50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1198 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_1198  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 259 aa  513  1e-144  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.433482  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13066  AsnC family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 246 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.117427 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2056  TetR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 253 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.391496 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1827  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 246 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1808  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 246 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.229482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1874  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 246 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0418563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4602  TetR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 219 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.904797 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06690  transcriptional regulator  27.96 
 
 		 256 aa  65.1  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0828  transcriptional regulator, TetR family  26.51 
 
 		 275 aa  63.9  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4290  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 246 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.362272  normal  0.446856 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0305  transcriptional regulator, TetR family  26.26 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.437849  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23490  transcriptional regulator, tetR family  34.88 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.411786  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1792  TetR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 198 aa  48.9  0.00009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0359  TetR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 203 aa  47  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4326  TetR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 202 aa  47  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1844  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 242 aa  47  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000808903 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3020  transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 		 213 aa  46.6  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000370253  normal  0.25528 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  32.35 
 
 		 251 aa  46.6  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2371  transcriptional regulator, TetR family  31.53 
 
 		 190 aa  46.6  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185343  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0620  nucleoid occlusion protein  24.29 
 
 		 197 aa  46.6  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000140669 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7119  putative transcriptional regulator, TetR family  39.19 
 
 		 204 aa  45.8  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00221905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1369  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 208 aa  45.4  0.0008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 206 aa  45.4  0.0009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0373  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 188 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0143  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 266 aa  45.4  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.170765  normal  0.0134311 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4029  transcriptional regulator, TetR family  23.15 
 
 		 217 aa  45.4  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.697639  normal  0.116148 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1848  transcriptional regulator, TetR family  49.02 
 
 		 190 aa  44.3  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00246548 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2936  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 266 aa  44.3  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.273782 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00651  nucleoid occlusion protein  26.52 
 
 		 196 aa  44.7  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 244 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4103  nucleoid occlusion protein  24.86 
 
 		 198 aa  43.5  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0313607  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4117  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 210 aa  43.5  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3894  regulatory protein TetR  30.56 
 
 		 206 aa  43.9  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2362  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 179 aa  43.1  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  35.35 
 
 		 204 aa  43.1  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001824  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 196 aa  43.5  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000410739  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3717  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 191 aa  42.7  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11567  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 225 aa  42.7  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3112  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 238 aa  42.7  0.005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.151742  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0371  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 227 aa  42.7  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1467  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 217 aa  42.7  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0194  nucleoid occlusion protein  25 
 
 		 196 aa  42.4  0.007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000213488  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0992  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 197 aa  42.4  0.007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2698  TetR family transcriptional regulator  48 
 
 		 203 aa  42.4  0.008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4942  transcriptional regulator, TetR family  39.24 
 
 		 247 aa  42.4  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0332  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 192 aa  42  0.009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00337125  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0975  TetR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 199 aa  42  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0353361 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0957  TetR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 199 aa  42  0.009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.962367  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0978  TetR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 199 aa  42  0.01  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2593  nucleoid occlusion protein  25.98 
 
 		 210 aa  42  0.01  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000323733  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>