More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_0009 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_0006  DNA gyrase, B subunit  51.41 
 
 
642 aa  647    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.965796  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0007  DNA gyrase subunit B  51.18 
 
 
640 aa  680    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.630363  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0009  DNA gyrase subunit B  52.37 
 
 
633 aa  675    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000695632  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0041  DNA gyrase, B subunit  56.37 
 
 
691 aa  749    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0007  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  65 
 
 
647 aa  858    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0006  DNA gyrase, B subunit  60.85 
 
 
698 aa  759    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2549  DNA gyrase, B subunit  51.19 
 
 
643 aa  642    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0005  DNA gyrase subunit B  50.15 
 
 
640 aa  647    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.19557  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00060  DNA gyrase subunit B  59.46 
 
 
701 aa  775    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0005  DNA gyrase subunit B  50.15 
 
 
640 aa  647    Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00230725  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0007  DNA gyrase, B subunit  70.56 
 
 
670 aa  897    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0005  DNA gyrase subunit B  50.15 
 
 
640 aa  647    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0006  DNA gyrase B subunit  64.05 
 
 
656 aa  852    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.381905 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0005  DNA gyrase subunit B  50.15 
 
 
640 aa  647    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0132  DNA gyrase, B subunit  49.12 
 
 
637 aa  649    Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.312038  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00060  DNA gyrase subunit B  62.43 
 
 
683 aa  831    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0005  DNA gyrase subunit B  50.15 
 
 
640 aa  642    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00050  DNA gyrase subunit B  51.32 
 
 
648 aa  657    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000300089  hitchhiker  0.00265407 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0006  DNA gyrase subunit B  64.84 
 
 
661 aa  835    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.60604  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0005  DNA gyrase subunit B  50.59 
 
 
640 aa  642    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0005  DNA gyrase subunit B  52.37 
 
 
640 aa  663    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00215329  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2805  DNA gyrase subunit B  51.55 
 
 
633 aa  660    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.035041  hitchhiker  0.00161489 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2254  DNA gyrase, B subunit  49.03 
 
 
646 aa  653    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0005  DNA gyrase, B subunit  51.69 
 
 
644 aa  667    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00336478  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1547  DNA gyrase, B subunit  52.22 
 
 
635 aa  640    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00189026  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0306  DNA gyrase, B subunit  49.42 
 
 
643 aa  636    Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.337431  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2717  DNA gyrase, B subunit  50.89 
 
 
649 aa  679    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2729  DNA gyrase, B subunit  50 
 
 
641 aa  641    Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.739794  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0005  DNA gyrase, B subunit  60.97 
 
 
686 aa  840    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.217672  normal  0.192252 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0005  DNA gyrase subunit B  50.37 
 
 
640 aa  647    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.204678  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0006  DNA gyrase subunit B  64.96 
 
 
652 aa  796    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0006  DNA gyrase, B subunit  63.52 
 
 
645 aa  817    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0161215 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0005  DNA gyrase subunit B  50.15 
 
 
640 aa  647    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00060  DNA gyrase subunit B  70.25 
 
 
654 aa  935    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0159442  normal  0.243862 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0130  DNA gyrase, B subunit  51.63 
 
 
636 aa  654    Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.95821  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2271  DNA gyrase, B subunit  50.59 
 
 
644 aa  651    Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0005  DNA gyrase subunit B  50.15 
 
 
640 aa  647    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0006  DNA gyrase, B subunit  63.78 
 
 
681 aa  847    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0007  DNA gyrase, B subunit  50.22 
 
 
634 aa  637    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000328066  unclonable  0.0000000130354 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0007  DNA gyrase, B subunit  51.38 
 
 
642 aa  652    Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0006  DNA gyrase subunit B  65.25 
 
 
679 aa  796    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.216936  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0005  DNA gyrase, B subunit  52.38 
 
 
640 aa  645    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1044  DNA gyrase, B subunit  48.31 
 
 
675 aa  654    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.248456 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0006  DNA gyrase, B subunit  60.97 
 
 
686 aa  761    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00629788 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0419  DNA gyrase subunit B  52.58 
 
 
632 aa  677    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10005  DNA gyrase subunit B  76.43 
 
 
714 aa  1033    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0008  DNA gyrase, B subunit  65.14 
 
 
719 aa  829    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.107754  hitchhiker  0.00597045 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00100  DNA gyrase subunit B  61.88 
 
 
711 aa  751    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00050  DNA gyrase subunit B  50.37 
 
 
645 aa  656    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0377504  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0005  DNA gyrase, B subunit  52.38 
 
 
640 aa  645    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0006  DNA gyrase subunit B  75.7 
 
 
675 aa  1023    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0005  DNA gyrase subunit B  52.7 
 
 
644 aa  693    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.375435  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11740  DNA gyrase, B subunit  48 
 
 
637 aa  648    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00171708  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1413  DNA gyrase subunit B  49.03 
 
 
652 aa  638    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.805897  normal  0.136461 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0006  DNA gyrase subunit B  52.07 
 
 
638 aa  645    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5315  DNA gyrase subunit B  50.52 
 
 
640 aa  644    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.021698  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0006  DNA gyrase subunit B  51.92 
 
 
638 aa  644    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1432  DNA gyrase subunit B  56.91 
 
 
696 aa  762    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0005  DNA gyrase subunit B  50.37 
 
 
640 aa  647    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0006  DNA gyrase subunit B  75.7 
 
 
675 aa  1023    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0596209 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0006  DNA gyrase, B subunit  48.53 
 
 
647 aa  640    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0051  DNA gyrase, B subunit  50.74 
 
 
640 aa  635    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0005  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  49.78 
 
 
633 aa  665    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0984  DNA gyrase subunit B  51.19 
 
 
651 aa  640    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0005  DNA gyrase, B subunit  51.85 
 
 
637 aa  635    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0006  DNA gyrase subunit B  61.86 
 
 
661 aa  823    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.925878  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0006  DNA gyrase, B subunit  51.24 
 
 
648 aa  664    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.000000466462  hitchhiker  0.000000932752 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0009  DNA gyrase, B subunit  100 
 
 
688 aa  1411    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0006  DNA gyrase, B subunit  71.15 
 
 
657 aa  944    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0640432  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00050  DNA gyrase subunit B  61.22 
 
 
720 aa  814    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0010  DNA gyrase, B subunit  65.36 
 
 
680 aa  826    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1480  DNA gyrase subunit B  51.57 
 
 
650 aa  647    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.515184  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0006  DNA gyrase subunit B  62.39 
 
 
696 aa  830    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.248414  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0006  DNA gyrase, B subunit  63.52 
 
 
649 aa  836    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1393  DNA gyrase, B subunit  52.44 
 
 
628 aa  690    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06825  DNA gyrase subunit B  47.8 
 
 
645 aa  651    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3685  DNA gyrase, B subunit  51.04 
 
 
636 aa  652    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.50658  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0005  DNA gyrase subunit B  63.14 
 
 
666 aa  814    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0007  DNA gyrase, B subunit  65.88 
 
 
648 aa  839    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000647413 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0005  DNA gyrase subunit B  52.81 
 
 
640 aa  669    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0006  DNA gyrase subunit B  61.08 
 
 
711 aa  741    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.685499  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0822  DNA gyrase subunit B  75.44 
 
 
675 aa  1010    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.795596  normal  0.437658 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0014  DNA gyrase subunit B  75.7 
 
 
675 aa  1023    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.14054 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0006  DNA gyrase subunit B  75.26 
 
 
675 aa  1004    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.313096 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0006  DNA gyrase subunit B  63.53 
 
 
647 aa  832    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.195447  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0005  DNA gyrase, B subunit  77.57 
 
 
685 aa  1051    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0006  DNA gyrase, B subunit  49.49 
 
 
650 aa  637    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000273734  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2748  DNA gyrase, B subunit  50.29 
 
 
637 aa  662    Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000339515  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0006  DNA gyrase subunit B  62.02 
 
 
685 aa  782    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0006  DNA gyrase subunit B  60.63 
 
 
695 aa  830    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000061906 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2376  DNA gyrase subunit B  51.01 
 
 
641 aa  640    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00060  DNA gyrase, B subunit  50.95 
 
 
642 aa  634  1e-180  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0015  DNA gyrase, B subunit  50.29 
 
 
644 aa  633  1e-180  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  unclonable  0.00000155334 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0005  DNA gyrase, B subunit  51.69 
 
 
642 aa  633  1e-180  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0002  DNA gyrase, B subunit  50.82 
 
 
638 aa  630  1e-179  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0623  DNA gyrase subunit B  49.85 
 
 
650 aa  632  1e-179  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00302751  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl006  DNA gyrase subunit B  48.59 
 
 
635 aa  629  1e-179  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0015  DNA gyrase, B subunit  49.63 
 
 
644 aa  630  1e-179  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000401037  normal  0.862842 
 
 
-
 
NC_002950  PG1702  DNA gyrase, B subunit  48.03 
 
 
654 aa  628  1e-178  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.118209 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0005  DNA gyrase, B subunit  50.66 
 
 
633 aa  627  1e-178  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>