85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_R0032 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_R0032  tRNA-Val  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.149498  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0024  tRNA-Asp  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.16238  normal  0.146068 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0025  tRNA-Asp  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.103227  normal  0.238575 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  85.71 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  85.71 
 
 
79 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  85 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt32  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt32  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14170  tRNA-Val  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688335  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000933276  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0026  tRNA-Asp  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.522695  normal  0.33035 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0019  tRNA-Asn  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00742294  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0027  tRNA-Val  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.20425  decreased coverage  0.00178196 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4317  tRNA-Asp  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.771522  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6033  tRNA-Asp  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.908357  normal  0.208238 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6034  tRNA-Asp  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.93695  normal  0.213156 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0067  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.74464  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0016  tRNA-Asp  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.816839  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0014  tRNA-Asp  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.791335  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0057  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2942  tRNA-Asp  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.265359  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2945  tRNA-Asp  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.393325  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2948  tRNA-Asp  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.282487  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2625  tRNA-Asp  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2628  tRNA-Asp  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2631  tRNA-Asp  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.830892  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0018  tRNA-Asp  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0034  tRNA-Asp  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0035  tRNA-Asp  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0015  tRNA-Asp  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  85.19 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  85.19 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0058  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.272265 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  85.19 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0019  tRNA-His  86.21 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.322851  normal  0.248393 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  84.48 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0002  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0006  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0298  tRNA-Asp  100 
 
 
79 bp  44.1  0.004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00212865  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0848  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.473747  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0014  tRNA-Trp  86.96 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.933511 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0777  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0097  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000131454  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0021  tRNA-His  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0582206  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0047  tRNA-His  93.33 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  85.19 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0004  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  85.19 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  85.19 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0043  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.931817  normal  0.538604 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>