  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  25.77 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 333 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3694  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 316 aa  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.189457  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03790  Transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>