More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0117 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_1357  glycogen branching enzyme  46.64 
 
 		 743 aa  635    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.513069 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03284  glycogen branching enzyme  48.83 
 
 		 728 aa  670    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0237204  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0282  1,4-alpha-glucan branching enzyme  48.83 
 
 		 728 aa  670    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.890555  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0117  glycogen branching enzyme  100 
 
 		 729 aa  1518    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4058  glycogen branching enzyme  50.27 
 
 		 736 aa  708    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3321  1,4-alpha-glucan branching enzyme  49.72 
 
 		 728 aa  683    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3739  glycogen branching enzyme  48.89 
 
 		 728 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0239  glycogen branching enzyme  47.54 
 
 		 775 aa  660    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0137851  normal  0.599627 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1785  glycogen branching enzyme  50.54 
 
 		 736 aa  709    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.146996  normal  0.282857 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3840  glycogen branching enzyme  49.18 
 
 		 728 aa  665    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.933712 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1494  glycogen branching enzyme  47.67 
 
 		 746 aa  652    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2762  1,4-alpha-glucan branching enzyme  49.93 
 
 		 741 aa  693    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.184347  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2936  1,4-alpha-glucan branching enzyme  49.04 
 
 		 721 aa  665    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6323  glycogen branching enzyme  48.1 
 
 		 712 aa  649    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0125562  normal  0.86015 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1049  glycogen branching enzyme  48.2 
 
 		 755 aa  643    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.145385  normal  0.795016 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1168  glycogen branching enzyme  49.57 
 
 		 765 aa  652    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.159491 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2491  glycogen branching enzyme  50 
 
 		 741 aa  688    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00781855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1321  glycogen branching enzyme  46.91 
 
 		 743 aa  641    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.975501  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0582  glycogen branching enzyme  48.61 
 
 		 749 aa  644    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0020  glycogen branching enzyme  44.79 
 
 		 755 aa  643    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.663134  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4229  glycogen branching enzyme  47.9 
 
 		 750 aa  662    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3632  glycogen branching enzyme  48.83 
 
 		 728 aa  670    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3908  glycogen branching enzyme  49.03 
 
 		 728 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.635495 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1207  glycogen branching enzyme  48.6 
 
 		 716 aa  673    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1566  glycogen branching enzyme  46.91 
 
 		 738 aa  644    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1543  glycogen branching enzyme  47.05 
 
 		 738 aa  645    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.408672  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1597  1,4-alpha-glucan branching enzyme  49.39 
 
 		 760 aa  689    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14436 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1737  glycogen branching enzyme  46.91 
 
 		 738 aa  644    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.304043  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0904  glycogen branching enzyme  47.77 
 
 		 749 aa  652    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.294253  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2536  glycogen branching enzyme  50.14 
 
 		 743 aa  681    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.507075 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2448  glycogen branching enzyme  48.84 
 
 		 728 aa  685    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7032  glycogen branching enzyme  48.62 
 
 		 735 aa  672    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4165  glycogen branching enzyme  49.44 
 
 		 716 aa  668    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3847  glycogen branching enzyme  48.89 
 
 		 728 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.579586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4647  glycogen branching enzyme  47.64 
 
 		 728 aa  662    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.616835 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03669  glycogen branching enzyme  50.14 
 
 		 727 aa  681    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1248  glycogen branching enzyme  46.29 
 
 		 745 aa  645    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3657  glycogen branching enzyme  50.83 
 
 		 736 aa  706    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0888692  normal  0.0129978 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1085  glycogen branching enzyme  45.53 
 
 		 774 aa  643    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000217496 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3728  glycogen branching enzyme  48.75 
 
 		 728 aa  664    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.636396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4118  glycogen branching enzyme  47.75 
 
 		 727 aa  654    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.595644 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18371  glycogen branching enzyme  45.44 
 
 		 756 aa  640    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.801014 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2576  glycogen branching enzyme  49.39 
 
 		 740 aa  687    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.894399  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6806  1,4-alpha-glucan branching enzyme  51.6 
 
 		 770 aa  721    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.606577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3892  glycogen branching enzyme  48.83 
 
 		 728 aa  669    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1111  glycogen branching enzyme  48.57 
 
 		 728 aa  686    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.827586  normal  0.454122 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3681  glycogen branching enzyme  48.29 
 
 		 812 aa  652    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.024212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06401  glycogen branching enzyme  44.65 
 
 		 755 aa  643    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.636304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1882  glycogen branching enzyme  50.14 
 
 		 716 aa  679    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.655867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6322  glycogen branching enzyme  48.08 
 
 		 733 aa  662    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529539  normal  0.166008 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2162  glycogen branching enzyme  51.43 
 
 		 625 aa  636    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.750455  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0987  glycogen branching enzyme  48.42 
 
 		 729 aa  688    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0160232 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1331  glycogen branching enzyme  46.91 
 
 		 743 aa  641    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3680  glycogen branching enzyme  49.37 
 
 		 716 aa  665    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1367  glycogen branching enzyme  48.97 
 
 		 725 aa  660    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2863  glycogen branching enzyme  48.69 
 
 		 736 aa  674    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3484  glycogen branching enzyme  49.51 
 
 		 716 aa  671    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1105  glycogen branching enzyme  46.86 
 
 		 748 aa  644    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.545328  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1464  glycogen branching enzyme  49.36 
 
 		 716 aa  677    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1817  glycogen branching enzyme  50.14 
 
 		 736 aa  694    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.297047 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3911  glycogen branching enzyme  48.83 
 
 		 728 aa  670    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1332  glycogen branching enzyme  47.8 
 
 		 736 aa  656    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.802487  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4006  glycogen branching enzyme  47.75 
 
 		 727 aa  652    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0316  glycogen branching enzyme  52.17 
 
 		 722 aa  718    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2293  glycogen branching enzyme  48.54 
 
 		 712 aa  663    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.467117  hitchhiker  0.000028583 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1636  glycogen branching enzyme  53.6 
 
 		 729 aa  801    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04851  glycogen branching enzyme  78.46 
 
 		 742 aa  1209    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1783  glycogen branching enzyme  48.29 
 
 		 728 aa  667    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2677  glycogen branching enzyme  48.89 
 
 		 738 aa  686    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.810703  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1133  glycogen branching enzyme  48.05 
 
 		 725 aa  661    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1463  1,4-alpha-glucan branching enzyme  49.51 
 
 		 731 aa  720    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.433405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3153  glycogen branching enzyme  50.49 
 
 		 732 aa  687    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.252202  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2740  glycogen branching enzyme  46.85 
 
 		 736 aa  640    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.296268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0889  1,4-alpha-glucan branching enzyme  46.68 
 
 		 807 aa  659    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2714  1,4-alpha-glucan branching enzyme  50.77 
 
 		 784 aa  709    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2758  glycogen branching enzyme  47.26 
 
 		 745 aa  641    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2836  glycogen branching enzyme  47.26 
 
 		 745 aa  642    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3805  glycogen branching enzyme  48.89 
 
 		 728 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0147  glycogen branching enzyme  47.75 
 
 		 727 aa  655    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5592  glycogen branching enzyme  48.49 
 
 		 733 aa  670    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2191  1,4-alpha-glucan branching enzyme  47.44 
 
 		 737 aa  662    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36710  glycogen branching enzyme  50.76 
 
 		 732 aa  691    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.633943 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0280  glycogen branching enzyme  48.83 
 
 		 728 aa  670    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.388281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2836  1,4-alpha-glucan branching enzyme  50.56 
 
 		 785 aa  708    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.573096  normal  0.13472 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6497  glycogen branching enzyme  47.8 
 
 		 736 aa  656    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3714  glycogen branching enzyme  48.9 
 
 		 728 aa  670    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.470927  normal  0.781278 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4391  glycogen branching enzyme  48.76 
 
 		 741 aa  677    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.470909 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01252  glycogen branching enzyme  55.14 
 
 		 730 aa  815    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.369495  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2934  glycogen branching enzyme  47.12 
 
 		 745 aa  636    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0676  glycogen branching enzyme  46.94 
 
 		 727 aa  644    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.214818  normal  0.407177 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4428  glycogen branching enzyme  47.77 
 
 		 731 aa  656    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6823  glycogen branching enzyme  48.69 
 
 		 736 aa  672    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.851597 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2453  1,4-alpha-glucan branching enzyme  48.4 
 
 		 841 aa  655    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0542  1,4-alpha-glucan branching enzyme  46.81 
 
 		 732 aa  652    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.217591  normal  0.258391 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2364  glycogen branching enzyme  52.75 
 
 		 771 aa  773    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.056819 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6086  glycogen branching enzyme  48.08 
 
 		 736 aa  660    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.133555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5489  glycogen branching enzyme  48.49 
 
 		 732 aa  674    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461102  decreased coverage  0.0000652942 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1316  1,4-alpha-glucan branching enzyme  46.25 
 
 		 728 aa  662    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3937  glycogen branching enzyme  48.67 
 
 		 768 aa  679    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.353505 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1104  1,4-alpha-glucan branching enzyme  49.86 
 
 		 729 aa  692    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>