More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tter_0550 on replicon NC_013525
Organism: Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013525  Tter_0550  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
224 aa  457  9.999999999999999e-129  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.85 
 
 
236 aa  80.1  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.85 
 
 
236 aa  79  0.00000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2076  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
234 aa  77.8  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.47 
 
 
231 aa  77.8  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  24.68 
 
 
231 aa  78.2  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.93 
 
 
219 aa  75.9  0.0000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
222 aa  75.9  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0880  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.12 
 
 
219 aa  73.9  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.812688  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.85 
 
 
235 aa  72.8  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3690  cyclic nucleotide-binding protein  31.61 
 
 
224 aa  71.6  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.142322  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  28 
 
 
225 aa  71.6  0.000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  29.73 
 
 
214 aa  70.5  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3643  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.03 
 
 
221 aa  69.3  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.621489  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  24.55 
 
 
224 aa  69.3  0.00000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0968  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.33 
 
 
233 aa  68.6  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.53 
 
 
232 aa  68.2  0.00000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26 
 
 
223 aa  67.8  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1641  cyclic nucleotide-binding  28.43 
 
 
267 aa  68.2  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  24.11 
 
 
225 aa  67.4  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3553  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.17 
 
 
348 aa  67  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528491 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2104  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.03 
 
 
229 aa  67  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3232  cyclic nucleotide-binding protein  27.59 
 
 
212 aa  66.2  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0327  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.89 
 
 
233 aa  66.2  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.539351  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1955  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.1 
 
 
229 aa  66.2  0.0000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1972  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.89 
 
 
233 aa  66.2  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0860  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.78 
 
 
234 aa  65.9  0.0000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.693979  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1262  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
222 aa  65.9  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247212  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
229 aa  65.9  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.47 
 
 
247 aa  65.5  0.0000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.44 
 
 
231 aa  65.5  0.0000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.49 
 
 
229 aa  65.5  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1482  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.74 
 
 
235 aa  65.5  0.0000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000238682  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.89 
 
 
225 aa  65.5  0.0000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.69 
 
 
236 aa  65.1  0.0000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4711  cyclic nucleotide-binding protein  29.09 
 
 
230 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.754309  decreased coverage  0.00295307 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.96 
 
 
227 aa  64.7  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.69 
 
 
236 aa  64.7  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2978  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.89 
 
 
235 aa  64.3  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1887  FNR/CRP family transcriptional regulator  26.49 
 
 
216 aa  64.3  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000504679 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  24.11 
 
 
225 aa  64.7  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.45 
 
 
224 aa  64.3  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.79 
 
 
224 aa  63.9  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  27.5 
 
 
228 aa  64.3  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  27.96 
 
 
214 aa  63.9  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1245  Crp/FNR family transcriptional regulator  28 
 
 
216 aa  63.9  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.61444  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.12 
 
 
234 aa  64.3  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.7 
 
 
226 aa  64.3  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
225 aa  63.5  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  27.72 
 
 
211 aa  63.5  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  27.72 
 
 
211 aa  63.5  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
241 aa  63.2  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  27.72 
 
 
211 aa  63.2  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  27.72 
 
 
211 aa  63.2  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6767  cyclic nucleotide-binding protein  27.93 
 
 
228 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.171014  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2521  transcriptional regulator  25.37 
 
 
225 aa  63.5  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0399516 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0618  cAMP-regulatory protein  27.72 
 
 
211 aa  63.2  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000475791  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3412  cAMP-regulatory protein  27.72 
 
 
211 aa  63.2  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000398691  normal  0.338767 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  27.72 
 
 
211 aa  63.2  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.68 
 
 
228 aa  63.5  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0617  cAMP-regulatory protein  27.72 
 
 
211 aa  63.2  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000135204  normal  0.325091 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  27.72 
 
 
211 aa  63.2  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3158  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.24 
 
 
223 aa  62.8  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  27.62 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  27.72 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  27.72 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  27.62 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  27.72 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  27.72 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  26.15 
 
 
230 aa  62.8  0.000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.45 
 
 
225 aa  62.8  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  30.16 
 
 
212 aa  62.8  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.87 
 
 
228 aa  62.4  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.55 
 
 
227 aa  62  0.000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6568  cyclic nucleotide-binding protein  27.37 
 
 
228 aa  62.4  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.538415  normal  0.0410288 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.57 
 
 
219 aa  62  0.000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000181532  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  26.67 
 
 
211 aa  62  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  25.82 
 
 
221 aa  61.6  0.000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.41 
 
 
220 aa  62  0.000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.5 
 
 
227 aa  61.6  0.000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0740  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.81 
 
 
224 aa  61.2  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.194826  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0783  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
217 aa  61.6  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.94 
 
 
226 aa  61.6  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.7 
 
 
222 aa  61.6  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.79 
 
 
239 aa  61.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1275  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.03 
 
 
230 aa  61.2  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.651323 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1234  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.74 
 
 
232 aa  61.2  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12618  transcriptional regulator, Crp family protein  24.04 
 
 
210 aa  60.5  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.34 
 
 
218 aa  60.8  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.92 
 
 
212 aa  60.8  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  25.78 
 
 
236 aa  60.8  0.00000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.73 
 
 
229 aa  60.1  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1844  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.21 
 
 
240 aa  60.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.128261  normal  0.368407 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4566  cyclic nucleotide-binding protein  28.12 
 
 
234 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.940335  normal  0.142026 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1555  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.02 
 
 
230 aa  59.7  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1297  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.84 
 
 
222 aa  59.7  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.91 
 
 
225 aa  60.1  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4195  cyclic nucleotide-binding  28.12 
 
 
234 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.164725  normal  0.773983 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1360  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.45 
 
 
223 aa  59.7  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0428  Crp family transcriptional regulator  26.55 
 
 
201 aa  59.7  0.00000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>