28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3275 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_3275  hypothetical protein  100 
 
 
332 aa  650    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.880784  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4278  membrane protein-like protein  31.36 
 
 
404 aa  112  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.277261  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1522  membrane protein-like protein  33.62 
 
 
374 aa  102  8e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179045  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0746  membrane protein  36.46 
 
 
389 aa  95.1  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3987  membrane protein-like protein  33.85 
 
 
397 aa  89  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.203091  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35570  predicted membrane protein  30.17 
 
 
369 aa  66.2  0.0000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00968721  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1238  membrane protein  32.62 
 
 
382 aa  61.2  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.375166  normal  0.0948074 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0323  hypothetical protein  27.31 
 
 
442 aa  60.5  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.168214  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6011  membrane protein-like protein  29.75 
 
 
406 aa  60.5  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0111505  normal  0.791396 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0319  membrane protein-like protein  26.69 
 
 
502 aa  59.7  0.00000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0495235  hitchhiker  0.000246371 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2583  putative integral membrane protein  28.75 
 
 
327 aa  59.7  0.00000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.003396 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1254  hypothetical protein  29.72 
 
 
347 aa  59.7  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5989  membrane protein-like protein  28.07 
 
 
445 aa  59.3  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.112909 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0276  membrane protein-like protein  30.26 
 
 
502 aa  57.4  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0292908 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1365  putative integral membrane protein  27.63 
 
 
377 aa  57.4  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3715  hypothetical protein  32.42 
 
 
369 aa  56.6  0.0000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.376902  normal  0.0526059 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1996  putative integral membrane protein  29.29 
 
 
442 aa  54.3  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12520  predicted membrane protein  28.38 
 
 
468 aa  52.8  0.000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.360296  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3357  hypothetical protein  30.74 
 
 
399 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.410286 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2972  putative integral membrane protein  33.98 
 
 
428 aa  51.2  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1985  membrane protein  27.01 
 
 
470 aa  49.7  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.775986  normal  0.0143914 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3024  hypothetical protein  27.83 
 
 
392 aa  49.3  0.00008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00601193  normal  0.11527 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3562  hypothetical protein  28.14 
 
 
399 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.118202  normal  0.328074 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2216  membrane protein-like protein  34.67 
 
 
397 aa  46.2  0.0008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000105763  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13920  predicted membrane protein  29.59 
 
 
437 aa  44.7  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0156682  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3055  hypothetical protein  27.36 
 
 
392 aa  45.1  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3009  hypothetical protein  27.36 
 
 
392 aa  45.1  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.477214  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2005  putative integral membrane protein  25.76 
 
 
425 aa  43.5  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000213441 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>