196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_0309 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_0309  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 263 aa  545  1e-154  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0189461  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2819  transcriptional regulator, XRE family  30.35 
 
 		 261 aa  122  7e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20270  hypothetical protein  34.72 
 
 		 277 aa  116  3e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.161196 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4578  transcriptional regulator, XRE family  33.91 
 
 		 293 aa  105  6e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.78291  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1970  transcriptional regulator, XRE family  30.09 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.997663  normal  0.568144 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7747  helix-turn-helix domain protein  30 
 
 		 276 aa  99  7e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 285 aa  93.6  3e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  29.18 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  30.56 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0266  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 301 aa  88.2  1e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4218  XRE family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 289 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4284  XRE family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 289 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 289 aa  85.5  7e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2784  transcriptional regulator, XRE family  28.84 
 
 		 284 aa  84.7  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.583087  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4080  XRE family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 312 aa  82.8  0.000000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0766168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3963  transcriptional regulator, XRE family  27.68 
 
 		 314 aa  82.8  0.000000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.588819  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2649  helix-turn-helix domain-containing protein  30.09 
 
 		 303 aa  82.4  0.000000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  28.31 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1586  transcriptional regulator, XRE family  27.95 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1824  transcriptional regulator, XRE family  28.5 
 
 		 259 aa  79.7  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375176 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0367  helix-turn-helix domain protein  28.57 
 
 		 284 aa  78.6  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  28.63 
 
 		 277 aa  76.6  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0750  XRE family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 283 aa  76.6  0.0000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1003  putative transcriptional regulator, XRE family  28.04 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  26.15 
 
 		 280 aa  76.6  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  28.8 
 
 		 282 aa  75.5  0.0000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.425851 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3276  transcriptional regulator, XRE family  26.52 
 
 		 281 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7725  helix-turn-helix domain protein  28.51 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.998664 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  29.09 
 
 		 309 aa  74.3  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0409  transcriptional regulator, XRE family  26.13 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4526  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 257 aa  74.3  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.421002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1995  transcriptional regulator, XRE family  27.27 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000234374  normal  0.041772 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3598  transcriptional regulator, XRE family  26.52 
 
 		 281 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2137  helix-turn-helix domain protein  29.03 
 
 		 283 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.291672  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6984  helix-turn-helix domain protein  27.23 
 
 		 286 aa  71.6  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.118873  normal  0.27222 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3997  XRE family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 284 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2759  transcriptional regulator, XRE family  28.97 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468237  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1731  hypothetical protein  26.29 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2494  helix-turn-helix domain protein  27.41 
 
 		 265 aa  71.2  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.106258  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4077  helix-turn-helix domain protein  29.28 
 
 		 275 aa  71.2  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  27.06 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 279 aa  69.7  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6833  helix-turn-helix domain protein  28.88 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  25.69 
 
 		 280 aa  69.3  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8805  transcriptional regulator, XRE family  26.24 
 
 		 298 aa  68.2  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0289  transcriptional regulator, XRE family  26.03 
 
 		 318 aa  68.2  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1288  XRE family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 295 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.153102  normal  0.2669 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1893  helix-turn-helix domain protein  29.65 
 
 		 285 aa  68.2  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.72148  normal  0.792434 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2807  transcriptional regulator, XRE family  26.61 
 
 		 258 aa  68.2  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0930  helix-turn-helix domain-containing protein  25.86 
 
 		 297 aa  67  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.971481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1979  transcriptional regulator, XRE family  26.29 
 
 		 277 aa  67  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4269  helix-turn-helix domain protein  27.75 
 
 		 279 aa  66.2  0.0000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0718578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5170  XRE family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 280 aa  65.9  0.0000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.624653  normal  0.480627 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  28.44 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5566  helix-turn-helix domain protein  28.57 
 
 		 281 aa  64.7  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  20.81 
 
 		 276 aa  64.3  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14230  Helix-turn-helix protein  27.23 
 
 		 277 aa  63.5  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.814537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1162  XRE family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 281 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.157815  normal  0.774005 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8368  XRE family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0038  helix-turn-helix domain protein  24.2 
 
 		 300 aa  63.5  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5457  helix-turn-helix domain-containing protein  26.36 
 
 		 317 aa  63.5  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.669128 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2562  XRE family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 342 aa  63.2  0.000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1269  XRE family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 264 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1487  XRE family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 276 aa  63.2  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  0.414464 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1115  XRE family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4719  XRE family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3644  XRE family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0445  XRE family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 296 aa  62.4  0.000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2441  transcriptional regulator, XRE family  25.79 
 
 		 275 aa  62.4  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4092  XRE family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 263 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  26.64 
 
 		 280 aa  62.4  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7348  hypothetical protein  28.77 
 
 		 291 aa  62  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7046  helix-turn-helix domain protein  26.25 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2467  XRE family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 285 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.615257 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4741  XRE family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.678188  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4317  helix-turn-helix domain protein  28.44 
 
 		 257 aa  61.6  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3241  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3425  XRE family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1464  helix-turn-helix domain-containing protein  24.71 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4128  hypothetical protein  25.11 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.980357  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2804  putative transcriptional regulator, XRE family  28.34 
 
 		 300 aa  61.2  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.242118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0025  helix-turn-helix domain protein  23.74 
 
 		 300 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3092  helix-turn-helix domain protein  25.57 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1949  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 307 aa  60.5  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3876  XRE family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2460  transcriptional regulator, XRE family  25.52 
 
 		 313 aa  59.3  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3367  transcriptional regulator, XRE family  23.72 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4035  transcriptional regulator, XRE family  27.14 
 
 		 326 aa  58.2  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808008  normal  0.21338 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3008  helix-turn-helix domain protein  26.64 
 
 		 303 aa  58.5  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000207491 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2702  helix-turn-helix domain protein  26.27 
 
 		 284 aa  58.2  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.590252 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1345  helix-turn-helix domain protein  32.67 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.286455  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5385  XRE family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 289 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.49793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3750  helix-turn-helix domain-containing protein  27.19 
 
 		 298 aa  58.2  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.169217  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2521  helix-turn-helix domain protein  26.91 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.895975  hitchhiker  0.00158212 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2287  transcriptional regulator, XRE family  25.48 
 
 		 278 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3153  transcriptional regulator, XRE family  26.32 
 
 		 290 aa  57.4  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47890  hypothetical protein  24.2 
 
 		 314 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000556405  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>