More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2123 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_2123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
485 aa  982    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2139  putative short chain dehydrogenase  65.03 
 
 
483 aa  630  1e-179  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.538588  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1886  putative oxidoreductase  64.97 
 
 
483 aa  626  1e-178  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00334435 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0270  putative short chain dehydrogenase  67.01 
 
 
503 aa  626  1e-178  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0850168  normal  0.113236 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00530  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  62.7 
 
 
482 aa  622  1e-177  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.191096  normal  0.164201 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5303  oxidoreductase  66.67 
 
 
463 aa  620  1e-176  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4441  putative short chain dehydrogenase  67.08 
 
 
474 aa  616  1e-175  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1055  oxidoreductase  63.64 
 
 
507 aa  600  1e-170  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.730863  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1517  oxidoreductase  66.81 
 
 
492 aa  585  1e-166  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4871  putative short chain dehydrogenase  63.07 
 
 
495 aa  584  1.0000000000000001e-165  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00534901  normal  0.736841 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00730  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  63.19 
 
 
529 aa  583  1.0000000000000001e-165  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0884  putative short chain dehydrogenase  61.57 
 
 
570 aa  580  1e-164  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.51688 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1920  putative short chain dehydrogenase  67.01 
 
 
500 aa  562  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7573  putative short chain dehydrogenase  48.65 
 
 
454 aa  407  1.0000000000000001e-112  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4251  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  49.06 
 
 
447 aa  363  3e-99  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.044314  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2398  oxidoreductase  51.64 
 
 
437 aa  360  3e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.683331 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04190  oxidoreductase  45.02 
 
 
527 aa  317  4e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10158  short-chain dehydrogenase  41.83 
 
 
509 aa  298  1e-79  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_44390  predicted protein  42.51 
 
 
433 aa  281  2e-74  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0516105 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2199  oxidoreductase  45.61 
 
 
539 aa  276  9e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0323008  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1626  oxidoreductase  44.67 
 
 
539 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.498473  normal  0.638708 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1749  oxidoreductase  45.61 
 
 
535 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0726127  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1678  oxidoreductase  45.37 
 
 
538 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  unclonable  0.00133842  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_45855  predicted protein  34.44 
 
 
650 aa  263  4.999999999999999e-69  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.306932  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3476  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
257 aa  59.3  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.746633  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
286 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.86 
 
 
251 aa  57.4  0.0000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.42 
 
 
261 aa  56.6  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
258 aa  55.8  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.063344  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
286 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3749  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 
254 aa  55.1  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.63 
 
 
286 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.91 
 
 
240 aa  55.1  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22650  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  37.21 
 
 
306 aa  55.1  0.000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
247 aa  55.1  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
264 aa  55.1  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
266 aa  54.3  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
254 aa  53.9  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0694225  normal  0.858211 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1091  acetoin reductase  29.28 
 
 
268 aa  53.9  0.000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
300 aa  53.5  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
286 aa  53.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  39.18 
 
 
254 aa  53.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  35 
 
 
256 aa  53.1  0.00001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000799282  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
292 aa  52.8  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.76 
 
 
326 aa  52.4  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
254 aa  52.8  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.09 
 
 
269 aa  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0403  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.05 
 
 
278 aa  51.6  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19413  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 
265 aa  51.6  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1626  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.21 
 
 
245 aa  51.6  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813857  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
246 aa  51.6  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
246 aa  51.6  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.18 
 
 
238 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.305044  normal  0.539797 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3897  oxidoreductase NAD(P)-binding subunit  40.4 
 
 
294 aa  51.2  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  31.78 
 
 
288 aa  50.8  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0124  acetoin reductase  26.32 
 
 
264 aa  51.2  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.172897  normal  0.526201 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  37.25 
 
 
258 aa  50.4  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2849  glucose 1-dehydrogenase  38.61 
 
 
245 aa  50.8  0.00006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.753993 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
335 aa  50.4  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.927114  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2299  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.95 
 
 
245 aa  50.8  0.00006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6586  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
335 aa  50.4  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
246 aa  50.4  0.00007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3663  short chain dehydrogenase  40.43 
 
 
265 aa  50.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5596  short chain dehydrogenase  40.43 
 
 
265 aa  50.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.329102 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.05 
 
 
292 aa  50.4  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4704  short chain dehydrogenase  40.43 
 
 
265 aa  50.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000843868  normal  0.155835 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
241 aa  50.4  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612268  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.22 
 
 
246 aa  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
333 aa  50.1  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752467  normal  0.0103168 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.95 
 
 
256 aa  50.1  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0601767 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0860  short chain dehydrogenase  37.74 
 
 
291 aa  50.1  0.00009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.321  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
250 aa  50.1  0.00009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.805502  normal  0.135775 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2373  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
284 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.282253  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.87 
 
 
339 aa  49.7  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4069  short chain dehydrogenase  36.26 
 
 
239 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0596677  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
292 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.082877 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.7 
 
 
277 aa  49.3  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
284 aa  49.7  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3359  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.05 
 
 
245 aa  49.7  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.711372  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000395  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  36.08 
 
 
252 aa  49.7  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.36672  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
266 aa  49.7  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197141 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
255 aa  49.7  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
284 aa  49.7  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.35 
 
 
268 aa  50.1  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.110514  normal  0.280758 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  37.4 
 
 
254 aa  48.9  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.24 
 
 
335 aa  48.9  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5711  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
246 aa  48.9  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668552  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.56 
 
 
286 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.78 
 
 
285 aa  48.9  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539155  normal  0.142405 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.02 
 
 
227 aa  48.9  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1038  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
247 aa  48.9  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00179214  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.58 
 
 
308 aa  49.3  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.278854  normal  0.143787 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
254 aa  48.9  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
284 aa  48.9  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
341 aa  48.9  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.29527  normal  0.178629 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
247 aa  48.9  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.104553  normal  0.448539 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
289 aa  48.9  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.137743 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4753  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.34 
 
 
284 aa  49.3  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163262  normal  0.97721 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.95 
 
 
285 aa  48.5  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1474  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
262 aa  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0346872  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>